團藏長老想必也知道，我在外面自己建立了一個小村子，在那裡我可以做自己想做的。”大蛇丸靜靜的說道。
團藏沉沒一會說道：“好吧，你有你的想法，借你的離開，我也想看看還有多少敵人，這次要一下子打怕他們！”
大蛇丸離開根部的第二天，木葉就開始傳出他利用孩子還有嬰兒做實驗的訊息。
當然，真實的原因是，團藏將一些流浪兒集中起來，變成了在根部訓練，不合適成為忍者的也被送到了孤兒院。
因為團藏清楚的知道，孤兒院的院長是有被忍界稱作是雲遊巫女的藥師野乃宇，根部最出色的精英間諜。
如果他將大量的孤兒送去，這可以增加孤兒院的負擔，這樣團藏就可以掐住她的命脈，再次為他所用。
大蛇丸不利的謠言是一點點的傳出來的，而且他還故意配合，在藥師野乃宇面前說出，孤兒院的孩子會少之類的話語。
使得越來越多的人覺得那個謠言是真的。就連三代火影都在派遣暗部追查，他可以默許使用敵人來做實驗，因為很多忍者都是這樣開發忍術或者藥物的，但是他絕對不允許使用嬰兒做實驗。
這一天，大蛇丸的母親靜靜的看著大蛇丸問道：“為什麼？”她相信自己的孩子不是那種人，而這麼多年很多事情，大蛇丸也沒有刻意隱瞞她，所以她隱隱約約感覺到自己孩子手裡應該有一股勢力，所以那些謠言的事情，應該很容易就會被消除。
然而事實恰恰相反，這種情況似乎有種愈演愈烈的現象，那就說明，大蛇丸應該有自己的目的。
“我想要一個理由或者說是藉口，我要離開木葉！這邊一些事情，有些束手束腳！”大蛇丸知道有一天，自己的母親會有這麼一問，而他也沒有打算隱瞞。
“嗯，孩子想做什麼就去做，我相信你！”大蛇丸的母親肯定的說道。
“到時候和我一起走吧！”大蛇丸說道。
“好！”大蛇丸的母親的回答出人意料的乾脆。
其實也可以理解，五十多歲的她如今只有兒子一個親人，而且她也不想讓自己的孩子為難，因此，跟著就是。
大蛇丸聽到後，漏出了開心的笑容，他怕自己說服不了母親，沒想到這麼簡單就答應了。
木葉46年，隨著木葉同沙忍的戰鬥激烈的升級，桔梗山戰役爆發，木葉面對沙忍的突襲損失也很大。好歹是將沙忍主力打退，自此沙忍開始走下坡路，此時的土之國巖忍也開始蠢蠢欲動。
因此團藏再次派遣野乃宇前往巖忍做長期任務，臨走前大蛇丸去了一趟孤兒院，見到了那個小小的眼鏡男，然後同藥師野乃宇談了一些話。
對於大蛇丸來說基本沒有什麼變化，唯一的就是御手洗紫霄還是戰死，他的身邊多了一個小跟班，御手洗紅豆。