多爾袞既死，阿濟格謀逆又被抓了現行，再加上濟爾哈朗這個大清唯一叔王的支援，順治於八年順利親政。
親政後，順治即按“釜底抽薪”之計施策，即便犯有謀逆大罪的阿濟格父子，順治也透過議政王大臣會議議罪，將其幽禁，其子勞親被革去王爵，降為貝子。
事實完全如順治所料，朝政穩定後不久，濟爾哈朗偕巽親王滿達海、端重親王博洛、敬謹親王尼堪聯合上奏，追論多爾袞的罪狀，削去了其爵位。
其政敵辨明瞭風向，紛紛出來翻案，揭發多爾袞和阿濟格的大逆之罪，兩白旗大臣在早已反正的蘇克薩哈等攛掇下，也紛紛倒戈。
順治借勢議了阿濟格的罪，再恢復兩黃旗貴族的地位，提升兩紅旗的滿達海、瓦克達、傑書、羅可鐸等人，又興羅什等五人獄，然後正式宣佈多爾袞的十四條罪狀，追奪一切封典，毀墓掘屍。
所有的這一切顯得合情合理，又順利成章，不過，順治並沒有就此止步，接連又處罰了剛林、巴哈納、冷僧機、譚泰、拜尹圖等，讓多爾袞多年培植的勢力頃刻瓦解。
阿濟格卻不僅沒有一絲收斂，反而益加狂暴無禮，在監房內私藏大刀，暗掘地道，聲稱要放火燒燬監房。順治借諸王“其悖亂已極，留之恐貽後患，當即處死”之奏，令其自盡，除宗籍，其子勞親一同被賜死。
但是，多爾袞為清王朝所立下的不世之功也絕不是政治對手們的幾條欲加之罪所能掩蓋的，順治十二年（1655年）正月，吏科副理事官彭長庚、一等子許爾安分別上疏，稱頌多爾袞的功勳，被濟爾哈朗罵了個狗血噴頭，流放寧古塔充軍。
至此，再無人敢提及，直到一百年後，乾隆四十三年（1778年），乾隆帝正式為多爾袞翻案，下令為他修復墳塋，復其封號，“追諡曰忠，補入玉牒”， 清一代對多爾袞的評價才總算有了定論。
這是後話，且不細說，單說鄭成功，收編了魯王的隊伍後，所部先後獲得了磁灶戰役、錢山戰役和小盈嶺戰役的勝利，克復平和、漳浦、詔安、南靖等地，又有定西侯張名振等人來投，聲勢愈壯。
鄭成功大喜，率部向清軍發起了猛攻，曾一度擊潰清浙江福建總督陳錦，致使陳錦手下殺了陳錦來降，也曾採取張名振的建議，跟浙東的張煌言合師，趁清軍防守空虛之機，試圖攻取南京。
卻不料，攻取南京之戰，跟其所有的進攻一樣，亦是先勝後敗，所部元氣大傷。
雖屢敗屢戰，鄭成功初衷不改，意圖跟聲勢漸盛的李定國等聯絡，卻又因距離太遠，極為不便，無奈之下，不得不聽從何斌“收復由荷蘭殖民主義者侵佔的臺灣島，以解決大軍的後勤給養”的建議。
公元1661年（清順治十八年，永曆十五年），鄭成功率部打敗荷蘭殖民主義者，收復淪陷了三十幾年的臺灣。
不久，順治帝崩，皇三子康熙帝繼位，當權者鰲拜納鄭氏降將黃梧的“平賊五策”，嚴密封鎖沿海，斷絕鄭成功的經貿財源，同時斬殺了其父鄭芝龍，開挖了鄭氏祖墳，移駐投誠官兵，分墾荒地。
噩耗接連傳來，在臺將士又因水土不服人心惶惶，其子鄭經又在澎湖與乳母私通，鄭成功內外交逼，於1662年（清康熙元年，永曆十六年）五月初八急病而亡，死前大喊“我無面目見先帝於地下”，抓破臉面而死，年僅39歲。
鄭成功死後，鄭經於金門發動軍事政變，自稱延平王（郡王爵位本非世襲），隨後打敗了控制檯灣的鄭成功之弟鄭世襲，在臺即位，依陳永華之議，移植明朝中央官制，仍奉已死的永曆帝為正朔。
1680年（康熙十九年），鄭經及陳永華先後死去，權臣馮錫範擁鄭經幼子鄭克塽繼位，後施琅率清軍攻克澎湖，鄭克塽乃於1683年（康熙二十二年）降清，結束了鄭氏在臺灣23年的統治。