清朝定鼎北京，先後鎮壓各地農民起義，消滅南明三個小朝廷，用20餘年的時間基本結束了大陸上的武裝抗清鬥爭。滿族成為全中國的統治民族，政治、經濟地位均發生顯著變化。滿族統治者統治全國，不能不聯合漢族地主階級代表和蒙古等少數民族貴族，但這種聯合並不是一種平等關係。滿族統治者旨在擴大和鞏固自己的特權地位，確立起“首崇滿洲”的原則、並作為有清一代恪守不變的國策。
（一）維護滿洲貴族特權
世祖曾標榜：“朕不分滿漢，一體眷遇”，實際上卻以“首崇滿洲”為圭臬①，中樞機構均重用滿族親貴大臣。議政王大臣會議是滿族貴族控制國家的重要工具，擁有很大權力。參予議政的成員除宗室貴族親王、貝勒、貝子外，還有滿洲的勳臣貴戚。康熙初，滿洲、蒙古八旗都統和各部尚書俱為議政大臣，唯漢軍與漢人無權參與。會議設有“議政處”，每屆朝期，議政王大臣們聚集皇宮中左門外會議，“清朝大事，諸王大臣企議既定，雖至尊無如之何”②。體現出滿洲貴族在清政權中舉足輕重的核心地位。
多爾袞攝政時，曾以內三院為六部之首，如明朝內閣之制。大學士品級，滿洲一品，漢人五品，滿尊漢卑。世祖親政以後，撤銷內三院，以原內三院滿漢大學士兼管各部事，正式改行內閣制。內閣大學士表面上滿、漢各半，實則漢大學士班列滿大學士之次，不問政事。崇德年間六部一度只設滿尚書，1648年（順治五年）實行滿漢尚書復職制，實權操於滿官之手。“京堂俱一滿一漢，印歸滿官”③。康熙初年劃一滿漢官品級後，同樣是滿官權重，漢六部九卿只是奉行例行公事，“滿人謦欬，無敢違者”。
滿族統治者在進行封建政治制度建設中需要漢臣的參與，但又要防止特權為漢臣所侵奪，特別創立了分缺制，以確保對中央和地方高階職務的zhan有。為此，將中央機構的職務即“缺分”，分為宗室缺、滿洲缺、蒙古缺、漢軍缺、內務府包衣缺和漢缺。康熙《大清會典》共載內閣、六部等13箇中央機構中有品級和無品級額缺2082個，大部為滿洲和內務府包衣zhan有。①漢軍和漢人的額缺325個，僅佔15.6％。對於地方官員，滿族統治者重視的是督、撫一級人選。1647（順治四年）至1735（雍正十三年）90年間，旗人任督、撫的共計770人，其中漢軍十居其七，滿洲十居其三，蒙古僅二人②。而邊疆大吏如駐防將軍、副都統、參贊大臣、辦事大臣，則由滿人專任。就全國官員總數而言，漢人多於滿人，但京城內外文武要缺，則滿人多於漢人。由於有滿洲只任六品以上官的規定，保證了人數較少的滿人集中控制中央和地方的要職。
滿族貴族不但透過一定製度，將自己的政治特權固定下來，還採取措施，試圖把這種特權地位永久保持下去。對皇帝一族的宗室、覺羅（清制：清太祖以下支派稱宗室、其疏者稱覺羅）錫予封爵，1653年（順治十年）定，宗室封爵自親王、郡王、貝勒、貝子共十等。其中禮親王、睿親王、鄭親王、莊親王、豫親王、順承郡王、克勤郡王，“皆國初有大勳勞者，世襲不降封”③，俗稱“****”，世代承襲不替。其餘宗室王公封爵以世遞降，貴族子弟根據爵秩高低領受高官厚祿。對滿族異姓功臣、貴戚封以世爵，即所謂“民世爵”，分為公、侯、伯、子（精奇尼哈番）、男（阿思哈尼哈番）、輕車都尉（阿達哈哈番）、騎都尉（拜他喇布喇哈番）、雲騎尉（拖沙喇哈番）、恩騎尉九等。清初規定：開創勳勞“不論階次，鹹世襲罔替”④，以確保滿族貴族取得的特權，可以傳遞子孫後代。
滿族仕進與漢族不同，並不專靠科舉考試。一為侍衛，其中以御前侍衛最顯貴。侍衛的挑取，並不是滿族的特權，而是滿族中人數極少的閥閱世家的特權。清制，內外滿大臣子弟，五年一次挑選恃衛，一經入選，往往不數年擢至顯職。一為筆帖式（漢譯文書），是滿人進身的又一捷徑。中央各部、院、寺、監均設筆帖式一職，人數最多，幾乎清一色滿人。筆帖式品級雖低（最高者不過六、六品，低則八、九品），但升遷最快，只要善於奔走攀援，雖目不識丁，不一二十年，亦可富貴，甚至外升督撫，內轉尚書侍郎。
