朝廷之中的暗流，文震孟不可能不知道，但作為內閣次輔，他必須顧全大局，有些時候就必須讓鄭勳睿忍受委屈了，幾年時間以來，鄭勳睿的所作所為以及取得的成績是擺在眼前的，文震孟很清楚，鄭勳睿的能力比他強太多，可惜這樣的人才，註定是要遭受打擊的。
浙黨和東林黨之間，已經有聯合的味道，這主要是內閣首輔溫體仁在盡力的拉攏人才，穩固自身的地位，譬如說在洪承疇負責剿滅流寇的事情上面，就是東林黨的提議，得到了溫體仁的贊同，要不然皇上也不會下旨。
不過朝廷之中，東林黨和浙黨之間的鬥爭還是存在的，可一旦牽涉到某個方面的利益，兩方面往往能夠找到一致之處，聯合起來發力，對待鄭勳睿的態度，就是最好的說明。
其實鄭勳睿的能力，溫體仁也是認可的，最關鍵的問題在於，鄭勳睿與東林黨勢不兩立，也不願意攀附浙黨，這就註定在朝廷之中成為孤獨的一派，遭遇兩方面的打壓，東林黨和浙黨都很清楚，一旦鄭勳睿真正的強大起來，他們都討不到好，所以還不如趁著現在，狠狠的打壓鄭勳睿，讓鄭勳睿在朝廷之中沒有出頭之日。
這是一種很可怕的現象，這種現象的出現，也促使文震孟深思，他以前所奉行的道理是不是正確的，也正是因為這樣的反思，讓文震孟對鄭勳睿有了更加深刻的認識，鄭勳睿不攀附任何人，更是不願意加入到所謂的東林黨和浙黨之中，這是很難得的選擇。
最讓文震孟寒心的，還是姚希孟的變化，兩人本來是情同手足的關係，可以說是無話不談，可因為鄭勳睿的事情，兩人之間的關係出現了裂縫，更加零文震孟沒有想到的是，姚希孟竟然加入到對付鄭勳睿的隊伍之中，究其原因，無非是自身的顏面受到了不值得一提的傷害，到了這個時候，文震孟對姚希孟那種迂腐的態度，已經非常不滿了，他甚至認為，姚希孟當年所謂的和閹黨做鬥爭，是不是也包含有其他的味道。
當初討論讓洪承疇負責剿滅流寇的時候，姚希孟是大力支援的，而且是沒有什麼緣由的支援，可是看看如今的結局，南陽府城被攻陷，曹文詔戰死，三千關寧鐵騎被斬殺，如此慘烈的結局，姚希孟這個時候不說話了。
張溥、楊彝、張採、吳偉業、吳昌時、龔鼎孳等人，都是當年被文震孟看好的，特別是其中的張溥和吳偉業等人，可是看看他們進入到朝廷之中的表現，文震孟唯有感慨自己看錯人了，偌大的年紀，見識還不如鄭勳睿。
出於性格上面的原因，也處於根深蒂固的認識，文震孟不願意和他人爭執，在他內心裡面，還是有著讀書人為上的認識，不管是浙黨還是東林黨，都是讀書人，既然大家是讀書人，那就要顧及到自身的顏面，至於說和閹黨之間的鬥爭，文震孟是不會客氣的。
內閣討論洪承疇奏摺的時候，文震孟沒有發表什麼意見，他不想讓鄭勳睿撿這個爛攤子，崇禎元年至今，流寇一直肆掠，唯有鄭勳睿出面的時候，徹底壓制了流寇，讓流寇四散而逃，面臨被剿滅的結局，可就是這種大好的局面，卻被朝中別有用心的人利用了。
文震孟認為，這個時候鄭勳睿不能夠參與到剿滅流寇的事宜之中，這明顯就是渾水，若是鄭勳睿立功了，明顯會遭遇到不少人的嫉恨，若是不能夠徹底剿滅流寇，朝中某些人更是有話說，所以最為明智的選擇，就是繼續擔任陝西巡撫。
內閣討論完畢，文震孟就給鄭勳睿寫信了，這一次寫信，和以往有很大的不同，他將自身的分析，以及朝廷裡面的諸多情況，全部都寫出來了，如何判斷這些局勢，如何做出選擇，文震孟沒有在信函裡面表露，他相信鄭勳睿自身能夠做出最好的選擇。
文震孟也感覺到了溫體仁的進攻，好幾次在皇上的面前，溫體仁毫不客氣的彈劾了他，只不過皇上沒有聽從，溫體仁在內閣首輔位置上面，接近兩年的時間，勢力慢慢的建立起來，態度和以前也不一樣了，如此情況之下，文震孟不知道自己還能夠在內閣次輔位置上面多長的時間，必須趁著這個機會，將所知道的情況告知鄭勳睿，讓鄭勳睿做好一切的準備。
最為氣憤的要算是楊廷樞了，他和鄭勳睿之間的關係，誰都是知道的。
出任詹事府少詹事，接近兩年的時間，期間內閣曾經提出建議，讓楊廷樞到南京去主持翰林院的事宜，這個建議被內閣次輔文震孟否決了，這表明不僅僅是有人想著對付鄭勳睿，也想著對付和鄭勳睿關係最好的他了。
剿滅流寇的大好局勢毀於一旦，楊廷樞感覺到憋屈，可惜他無能為力，退出應社之後，很多的壓力讓他喘不過去來，被提拔和重用的事宜，也看不見苗頭。
這一次，楊廷樞忍不住了，直接給皇上奏摺了，矛頭直接指向了張溥和張採等人，說兩人身為監察御史，不能夠全面瞭解情況，貿然提出了彈劾奏摺，致使朝廷誤判，導致剿滅流寇的事宜，遭受了巨大的波折。
寫出這個奏摺，表示楊廷樞和張溥、楊彝、張採、龔鼎孳、吳昌時、吳偉業等人的矛盾公開化了，也等於是和東林黨的爭議公開化了。