王則之看著地圖，城南能拆的廟只有南寺，上下兩寺，白衣廟了。
明代政權建立之初，有鑑於元代崇奉喇嘛教的流弊，轉而支援漢地傳統的佛教各宗派，因此喇嘛教在內地漸衰，而禪、淨、律、天台、賢首諸宗逐漸恢復發展。
太祖早年出身於僧侶，對於佛教有意加以整頓。
洪武元年即在南京天界寺設立善世院，命僧慧曇管領佛教，又置統領、副統領、贊教、紀化等員，以掌全國名山大剎住持的任免。
三年又召集各地僧耆，規定寺院為禪、講、教（包括依瑜伽教修行及應赴佛事等）三類，要求僧眾分別專業。
隨後又召集江南名僧至南京，啟建“廣薦法會”及點校藏經，進行刻版。
對於僧人普給度牒，廢除過去計僧賣牒的免丁錢，並命各地沙門講習《心經》、《金剛》、《楞伽》三經。
到了洪武十五年，對於佛教的整頓更為積極，仿照宋制設各級僧司、僧官，其制在京設僧錄司，各府設僧綱司，州設僧正司，縣設僧會司。
僧錄司諸僧官由禮部任命，有左、右善世，左、右闡教，左、右講經，左、右覺義等職。
主要任務是監督僧眾行儀及主管考試等。
從洪武二十五年起，僧錄司務僧官都按級給俸，最高的月給米十石，最低的五石。
制定僧服色別，嚴格區分禪、講、教三類。
十七年採納禮部尚書趙瑁的建議，規定每三年發度牒一次，並加考試，不通經典者淘汰。
二十四年命各州府縣只許保留大寺觀一所，僧眾集中居住，限各府不得超過四十人，州三十人，縣二十人。
規定男子非年達四十歲以上，女子非五十以上者不準出家見。
復通告全國，防止僧俗混淆，規定僧人誦經儀式和施主佈施金額，這就是所謂《申明佛教榜冊》，是明初整理佛教的一項重要檔案。
又命各府州縣的僧官，就地調查雜處民間的僧人實數，要他們集中居住。
次年通知全國各級僧司造僧籍冊，擬刊佈各寺，使互周知，名為《周知板冊》。
後以執行手續過煩，不久就停止了。
明初以來，僧道度牒是免費發給的，但考試限制很嚴，私度因而激增。
代宗景泰二年因救濟四川、貴州饑荒，採納朝臣建議，實行收費發牒制度，凡僧道奈米五石者，給與度牒。
憲宗成化二年，淮揚地方大飢，也用同法以賑濟。
成化八年淮揚巡撫張鵬請給僧道空名度牒一萬道，以買米濟荒，雖一度遭到反對，但到了次年戶部卻發給空名度牒十萬道，以賑濟山東。