滿族統治者透過這些措施，為滿人進身提供便利之階。有清一代，儘管漢官的人數在不斷增多，地位也在逐漸提高，“首崇滿洲”原則卻從未動搖，用意是深遠的。
（二）旗民差別待遇
滿族統治者在維護自己的特權時，總是竭力把自己粉飾成代表整個滿族的利益，製造滿漢民族的畛域。八旗是清朝統治賴以維持的主要支柱，因此被視為“國家之根本”，享受種種特殊待遇。
經濟上，優養旗人。從入關時起，宣佈永遠免徵八旗人了的差徭、糧草、布匹，從此只承擔兵役。為了解決旗人生計，保證置辦軍械馬匹的開支，入關之初，圈佔京畿方圓259公里內18萬餘頃漢民土地分給入關旗人，並且禁止旗民交產。對於滿族統治者來說，圈佔旗地不過是沿用關外時的舊制，但對當地漢民來說，卻是赤裸裸地對他們的暴力掠奪。由於八旗兵丁經常出兵在外，又建立起俸餉制度。八旗兵丁俸餉遠高於綠旗漢兵，康熙年間八旗馬甲每月餉銀3兩，每年餉米46斛（23石），“計其所得，已多於七、八品官之俸祿”①。更非一般漢民所能攀比。
法律上，實行旗民差別待遇。旗人與民人發生糾紛，州縣官無權判決，須依旗民分治的原則，由各旗和地方特設的理事同知審理。民人犯法，有笞、杖、徒、流、死五等刑罰，旗人則享有換刑特權，“笞、杖各照數鞭責，軍、流、徒免發遣”②，犯徒刑一年者，換刑枷號二十日；流刑二千里，換刑枷號五十日；犯極邊充軍的，換刑枷號九十日。旗人犯盜竊罪免刺字，即使是重犯，也不過刺臂而不像對漢人那樣刺面；犯死罪者也可減等，由斬立決改為斬監候。《清史稿·刑法志》在解釋這樣做的原因時說：“原立法之意，亦以旗人生則入檔，壯則當兵，鞏衛本根，未便遠離”。滿族統治者視八旗為鞏固統治的主要軍事機器，所以才在經濟、政治、法律上予旗人以種種特殊待遇。滿族與其它民族地位的不平等，成為製造民族歧視與矛盾的源淵之一。
二、八旗組織的變化
清朝入關以後，在廣大漢族地區繼續沿用明朝制度，設定布政使司，後來演變為省、府、州、縣各級地方行政機構，任命督、撫、知府、知州、知縣等管理民政。與此同時，為維護自己的統治特權，又千方百計保留本族舊有的社會組織和制度，將滿人“俱隸八旗”，形成“旗民分治”的管理體系。八旗組織適應統治者的政治需要，發生了一些新變化。
（一）軍事職能的加強
八旗兼有行政、經濟、軍事多項職能，隨著清朝對全國統治的建立，八旗的軍事職能大為強化了。
清朝為了以較少的八旗兵丁有效控制全國，採取了“居重馭輕”，重點配置的政策。北京是統治的中心，也是八旗駐紮的主要地點，以後為了鎮戍地方，將一部分旗兵陸續派往全國各地駐防，於是形成“禁旅”與“駐防”的區別。
禁旅八旗，又稱京旗，分左右翼駐紮北京城內。左翼四旗，鑲黃旗在城東北，駐安定門內，依次而南為正白旗，駐東直門內，鑲白旗駐朝陽門內，正藍旗駐崇文門內：右翼四旗，正黃旗在城西北，駐德勝門內，依次而南為正紅旗，駐西直門內，鑲紅旗駐阜城門內，鑲藍旗駐宣武門內。京旗各佐領在行政上歸本旗都統管轄，但在軍事系統上，又按照兵種，將前鋒、護軍、馬甲、步甲獨立編營。其中，驍騎（馬甲）營、護軍營、步軍（步甲）營均按旗分設，前鋒營按左右翼分設。護軍營與前鋒營平時警衛宮禁，皇帝外出時扈從行營，是八旗兵的精銳。以後陸續增設虎槍營（1684年，康熙二十三年）、火器營（1691年，康熙三十年）、健銳營（1749年，乾隆十四年）、善撲營、神機營為特殊兵種。
清代禁旅八旗的兵額是保密的。順治年間約有8萬③，乾隆年間為10萬餘人④，清末增至12萬餘人⑤。禁旅八旗以滿洲八旗為主，遇有戰事，派出作戰，戰畢撤歸京師，為清朝基本的軍事力量。
