朱由校自回宮之後，整個京師就沒有一天安穩過，錦衣衛、東廠、刑部這三個衙門機構，不是在抓人就是在抄家的路上。
京師的勳貴，除去英國公、武定侯、彰武伯、宣城伯、平江伯、惠安伯這幾家之外。
盡皆被抄家滅族，這古往今來，就算是改朝換代時，都是未有之事。
更何況還是本朝的勳臣貴族，遭到皇帝的無情屠戮，可謂是曠古爍今。
朝堂上的官員以及北直隸的文官們，同樣沒有好日子過，也遭到了大範圍的清算。
皇帝親自擬旨道，凡是與叛逆賊子相交莫逆的，所謂師生之情的，不管是何人，也全部拿了下獄。
京畿地區一時間人心惶惶，官員見刑部的官員和衙役，以及東廠番子和錦衣衛，就像見到閻王爺一樣。
所幸朱由校一回來就讓羽林軍全面接管了京師，雖然很血腥也很亂，可也沒出什麼大問題。
皇帝如此舉動，自然是惹得滿朝文武都極力反對，甚至於宋應星和程國祥這樣的天子心腹近臣，都不顧一切的開始勸諫阻攔。
“謀逆弒君這叛賊，自然是各個該殺，臣也是支援於陛下的。”
“可那些未參與此事的無辜之人，陛下為何要對他們也趕盡殺絕？”
“縱使那些勳貴橫行不法，侵佔百姓田畝土地，肆意妄為，可他們的罪狀，也不至於被滅九族，陛下懲治他們是沒錯。”
“可方式方法太過偏激，勳貴與官員都是國之根基柱石，陛下以謀逆的名義，一股腦的將他們全殺了，必會盡失天下人心。”
“再者說了，勳貴們都持有先帝的所賜之免死鐵券，陛下如此行事，列祖列宗的顏面何在，朝廷的威望和信譽又何在？”
“翻閱史書，即使是亂成一鍋粥的唐末，包括蒙元入主中原時，向來都是善待與士大夫與貴族豪紳。”
“陛下今日行此事，可能一時是痛快了，可會為我大明，埋下禍根，釀成大禍的啊。”
看著費勁苦心勸諫自己的兩位尚書大臣，朱由校也是與他們好言溝通。
思想這玩意，不是一朝一夕就能改變的。
尤其是華夏的文人士大夫，他們是非常傳統的，大多是認死理，自命不凡，能變通的實在是少數。
比如在清末民初時期，西方先進的文化思想流入進來，遭到的抵制和打壓才是真正的前所未有。
而始作俑者，就是他們，他們不願意去改變，因為會損失他們的既得利益。
所以遭到這樣的連番勸諫和質問，朱由校也沒有生氣懊惱。
能把他們說服說通最好，要是不行的話，他也不去強求。
他是皇帝，只要於國有利，他想幹什麼就幹什麼。
只要軍隊牢牢的握在手中，文官和地主豪紳們形成的政治集團，他沒有絲毫的畏懼和擔憂。
這些人充其量就是聯合起來搞個所謂的民變起義，造反而已，沒什麼大不了的，打爛了更好，他佔據著道德大義，可以更好的去收拾他們。
果然不出他所料，程國祥是個極為固執的老頭，任朱由校百般與他解釋，可他就是認為，皇帝太過殘暴，應當收斂一些。
“就那些叛賊逆臣的心，朕要它們有何用？”