完全結束聖戰，並非由於回鶻人都改信了，而是東喀喇汗國過於腐朽打不動了。
至於民夫們聽到的屠城傳聞，則是大明將士被狂信徒激怒了。
明軍攻城的時候，大量守軍棄城逃跑，卻還有許多守軍奮死堅守。他們扛不住明軍的兵鋒，於是紛紛撤往內城，由於缺乏統一指揮，被明軍迅速佔領內城城牆。
傍晚時分，戰鬥基本結束。
黃佐勒令大軍肅清殘敵、維持治安，卻有一些神經病，聚集信徒乘夜襲擊巡城的明軍。
好幾支明軍遭到襲擊，立即將其擊潰並追殺。但那些傢伙逃進民居，搜捕時往往被屋主隱匿，事後又跑出來搞各種動作，甚至還有人故意放火製造混亂。
黃佐是什麼人？
鐘相麾下的大將！
他們就是靠摩尼教造反起家的，屠殺的僧道、儒生難以計數，怎會不明白那些天方教徒的路數。
黃佐直接下令，鬧事者逃到哪裡就殺到哪裡。如果逃進一處民宅，房主不把人交出來，直接把裡面的男丁全部殺光。
而且，黃佐親自帶兵血洗寺廟，城內外的天方寺院全被他屠了。
次日民夫進城，看見到處是屍體，於是就有了屠城的傳聞。
其實真沒有屠城，城內一大半軍民都還活著，被俘計程車兵只要不鬧事就能活命。
殺到後半夜的時候，城內居民已經非常“配合”。一旦有鬧事者闖入自家，便主動抓來送給明軍，堅稱自己跟鬧事者無關。
武舉元正在清理一處寺廟，忽聽背後有人說：“城內外幾處大寺，全部改為摩尼教寺廟，從高昌那邊請一些摩尼教高僧過來。還有所有的龜茲百姓，必須改信別的教派，老子看到天方教徒就煩！”
說話之人，正是黃佐。
雖然高昌摩尼教和漢地摩尼教，教義迥異得完全成了兩種宗教。可黃佐本身就是摩尼教徒出身，他對摩尼教有著天然好感，乾脆就趁機在龜茲發展摩尼教。
當然，黃佐不敢做得太過分，只是支援摩尼教而已，也允許百姓改信佛教、景教、拜火教。
巡視了城內各處，黃佐前往王城。
龜茲王室成員已被看押起來，此刻被帶來拜見大明將領。
“小王拜見大明天將軍！”隈欲拖著微胖的病體跪下，他的妻子兒孫也跟著下跪。
黃佐掃視一眼，說道：“全部押往高昌，交給吳都護處置。”
他不再理會這些人，而是親自帶兵押送俘虜，去西邊不遠處的沙漠。
那些俘虜，還有漢人民夫，搬運著大量屍體。
在沙漠裡挖好無數的大坑。
黃佐說道：“膽敢舉兵對抗大明王師，外城被攻破了，還依託內城繼續抵抗，龜茲回鶻貴族全都該死。除了女人和孩童之外，那些貴族全部處死埋了。漢兒移民來行刑，讓你們也沾沾血，今後有的是仗打！”