八旗駐防制度開始於順治朝，發展於康、雍兩朝，迄乾隆朝始告形成。順治年間，各地駐防僅15000餘人①，康熙、雍正年間漸增至90000餘人②，清中葉達10萬餘人③。從此，駐防八旗兵額大體與京旗持平，這種狀況一直延至清末。
康熙至乾隆年間，八旗在東北的駐防地由15處增至44處，在各省駐防地由9處增至20處，乾隆年間在新疆新設8處。其中，配備在京畿和東北的兵力，約佔駐防八旗總數的一半，而東北的駐防八旗又佔畿輔地區以外駐防八旗的半數以上。東北並未配備綠旗漢兵，說明清朝統治者非常重視自己的“發祥地”。相比之下，內地各省八旗駐防，一省不過1—3處。其中又以長江以北較多，湖南、江西、廣西、貴州等處未設駐防。內地軍事戍守的任務，主要由60餘萬綠旗漢兵擔任，八旗駐防起監視作用。八旗兵丁屯駐在全國70餘處重要城鎮和水陸衝要，根據需要各設駐防將軍、都統、副都統，或只設城守尉、防守尉為其統領，他們成為清朝控制全國的重要力量。
清世宗胤禛說過：“駐防之地，不過出差之所，京師乃其鄉土”④。駐防各地的兵丁，最初是從京旗各佐領派撥的，並由這些來自不同旗、佐的兵丁，在駐防地組成新的佐領。但他們的戶籍，仍隸屬原旗原佐領。所以在清初一段時間裡，駐防旗人仍把北京作為他們的故鄉。隨著駐防制度的固定化，駐防旗人的戶籍雖然仍隸屬原旗都統衙門，與本佐領的關係卻逐步削弱，並在駐防當地形成新的旗人群體。
八旗駐防制度的實施，使滿族的分佈進一步呈現大分散小聚居的特點，分散在全國各地——南至廣州、北抵璦琿、西迄伊犁，最集中的地方則是北京城內外和畿輔。
清朝定都北京以後，為了加強中央政權的軍事力量，確立起八旗常備兵制。
入關前滿洲旗人“出則為兵，入則為農”，實行的原是兵農合一的體制。入關以後，清朝統治者對兵丁揀選、兵種、俸餉逐一規定，形成一套完備的軍事制度。
規定兵丁揀選之法。八旗的基層單位佐領是按人丁編設的，清代佐領丁額屢有變化。努爾哈齊定每牛錄（佐領）壯丁300人，皇太極時改為200人，入關初沿用此制。康熙時滿洲佐領總數增加，但每佐領的標準丁額卻縮減為100人，乾、嘉年間又改為150人。其實，這些都只是官方字西上的規定，具體到每個佐領，由於在人員構成、隸屬關係上存在種種差異（佐領有公中佐領、勳舊佐領、世襲佐領等差別），壯丁數額相差是很懸殊的。作為一個壯丁（俗稱“漢子”）的標準未成定製，有時以身高1.6米為合格，有時以一定年齡為標準（如15歲、16歲、18歲等），但八旗壯丁每3年編審1次的制度則被嚴格遵守，合格者編入丁冊。
從佐領壯丁中產生組成八旗軍隊的甲兵（俗稱“披甲”）。揀選甲兵俱驗以騎射，合格者入選，至60歲而免。沒有被選充“披甲”的則稱“餘丁”。在統治階級特別需要時，餘丁也要服兵役。
各佐領兵丁名額都有明文。據康熙《大清會典》卷八一載：京旗滿洲、蒙古佐領，設前鋒2名，親軍2名，護軍17名，撥什庫（領催）6名，馬兵（馬甲，又稱驍騎）40名，步兵撥什庫（步軍領催）2名，步兵（步甲，又稱步軍）18名，鐵匠2名，共89名；漢軍佐領，設撥什庫4名，馬兵30名，步兵撥什庫2名，步兵12名，共48名。以後，各佐領兵額與所設兵種又有所調整。
建立兵餉制度。康熙朝定製：前鋒、護軍、領催，月餉4兩，馬兵3兩，年餉米46斛（23石）；步兵領催月餉2兩，步兵1兩5錢，年餉米22斛（11石），出兵時另有行糧。這種待遇到乾隆年間基本保持了穩定。相比之下，駐防兵丁待遇低於京旗，馬兵月餉2兩，米2鬥5升（合歲支米12.5鬥），與綠旗馬兵的餉米相差無幾。
兵額與兵餉大體確定以後，額兵成為吃糧當差的職業軍人，未當兵的閒散餘丁，則是無差無餉的旗下平民。當兵食糧成為滿族人的主要職業，經濟上形成對統治者嚴重的依賴。