允熥畢竟是被當成儲君培養了六年，在最終決定了王步等三人的處理結果之後就恢復了部分精神，來到處理政事的殿繼續處理政事了，雖然當天與之後的兩天內，他的速度並不快，精神頭比起平時來也差一些，但是每日完成奏摺的批覆、國事的商談是沒有問題的。
但是對於允熥來說這次的事情沒有那麼容易過去。連完全不需要也不應該貪汙的三個太監都貪汙，那還有什麼事情不會發生呢？
對於允熥來說，這件事情就類似於朱文正對於朱元璋的未遂叛變事件一樣，打擊很大。要不是王喜查出沒有問題，允熥估計會更加失去對人的信任。
但是這，就導致了允熥對於自己的親信大臣的懷疑：他們未必會背叛我，但是違揹我的意思處理事情，或者貪汙都是很有可能的。
允熥本想用錦衣衛來查一查這些人，但是他又想了想，覺得錦衣衛就一定靠譜嗎？就算秦松靠譜，那下邊的人都靠譜嗎？秦松現在也不是親自去查案的。
不過允熥還是傳秦松來到乾清宮，讓他調查一下六部現在是不是有貪腐的事情，只是沒有指名針對自己的親信。
但是馬上允熥又想到了一件事情：就算查出他們有問題換了下去，換上來的人就一定靠譜嗎？稍微貪汙些錢自己還可以忍受，但是要是違揹我的意思辦事呢？
現在的練子寧等人，再不靠譜，也是從藩第就跟隨允熥的人，對於允熥的想法總是瞭解的多一些，對於允熥也是更忠誠一些；君不見這次的內宮貪腐案與允熥不熟的手裡有權涉及採買的宦官沒有不被拉下水的，而曾經跟過允熥的好歹還有王喜查出來無事。
這樣允熥的思維就陷入了死衚衕：雖然現在的這些親信未必靠譜，但是也幾乎不會有比他們更靠譜的人了。
允熥經過考慮，在三月十五日重新開始使用朱元璋時期就發明的制衡體系：六科制度。
朱元璋當年發明了六科之後，六科的科長（都給事中）在本部可以封駁尚書所下的命令，實權在一部之中可以說是僅次於尚書，比侍郎和郎中的權力還大。
但是允熥為了提高行政效率，也是出於對於自己的親信的信任，讓六科的科長都處於暫時的空缺狀態，這樣自然不會有人來封駁尚書的命令了。
現在允熥重啟六科科長，就是要制衡六部尚書。
然後允熥仔細思索自己身邊的人，發現了一個很大的問題，又開始琢嚰著調換的事情了。
在內宮貪腐案發生了幾天之後，幾個主要的人都已經判決出了結果以後，大臣們也終於都知道宮裡發生了什麼，然後自然也知道了這個案子最終的審判結果。
大多數大臣雖然不明白允熥為什麼要對於這些宦官處罰的如此之重，但是都是極為贊同允熥對於宦官的大規模處置的，反正官員一向是瞧不起宦官們的。包括四輔官與宮裡的舍人們。
但是他們馬上就覺得允熥與之前有些區別了。先是允熥繼除了四輔官之外，又不定人、不定期將部分奏摺交給舍人處置，不是全部都是輔官處置了。
之後六科科長到任，雖然允熥並沒有囑咐這些新到任的科長怎麼幹，但是工科的科長馬上就向本部的尚書開炮，接連以‘賬目不清’為由封駁了尚書好幾個命令。其實這位科長並沒有多想，只是覺得身為言官，就要起到作用，正好這些命令涉及的工程的賬目確實有誤差，就封駁了。
嚴震直雖然是從洪武年間過來的官員，但是這段時間的好日子過慣了，頗為不適應現在的情況，還把事情告訴了御前。但是此時允熥豈會給他們撐腰？沒有任何表達。
這一下子，其它五科的科長馬上就知道了允熥的意思了，開始給本部的尚書製造麻煩。
練子寧雖然對於允熥很忠誠，但是他性格強硬，又自視甚高，歷史上曾經死諫請誅殺李景隆，允炆不得不罷朝。現在他當了吏部尚書，自然是不能容忍有人與他搗亂的。
但是現在允熥又不支援他罷黜科長，所以部裡天天吵架，沒有一日清閒的時候。其它各部也表示出了一定程度的不適應。
但是這樣一來反而對外的爭權奪利少了很多，因為大家不得不把主要精力放在部裡與科長的爭吵中，所以秦松的調查結果沒有顯示前一陣子有些苗頭的爭權奪利的行為，其實還緩解了允熥對於他們的懷疑。
大多數大臣們都不知道為什麼允熥突然開始使用六科了。雖然內宮貪腐案就明明白白的擺在他們面前，他們就是聯絡不到一起去。