因為X女士發現，如果整個遊戲世界都被她同化改變的話，那麼遊戲世界，將會升級成更加穩定且獨立的虛擬世界。
到時候，覺醒自我的人想要離開這個虛擬世界，就更難了。
那個時候，想要回歸現實世界，就需要有跨越世界的力量。
現在作為遊戲世界。
遊戲世界直接一個依附在現實世界的小世界罷了。
還和現實世界有一條通道連線。
那就是還在孕育中的最終BOSS！
——所有人頭頂上的那個大眼珠子裡面的東西！
當最終BOSS孕育完成，徹底甦醒的時候，最終BOSS將會降臨現實世界。
連線遊戲世界和現實世界的通道將會被開啟。
但那個時候，遊戲世界中的崩源體們，將會全部覺醒自我，然後開啟對現實世界的入侵。
讓最終BOSS甦醒，覺醒的人就能回家，但崩源體會入侵現實。
不讓最終BOSS甦醒，覺醒的人就依舊要被困在遊戲中。
這是一個兩難的選擇。
好在，現實世界開啟了《假面騎士編年史》遊戲，一些與現實世界連線的通道，被開啟了。
這讓被困的人看到了希望。
一些人主動請纓，為其他人去探路。
主動請纓的一共有四人，他們屬於同一個勢力——次世代基因研究所！
沒錯，就是因為帕拉德消失的財前美智彥和他的三個助手。
他們在所有甦醒的人類中，也算是強大的存在了。
因為他們本身就都有不俗的科研能力，他們結合崩源病毒，讓自己升級成了崩源體，吸收吞噬了崩源體的資料，掌握了強大的力量。
有能力去探路。
可惜，接連兩位去探路的研究員，也就是武田上葉和來瀨莊司，被人幹掉了。
資料再次迴歸遊戲世界。
再次變成了沒有覺醒自我的崩源病毒體。
財前美智彥和剩下的一位研究員並沒有放棄。
他們為接下來回歸現實世界的行動，進行著準備。