道教內丹學南宗創始於北宋張伯端，其最初繼承系統為張伯端─石泰─薛道光─陳楠─白玉蟾（南五祖）。
該派以“先命後性”修煉方式著稱。其丹法強調“返璞歸真，以簡馭繁，慢中求快”。其代表人物多出自南方，故名南宗。
《悟真篇》、《還源篇》、《覆命篇》、《翠虛篇》等為南宗主要經典。
南宗繼承鍾離權、呂洞賓的內丹理念，認為修煉內丹，即修煉“性、命”（性命雙修），先命後性獨樹一家之學。
主張“混俗和光”、“大隱混俗”，不提倡出家
。元代中後期原來流傳於北方的全真道與南方內丹派的結合，內丹學南宗的教派也被劃分在道教全真道。與原來的全真道不同的是，內丹學南宗人士多不提倡出家。
南宗從張楠開始即兼行雷法，白玉蟾並撰有多種雷法著作。
張伯端反對形式上的出家離俗，隱避山林。而主張“大隱隱於市”。
他本人就不是出家的道士。南宗直至五祖白玉蟾，始開始有云遊道士，也組織了南宗自己的教團組織。
一般認為，白玉蟾為南宗實際建立者。白玉蟾開始建立的教派既是丹法派亦是雷法派。明朝以後，南北兩宗多有相互融合。
張伯端、石泰、薛式、陳楠及白玉蟾（“南五祖”），若再加上張伯端的弟子劉永年和白玉蟾的弟子彭鶴林，則被奉為“南七真”（見五祖七真）。
而北宗追求“全真而仙”，其修煉以清淨為主，即以“識心見性”為首要，以煉心煉已為基礎，同時不廢精氣的的修煉，王重陽說：“識心見性全真覺，知汞通鉛結善芽。”
（《重陽全真集》卷一第一）這是把“識心見性”的煉心與“知汞通鉛”的煉氣作為“全真”的兩個基本內容。
相對於南宗“先命後性”的功法，北宗丹法以“先性後命”為特徵。
關於清淨煉性，北宗各家皆以此為上乘丹法，不二法門。
王重陽說：“諸公如要真修行，飢來吃飯，睡來閤眼，莫打坐，莫學道，只要塵冗事屏除，只要心中清淨兩個字，其餘都不是修行。”
（《重陽全真集》卷十第十二）馬鈺說：“清靜者，清為清其心源，淨為淨其囗海。心源清則外物不能擾，故情定而神明生焉。
炁海靜，則邪欲不能幹，故精全而腹實焉。
是以澄心如澄水，養囗如養兒，囗秀則神靈，神靈則囗變，乃清淨所致也。”（《丹陽真人語錄》）丘處機說：“吾學惟貴見性，水火配合其次也。”（《長春真人語錄》）
看過射鵰英雄傳的都知道全真七子，大多數人以為那是武俠杜撰，但實際上確有其事，不過沒有那麼厲害罷了。
王重陽也沒那麼神，都是被金庸老先生給神化了。
北宗之所以重視煉性煉已，一來由於該派本身即是道釋儒合流的產物，受佛教“明心見性”的影響至深。
二來由於該派在性命關係的問題上有獨到的見解。
如在丘處機看來，形體有生有滅，神性卻無生無滅，故“有形皆壞，天地亦屬幻軀，元會盡而終，只有一點陽光，超乎劫數之外，在人身中為性海，即元神也。”
（《長春真人語錄》）因而修煉在根本意義上來說，乃是全其真性，真性圓明，本命方能徹達。但是，重性功並非不講命功，該派也講求神與氣的結合，如王重陽說：“氣神相結，謂之神仙。”
（《重陽教化集》卷三第十二）關於煉氣，王重陽對精神有著不同前人的理解。他認精為性，認血為命，“精血者，是肉身之根本；真氣者，是性命之根本。
故曰有血者能生真氣也，真氣壯實者自然長久，聚精血成形也”。