漕運的遲滯，已經明顯影響到北方的諸多事宜，糧食短缺已經在某些地方顯露出來，至於說漕運總督府，也有解釋，無非是運河長時間沒有整修，影響到了漕運等等。
朱由檢可沒有那麼多的耐心，不會聽漕運總督府的解釋，他認定這就是鄭勳睿的挑戰，也許鄭勳睿已經察覺到情況不對了，所以開始出手了。
鄭勳睿這樣的態度，讓朱由檢勃然大怒，他沒有耐心繼續忍下去了，身為大明的皇上，一言九鼎，普天之下莫非王土，率土之濱莫非王臣，鄭勳睿的膽子也太大了，居然敢於挑戰皇上的權威，豈不是比袁崇煥等人更加的可惡，如此的情況之下，朝廷若是還沒有什麼表現，那豈不是顯得軟弱無力了。
到了這個時候，朱由檢已經將鄭勳睿視作了異類，必須要乾淨利落除去的另類，因為鄭勳睿已經威脅到了皇權的統治。
人的思想改變，有些時候很是奇怪，朱由檢登基的時候，面臨的是哥哥留下的一個亂攤子，大明的江山岌岌可危，他夙興夜寐，想著能夠振興大明，想著做千古一帝，於是他果斷的清理閹黨，重用文臣，甚至到了凡是魏忠賢當初堅持的東西，清一色的反對，凡是朝中大臣提出來的建議，清一色的贊成，登基的頭四年時間，他廢除了監軍制度，不準太監掌控任何的權力，他毫無保留的信任內閣，採用會推的方式舉薦內閣大臣，他對袁崇煥的信任到了無以復加的程度，甚至袁崇煥不請旨斬殺毛文龍這樣的大事情，也忍下來了。
可是隨著時間的推移，隨著年齡的增長，朱由檢發現自己錯了，大明的情況不但沒有好起來，反而愈發的糟糕，流寇肆掠。震動了北方，後金韃子隔三差五的侵襲，威脅到北直隸和京城，而天災更是頻繁。他將這一切都歸咎到滿朝文武大臣的身上。
從這個時候開始，朱由檢不再完全信任文臣，他開始信任和重用身邊的太監，讓司禮監協助他控制內閣的權力，重新派遣監軍掌控軍隊。
鄭勳睿的能幹。曾經讓朱由檢欣喜，特別是年輕的鄭勳睿，以殿試狀元、翰林院修撰的身份主動申請外調，成為延安府知府的時候，朱由檢是打心眼裡高興的，後來鄭勳睿組建了鄭家軍，不需要朝廷撥付一錢銀子的軍餉，而且鄭家軍在陝西打的流寇魂飛膽喪，在很短時間之內穩定了延安、延綏和陝西等地的局面，這讓朱由檢異常的感慨。
後來在提拔和重用鄭勳睿的時候。朱由檢也是力排眾議，讓年輕的鄭勳睿身居高位，而且朱由檢還少有的允許鄭家軍發展壯大。
可這一切如今都改變了，一旦鄭家軍真正強大起來，特別是在大明其他軍隊普遍都孱弱的情況之下，朱由檢開始不放心了。
猜忌猶如毒瘤，稍稍培養就能夠壯大起來，而且無法控制。
鄭勳睿沒有明面上對朝廷不忠，但朱由檢已經感受到巨大的危險。
如此情況之下，很多的事情就不好控制了。猜忌的後面，必定是實際的行動，朱由檢甚至覺得，鄭勳睿和鄭家軍對皇室的威脅。已經超過了後金韃子和流寇。
鄭勳睿率領的鄭家軍，再一次打敗了後金韃子，讓多爾袞無奈撤軍之後，朱由檢的猜忌和懷疑之心已經達到了頂點。
但朱由檢還是清醒的，他知道不能夠隨便處置鄭勳睿，畢竟人家沒有出現什麼問題。要是隨意的就給鄭勳睿定罪，那麼天下人都會為其鳴冤，而且很有可能在朝廷內就引發動盪，要知道那些文臣可不是省油的燈，那樣對他朱由檢的聲譽損害是巨大的，這也是朱由檢不可能接受的，所以暗地裡採取措施，就成為了最為有效的手段了。
坐在御輦上面的朱由檢，臉色時陰時晴。
身邊的王承恩，臉上露出了小心，他知道皇上這段時間心情不是很好，自己需要更加的注意，不要惹得皇上發脾氣，皇上想到的就是鄭勳睿的事情，要是這件事情不能夠解決，皇上的心情就不可能好起來的。
不過想要解決這個問題，可不是嘴上說說那麼簡單的，王承恩已經將他和周延儒等人商議的辦法稟報了皇上，沒有得到回應，好在周延儒已經派遣管家回到老家去，做好了相應的安排，相信南直隸的官吏和士大夫聯合起來，一定能夠限制鄭勳睿的權勢。
王承恩對於皇上是絕對忠心的，可以說在整個的大明，他是皇上最為信任的人，想當初皇上還是信王的時候，因為遭遇到魏忠賢和客氏的算計，每日裡都是提心吊膽的，那個時候陪伴在身邊的，就是他王承恩了。
這樣的關係絕不是他人幾句話就可以動搖的。
也正是因為這層關係的存在，王承恩能夠說出來不少他人不敢說的話語，就算是遭遇到皇上的訓斥，頂多一天時間過去，也就沒有多少的事情了。
如何的處置鄭勳睿的事情，王承恩堅持自身的認識，他認為必須要慢慢來，逐步的離間鄭勳睿身邊的人，讓鄭勳睿的力量逐漸薄弱，而後才能夠採取下一步的行動，而且就算是採取最後的行動，也要找到充足的理由。
將鄭勳睿調離淮安只是第一步，讓鄭勳睿出任南京兵部尚書，目的就是孤立，讓鄭勳睿失去周遭的支援，接下來會在很短的時間之內，將鄭勳睿調往遼東，讓鄭家軍和後金韃子去拼命，藉機削弱鄭家軍的實力，若是鄭家軍能夠徹底剿滅後金韃子，那是最好的事情了，若是不能夠，想必鄭家軍和後金韃子都會遭遇到重創，那個時候隨便找到鄭勳睿的不足之處動手，就是順理成章的事情了。
王承恩覺得這個計劃可謂是天衣無縫，鄭勳睿就算是知道其中的貓膩，也沒有辦法，只能夠是服從。