也就是說，特工們無處不在，這一點是非常需要小心的，一不注意下一秒的路人就有可能成為殺掉自己的可怕特工。
不過特工們雖然擁有著強大的力量，超凡的速度和反應能力，不過他們身處於矩陣當中也是會受到限制，只能達到一定的上限。
可是墨菲斯相信，如果尼奧就是傳說中的救世主，他可以透過改變意識來突破矩陣的限制，也就是說他完全可以變得位元工們更快更有力量，甚至可以擁有躲避子彈和攔截子彈的能力。
墨菲斯相信，尼奧是可以打敗特工們，從而進入到他們所看守的那扇大門當中，進而摧毀母體，將人類完全解放出來。
“你想表達什麼？”尼奧問他，“難道我還能躲避子彈嗎？”
“不，”墨菲斯笑了笑，“當時機成熟的時候，你甚至都不需要躲。”
……
在此之後，墨菲斯帶著尼奧去到虛擬世界當中拜訪了先知。
先知是一個看起來非常普通的中年婦女形象，而在先知的家中，兩個人展開了一段非常具有哲學意味的對話。
先知讓尼奧要【認識你自己】
【而且命運是掌握在自己的手上，不只是墨菲斯，還有尼奧你自己的命運】
觀眾們都聽得一愣一愣的。
可是，你根本就沒有那麼多的時間去思考他們對話的內容，也沒有辦法去細想這些對話背後的深意是什麼。
就在墨菲斯他們重新返回矩陣的時候，隊伍當中出現了叛徒，也就是電影當中一開始被特工們所提到的線人。
線人賽弗認為，與其在醜陋而痛苦的現實世界當中經歷痛苦，還要跟機器人軍隊派來的【烏賊們】進行對抗，提心吊膽地生活在地下不見陽光的日子，還不如被他們給帶回去浸泡在培養皿當中，然後在虛擬世界當中成為一個富有的商人享受生活。
哪怕這些東西都是虛擬的，牛排是虛擬的，財富是虛擬的，所有的榮華富貴都是虛擬的，不過大腦能夠感受到，對於他來說就是真實。
他也很享受這樣被虛擬出來的真實。
於是賽弗出賣了墨菲斯，導致他們在執行任務的時候被抓。
而且還拔掉了他們現實當中用來連線虛擬世界的後腦插頭。
一旦連線被拔掉，就意味著意識的消亡，那麼整個人就真的死了。
隊內的人員接二連三被殺死，最後只剩下了崔妮蒂和尼奧兩個人。
賽弗垂涎崔妮蒂的美貌，所以想把她留到最後，可是對於尼奧，他要讓尼奧死在崔妮蒂的面前。
如果尼奧是救世主的話，那麼肯定會有什麼東西來阻止他殺死尼奧，不然怎麼被稱為救世主呢？
就在千鈞一髮之際，當賽弗即將拔掉尼奧的插頭時，在現實當中的接線員坦克則甦醒了過來，並且成功擊殺了賽弗，挽救了崔妮蒂和尼奧的生命。
……
特工們抓到墨菲斯，就是想從他的口中問出關於【地下城錫安】的進入口令，這個口令只有墨菲斯才知道。
而錫安是人類最後的聚集地，一旦口令被知曉，那麼機器人大軍就會毫不留情地對錫安進行掃蕩。
為了將墨菲斯救回來，也為了拯救人類，尼奧和崔妮蒂重返虛擬世界。
電影終於來到了最後的階段。
尼奧和崔妮蒂被傳送進入到了預先設定好的入口當中，為了迎接最後的戰鬥，接線員坦克問他們需要點什麼。