朝廷關於設立五省總督的事情，正式提上了議事日程，在陝西和山西遭遇到打擊的流寇，開始分散活動，一部分留在了山西，一部分進入陝西漢中府，一部分進入河南，一部分進入湖廣，一部分進入了四川，流寇充分利用了各省巡撫之間的事權不統一的弊病，遊走於各省之間，而各地的巡撫，也是將流寇趕出自己的轄區，至於說其他地方的事情，他們不會過問，也不會干涉，這就導致流寇的隊伍不斷的壯大，總人數已經超過二十萬人，各地深受其害。
徐光啟早就建議設立五省總督一職，只是皇上在人選方面有些猶豫，故而遲遲沒有下定決心，不過如今的形勢，逼迫朝廷必須要設立五省總督一職，協調各地的力量，共同來剿滅流寇了，要不然流寇的隊伍還將繼續發展壯大。
早朝之後，諸多的文武大臣紛紛舉薦三邊總督洪承疇出任五省總督，統領剿滅流寇的事宜，不過皇上沒有同意，洪承疇熟悉陝西、寧夏、延綏一帶的情況，正是因為洪承疇的努力，陝西和山西的流寇，遭遇到沉重的打擊，若是調走了洪承疇，這些地方不能夠穩定了，那就得不償失了。
舉薦人選這件事情，風險是非常大的，若是被舉薦的人遭遇到敗績，那麼舉薦他的人，也會遭遇到彈劾和追究，洪承疇在山西等地剿滅流寇，取得了很不錯的戰績，出任五省總督是沒有任何問題的，也是很安全的，所以說滿朝的文武大臣，不會舉薦其他的人選，就連新上任的內閣首輔溫體仁，舉薦的也是洪承疇。
也就是在這個時候，病中的徐光啟上書，舉薦右僉都御史陳奇瑜。
皇上和徐光啟早就商議過，事情到了眼前，皇上終於下定了決心，擢升陳奇瑜為兵部右侍郎、五省總督，聖旨之中，對於陳奇瑜的職責，也進行了明確，重點協調河南、湖廣、山西以及四川等地剿滅流寇的事宜，至於說陝西、寧夏、延綏等地剿滅流寇的事宜，依舊是以三邊總督洪承疇為主。
陳奇瑜順利的出任五省總督，預示著朝廷加大了對流寇的圍剿力度。
皇上和朝中絕大部分的文武大臣，此時的想法也出現了根本性的改變，以前他們認為流寇是因為生活所迫，聚眾造反，朝廷無力救濟災民，故而對流寇有一定的愧疚心理，認為還是以招撫為主、以剿滅為輔，不過流寇的不斷發展壯大，以及殺官吏、劫掠地方的行為，讓朝廷沒有了同情的心理，認為流寇已經成為心腹大患，必須要徹底剿滅，還地方上安寧。
出任五省總督，陳奇瑜沒有來得及接受同僚的慶賀，隨即趕赴河南省的開封上任，五省總督府就設在河南的開封，這裡正好處於中部的位置，便於協調指揮。
陳奇瑜首先與三邊總督洪承疇取得聯絡，洪承疇坐鎮山西的平陽府，這裡緊靠著河南的開封，距離不是很遠，在接到陳奇瑜的信函之後，洪承疇交代總兵曹文詔暫時協理諸多的事情之後，親赴開封。
五省總督府。
陳奇瑜和洪承疇終於見面了，兩人以前就認識，陳奇瑜也曾經在陝西一帶剿滅流寇，如今兩人都是以兵部右侍郎的身份，兼任五省總督和三邊總督。
簡單的寒暄之後，兩人的話題轉向了剿滅流寇的事宜。
桌上擺著碩大的地圖，陳奇瑜已經在上面密密麻麻做了一些標記，對於這些標記，洪承疇是爛熟於心的，這些都是流寇活動的地方。
“洪大人，流寇老回回屯兵河南南陽等地，羅汝才屯兵湖廣襄陽等地，張獻忠屯兵四川夔州和林縣等地，李自成屯兵陝西漢中等地，還有一部分的流寇，在山西平陽府等地盤旋，這些流寇力量分散，若是不能夠集聚各方的力量，恐怕難以在短時間之內剿滅。”
“陳大人說的是，流寇大都離開了陝西和山西等地，朝著河南、湖廣和四川等地流竄，若不能夠事權統一，形成合力，流寇就會利用這之中的漏洞，來回盤旋，各省巡撫因為職責所限，不要越界剿滅流寇，讓流寇有了喘息的機會。”
“洪大人說的是，我的想法，是調集河南、湖廣以及四川的十萬大軍，專事剿滅流寇，不管流寇到什麼地方，都要跟隨剿滅，寸步不離，如此可以解決流寇四處流竄的問題，洪大人負責的山西和陝西兩地，早已經採取此等的辦法，讓流寇在陝西和山西幾近滅跡，如今剩下的事宜，就是洪大人與我之間的協調事宜了。”
“陳大人乃是五省總督，統領陝西和山西剿滅流寇事宜，若是有什麼安排，儘管開口就是了。”