幾個月後。
潛伏在神盾局內部的九頭蛇組織徹底爆發，盜取了神盾局開發的‘哨兵計劃’並佔領了神盾局總部，正式發動政變：理事會成員全員抵達了神盾局進行哨兵的啟動儀式。
哨兵是神盾局最新研製的人形兵器，身材高大、防禦能力極高，同時擁有威力強勁的毀滅射線：沒錯這件兵器就是以毀滅者為模版仿造的，神盾局當然沒能力將毀滅者仿造出來，但某些科技還是可以勉強仿造出來的。
哨兵計劃原本是用來針對變種人的計劃，在得到了理事會的全力支援後，哨兵有別於毀滅者的強悍之處就體現了出來：它可以記錄下每個變種人的能力並變換出對應的能力，也就是說有X戰警在手的神盾局所研發的已經擁有了：精神感應、鑽石化、鋼化、火焰掌控、溫度控制……等等異能。
而致命的是，負責研發哨兵的科學家是九頭蛇的人，因此哨兵的控制權完全落在了九頭蛇的手裡。
面對鋪天蓋地的哨兵大軍，以及控制了神盾局的九頭蛇，尼克局長不得不求助於一些特殊外援，比如獵魔人，比如復仇者們。
此役的重點是保護理事會成員和奪取哨兵控制權。
嬴翱等獵魔人加入了這次戰鬥，X戰警由於被哨兵完克因此大部分X戰警只能選擇當觀眾打醬油。畢竟能力的剋制會令X戰警一無是處：火人遇到冰人形態的哨兵、冰人遇到火焰形態的哨兵……
而且哨兵的數量非常龐大，即便是試驗機也足足有百餘臺。
九頭蛇政變最終還是被獨眼龍等老牌特工聯合獵魔人等外援鎮壓了下去。
這一場政變讓神盾局就此解散，一個被敵對勢力滲透到骨子裡的組織不可以再存在。
神盾局重組，大部分神盾局特工被重新審查，僅有少數特工重新回到神盾局工作，其他特工則被打散送進其他部門審查，史塔克任代理局長。
洛基的權杖在政變事件當中遺失，史塔克在忙完了手頭的事情之後就將這件事情提上了日程。
在收回權杖的過程中萬磁王的子女出現，並將眾人打的落花流水，不得已史塔克找到無所事事的嬴翱然後一起去請萬磁王出山。
在史塔克外出期間，他哥譚市區家遭到了霸天虎的強襲：火種源就存放在這裡。
而史塔克既然敢走就已經留好了後手，奧創智慧系統啟動，派出了鋼鐵大軍擊退了來犯的霸天虎，但戰鬥過程中炮火刺激到了火種源，奧創在火種源的力量下進化了。
進化了的奧創突破了史塔克設定的指令，派出了鋼鐵大軍襲擊了得勝歸來的眾人，並奪走了權杖。
不過奧創在萬磁王面前就是一個渣渣。在奧創傷到了快銀姐弟後，憤怒的萬磁王將所有的鋼鐵大軍碾成了廢鐵。
而在奧創事件還沒有平息的時候，理事會借題發揮提出了和當初變種人註冊法案類似的超級英雄註冊法案。
當然，除了內心愧疚的史塔克以外沒有任何人理會這個法案，而史蒂夫在找回了基友巴基之後被布魯斯找上了門。
因為種種原因，算是給理事會一個交代，史塔克聯合史蒂夫各自拉起了一支隊伍在布魯斯的謀劃下開打，索爾和嬴翱等‘無關’人員遠端嗑瓜子圍觀。
內戰過後理事會終於滿意了，而演戲累的半死的眾人終於可以休息了，除了史塔克戰隊裡的那些新血以外，該幹嘛幹嘛，該退休的退休。