鄭家軍總人數已經達到了十二萬，分別駐紮在陝西西安、山東的蓬萊、復州、金州以及南直隸的淮安、南京等地，其中陝西三萬人，山東五萬人，包含駐紮在蓬萊的一萬水師，淮北一萬人，南京三萬人。
鄭家軍人數達到這個規模之後，暫時固定下來，按照鄭勳睿的意思，停止招募軍士。
鄭家軍一共七十個營，其中騎兵營三十個，神機營二十五個，炮兵營四個，斥候營四個，執法營四個，親兵營兩個，女兵營一個。
鄭家軍的建制，一直都是按照衛所軍隊之要求編營的，雖說後來進行了一些改變，例如騎兵營和神機營都是按照兩千人的編制進行編排，但總體的格局是按照衛所軍隊進行的，這樣的建制，隨著鄭家軍規模的擴大，越來越不能夠適應了。
軍隊是根本，沒有強悍的軍隊，一切都是枉然。
鄭勳睿是穿越之人，明白這一切的重要性嗎，他終於下定決心，要對鄭家軍的建制進行大規模的改動了，這一次的改動，將徹底突破大明王朝對軍隊的編制要求。
鄭勳睿之所以對鄭家軍要進行大規模的建制改動，一個最為關鍵的因素，是淮安火器局生產的大量毛瑟槍、紅夷大炮、弗朗機裝備到了軍隊之中。
隨著火器的普及，騎兵營的作用明顯下降，無論是野外的戰鬥，還是攻城拔寨，火器都將發揮出來決定性的作用。從軍隊的開銷方面來說，騎兵營的開銷是最大的，戰馬的消耗比軍士要大很多。
軍隊的建制，自秦朝以來，經歷了很多的變動。但萬變不離其宗。
鄭勳睿重點考慮的是綜合性編制軍隊，還是專業性的編制軍隊。
所謂綜合性編制軍隊，就好比是幾百年之後的大軍區編制一樣。軍隊之中涵蓋了方方面面，陸海空一應俱全。所謂專業性編制軍隊，那就是明確騎兵營、炮兵營、神機營等等，相互之間可能有一定的交叉，但保持各自的重點。
兩種編制軍隊的性質，各有各的好處。
鄭勳睿偏向於綜合性編制軍隊。
包括鄭錦宏、楊賀、劉澤清、洪欣濤、洪欣貴、洪欣瑜、王允成、鄭凱濤等鄭家軍的總兵和副總兵，也是贊成綜合性編制鄭家軍。
綜合性的編制鄭家軍，已經展現出來不一般的氣勢，嚴格說起來。只有皇上和朝廷才有資格綜合性編制軍隊，且鄭家軍就是朝廷編制的軍隊之中的一部分，現如今鄭勳睿單獨將鄭家軍實行綜合性編制，表露出來的意味就不一樣了。
大明軍隊分為兩個系統，第一個是衛所制，這是沿襲幾百年的軍隊編制，另外一個就是衛所制度逐漸不適應形勢之後出現的總兵領兵制度。
鄭勳睿不打算突破這個制度，他計劃將兩種制度結合起來。
按照鄭家軍所處的地域，鄭勳睿將鄭家軍分為三塊，南直隸為第一塊。山東為第二塊，陝西為第三塊，分別以第一軍、第二軍和第三軍稱呼。在第一軍、第二軍和第三軍的基礎之上，設立旅一級的建制，以一萬人左右的軍士為一個旅，旅直轄營，每一營依舊是兩千人左右的編制。
如此鄭家軍就形成了以軍、旅、營為骨幹的編制，不過關於軍、旅、營的編制稱呼，僅限於鄭家軍內部，對外是不公開的，避免引發皇上和朝廷過度的猜忌。
第一軍、第二軍和第三軍都是混合型編制。包含有騎兵營、神機營、炮兵營、執法營、斥候營、騎兵營等等，第一軍有專門的女兵營。第二軍有專門的水師。
每一軍之中，單獨設立炮兵旅。突出炮兵的重要作用，第二軍之中單設水師旅。
南直隸的第一軍轄下四個旅，山東的第二軍下轄五個旅，陝西的第三軍轄下三個旅，每一旅由參將直接指揮，轄下五個到六個營，每一營由遊擊將軍直接指揮。