剔除了一些不合格的官員後，朱由校又與百官將那些在西南之役中，立有功勞的封賞給落實了。
他之所以選擇在大朝會上當著文武百官進行擬定封賞，其實也是具有非常強的目的性的。
改變文尊武卑的局面，可不是那麼容易的。
文官們是從心裡看不起，鄙夷武將的，一味的加官進爵，封賞軍功，不過是能短暫的改變一時而已。
李成梁被冠為百年來軍功第一，可結果呢，爵位剛剛冊封沒幾年，就被官員們想方設法的給剝奪了。
縱使有李家父子這種滿身軍功，殺敵無數的猛將在，萬曆年間的武臣地位也沒見得有提高。
秦良玉此次被封平南伯，雖然他們明面上不聲不響的，但朱由校知道，一個個的都在那裡嫉恨呢。
他們只是礙於皇帝的喜怒無常，才不敢公然反對而已，要是換作萬曆皇帝，恐怕這封伯一事，早就是議論紛紛，朝野震動了。
而且皇帝越過他們直接冊封，本就是不符合禮制的，這完全是視他們為無物啊。
因此這次所謂的議功，除了皇帝的幾位心腹大臣發言，其餘的官員都是默不作聲。
他們是絕對不會去支援皇帝的這種行為的，即使已經成為了事實，也不會去面對。
朱由校也不在意他們的態度，只要內閣和兵部的議過，這事就算成了，誰也阻止不了。
經過討論之後，內閣和兵部的大臣們一致同意了皇帝所擬定的軍制，以及立有戰功的官員武將升遷調任。
秦良玉的封賞一樣不少，平南伯的爵位和總兵官的官職，正式得到了朝廷的任命文書。
總兵官府衙設立在成都城內，總理整個四川的軍務兵備之事。
副將之職，由成都守將秦衍祚擔任，他駐守成都已經七年之久了，對於成都的局勢瞭如指掌。
秦良玉雖然聲名在外，可終究是一個新任命的總兵官，又是女將之身，難免不會有人輕視於她，暗中使絆子。
總兵官下設立一參將四遊擊的編制，擔任參將之職的，是一位苗族首領的兒子。
在這次西南大戰之中，率領著苗壯兩族的土司兵，常常衝鋒在前，極為勇猛，比起秦良玉的白桿兵來也不差多少。
可朱由校之所以任命他的原因，還是因為他的身份。
畢竟人家為了你打生打死的，戰後你不給人家一點好處，也說不過去。
因為已經在實行改土歸流了，因此現在的四川，已經是沒有土司了，全部都設立縣鄉進行管制。
朱由校在四川還設立了兩個兵備參將，一個駐守在重慶，一個駐守在畢節，兩路呈掎角之勢，卡在四川和貴州的交界處。
這裡也是土司勢力最為龐大的地區，安邦彥和奢崇明的根基也是在這一片地區。
雖然已經平定，但仍然是混亂不堪，暴亂的事情常有發生，少族和漢人之間動不動就是打生打死的。
朱由校如果不派遣重兵，說不定哪一天就出一個有手段的人，給他再次增加難度。
重慶分守兵備參將之職，由川中名將李維新來擔任，而鎮守畢節的，則是朱燮元的手下大將，楊明輝。