大批官員的落馬，導致本就缺人的朝廷，出現了許多的空位。
尤其是是五品以下的朝官，可以說所剩無幾，甚至於六科的官員加起來都只有五個了。
朱由校也正好藉著這次機會，開始將皇明學院，以及北直隸學堂的學子貢生，安排進了朝廷。
隨後便開始了著手製度的改革。
羽林軍的後勤司和參謀司，正式成為了朝廷的衙門，不只是軍隊中的編制了。
並正式成立了軍部，與六部一樣獨立出來，直接對皇帝負責。
規章制度以及軍權的劃分也非常細緻。
兵部的兵權正式被剝奪，從此以後，兵部再也沒有管轄軍隊的權力，包括武舉以及練兵權。
基本上是恢復到了洪武年間的規劃，兵部只有核實軍功，以及對於軍隊增減規劃的權力。
其它的則都被劃分給了軍部，軍部的官員也不在是文官擔任，而是由立有戰功，老成穩重的武將來擔任。
並且效仿了漢朝的重號將軍制度，凡是在軍部任職的，都會掛上新增的前後左右稱號的將軍印。
官職定為正二品，與六部的尚書相比，不管是職責還是地位，都是相當的。
同時也剛好是四個人，同等地位同等權力，防止像內閣一樣，搞出個首輔次輔的先後順序來，一家獨大。
當然了，他們也是沒有兵權的，他們就類似於內閣一般，專門協助輔佐皇帝，處理軍隊以及國防等諸多事務。
相當於皇帝的軍事秘書，只有參議權而沒有決定權。
而參謀司和後勤司，也是劃歸給了軍部管轄。
戶部撥發的軍費錢糧，直接與後勤司進行對接，不在經過兵部之手，一定程度上保證了貪汙最小化。
更重要的是，文官與武將之間的關係，不在是上下級了，而是平等的。
不管是邊軍，還是名存實亡的五軍都督府，直接隸屬於軍部節制管轄。
眾所周知，自詡清高的文官士大夫們，向來是瞧不起武將的。
朱由校這樣的安排，也是怕武將們領著兵馬在外面拼命，後勤得不到保障。
軍隊被文官們利用職權或是一些名義，卡著脖子的事，歷朝歷代都是有的。
而武將的升遷以及排程，這是大事，則要軍部和兵部兩方拍板，才能有效，這是朱由校有意為之。
此項改革制度一出，再次在朝廷引起了軒然大波。