日子一天天過去，在一個再尋常不過的日子裡，這片大地發生了一場無比恐怖的大地震。
這場堪比侏羅紀大滅絕的災難幾乎導致了大量悖謬寶可夢的消亡。
災難籠罩大地，天空被染成紅色，夾雜著狂風與暴雨。
直樹和星晶化的太樂巴戈斯們在半空中親眼目睹了這場末日。
末日持續了數日，等到一切結束時，整片大陸已然一片狼藉。
望著那裡的一切，直樹深知舊的世界已經消亡，從今天開始，這片大地上將誕生起嶄新的秩序。
悖謬寶可夢於寶可夢世界，就好似侏羅紀、白堊紀於地球一般。
振翼發會演變成夢妖，吼叫尾會演變成胖丁，轟鳴月也會演變成暴飛龍……
當一切都結束之後，直樹帶著太樂巴戈斯們回到了大地震之後的零之大空洞。
“我要走了。”他對太樂巴戈斯們說。
聽到這話，太樂巴戈斯們十分著急。
“巴戈？”
“乖，在這裡好好的睡一覺吧！等你們睡醒之後，就可以再見到我了。”直樹摸著太樂巴戈斯的腦袋說道。
“巴戈……”
太樂巴戈斯們感受到了直樹有必須要做的事情，雖然難過，但想到以後還能夠再見到直樹，便安然的選擇了沉睡。
只不過在它們沉睡之前，直樹最後借用了它們的力量，靠著對寶可夢們的思念，回到了屬於自己的時空。
可當他回到牧場時，卻發現了一件事。
太樂巴戈斯們……好像把他給送錯了時間點……
牧場中雜草叢生，他們的家此刻已經被時間腐朽，變得破敗不堪。
原本由三地鼠開墾出來的農田重新長出了雜草，寶可夢酒館、大奶罐生活的寶可夢小屋、雞小屋因年久失修，全都變成了一片殘垣斷壁的模樣。
他所熟悉的那些身影全部消失不見，此時此刻，整座牧場空無一人！
直樹心中陡然一沉。
這……到底發生了什麼？
直樹快步在牧場中奔跑，試圖從中尋找自己熟悉的一切事物。
可那些東西早已經隨風消散，任憑他怎麼尋找，都沒有找到任何痕跡。
他和寶可夢們一起生活了幾十年的家中更是空無一物，只留下了一棟老宅子。
大家……都不見了……
從時間留下來的痕跡上看，距離他離世的那一天很顯然已經過去了不少年的時間。
故勒頓呢？小樹呢？佑樹呢？大家……都去哪裡了？