孫承宗坐鎮遼東的四年，與天津巡撫李邦華、登萊巡撫袁可立遙相呼應，“關門息警，中朝宴然，不復以邊事為慮矣。”
在這樣相對安定的大背景下，按照戰功來衡量，似乎孫承宗有些碌碌無為。
然當時的兵部尚書王永光對孫承宗積極防禦的一番作為作過很中肯的評價：“兵家有云，善戰者，無赫赫之功！”
這也是王永光會推舉孫承宗的原因。
兩年下來，孫閣老和袁軍門一直沒有發動大戰役的機會，而發動戰略總反攻把後金趕出去的機會又不成熟。
但反過來說，孫閣老在無形中為朝廷省下了許多軍費，確保了山海關安然無恙，使明朝有了更多的機會養精蓄銳，充分顯示了天朝的不戰之威。”首輔孔貞運評價道：“公久歷海上，凡地形險易，軍儲盈縮，將吏能否，虜情向背皆洞若燭照，故登萊終公（袁可立）之任銷鋒臥鼓。”
這也從另一方面肯定了孫承宗和袁可立積極防禦之功。
令人惋惜的是，正當孫、袁二公積數年之力準備大有作為組織大反攻之時，閹黨已全面掌控局勢，逼迫袁可立和孫承宗先後去職。
孫承宗與袁可立是很好的搭檔，從後來柳河之役的失敗來看，袁可立的離任對孫承宗的軍事行動有很大的影響和缺憾。
從後來的戰爭結果看，袁可立的實戰能力更強，在登萊缺糧少援的弱勢狀態下，竟然能在數月內組合優勢兵力縱橫海上，戰線綿延至上千裡，排程兩鎮兵馬多次奇兵突襲，以反間計策反後金女婿劉愛塔，連克金、復、蓋三衛旅順、紅嘴、望海、永寧等堡多個戰略要地，使後金數年間蜷縮一隅無以西窺。
袁可立的登萊戰區竟然成為了明清戰爭史上唯一主動出擊叫戰的正面戰場。
此時魏忠賢企圖擴張權利，見到孫承宗功勞非常高，想要攀附，於是派劉應坤向孫承宗表明自己的意思。但孫承宗見到劉應坤之後與他一句話也不說，魏忠賢因此記恨孫承宗。
魏忠賢迫害朝中大臣，將楊漣、趙南星、高攀龍等驅逐出京，孫承宗正在巡視薊州一帶，想到上反對奏書皇上未必會親自閱覽，於是以賀壽為由請求入朝面奏，藉機彈劾魏忠賢。
魏廣微聽說後將這個訊息告訴了魏忠賢，說孫承宗打算以清君側為由殺掉魏忠賢，魏忠賢於是跑到皇帝朱由校床前，哭著求情，顧秉謙也說沒有聖旨私自離開防守的地方，不合法度。
於是朱由校連夜召見兵部尚書，派三人騎快馬阻止孫承宗。魏忠賢又假傳聖旨給九門的宦官，若孫承宗到了齊化門，就將他綁了。
孫承宗到達通州後，接到朱由校的旨意，只好返回遼東，魏忠賢又讓黨羽李蕃、崔呈秀、徐大化上書詆譭孫承宗。
孫承宗於是請求罷官。
後來明熹宗朱由校駕崩，其弟明思宗朱由檢即位，王在晉得以入朝為兵部尚書。
王在晉對孫承宗痛恨不已，堅持說馬世龍和茅元儀迷惑中樞，敗壞了邊關事，又唆使諫官等交口詆譭孫承宗，來阻止他出來做官。
極力詆譭孫承宗以及馬世龍，阻攔孫承宗的出仕。
孫承宗自辨，告訴戶部說，他上任之後發現先前關上計程車兵沒有紀律，而且有大量的不符合條件的人冒領軍餉，於是他裁剪軍隊六萬七千人，為朝廷節省了六十八萬兩白銀的開支。
崇禎上位正是缺錢的時候，因此並沒有怪罪孫承宗。
反而王在晉因為過度抨擊孫承宗，被削籍歸鄉。
“臣附議。”
“臣等附議。”
......
廷臣爭相附議請召孫承宗。
崇禎乃詔承宗以原官兼兵部尚書，及召對，命承宗保護京師。