遙遠的星系中有一個叫做“anteverse”星球，在岩層中生活著一種名為“先驅”的外星種族。
先驅是一種殖民生物，透過不斷侵佔其他星球來繁衍生息，直到耗盡這個星球的能源，又尋找下一個目標。
先驅掌握著極高的製毒、化學、生物和超空間技術，可以透過建立“蟲洞”的方式，與其他星球進行橋接，從敵人內部滲透攻擊。
早在三疊紀的時候，地球就已經被先驅盯上了。
先驅第一次跟地球建立蟲洞是兩億年前的三疊紀時期。
但那時的地球大氣中含氧量極高，先驅製造的怪獸部隊無法適應當時地球的環境，最終殖民任務以失敗而告終。
後來地球被人類統治，隨著人類文明的不斷發展，地球汙染加重，大氣中的二氧化碳含量升高，達到了可支援怪獸生存的環境。
於是怪獸部隊的第二次殖民任務也正式開啟。
地球歷，2013年，環太平洋地區海底深處出現了一個平行宇宙“突破點”。
隨後，一個巨大無比的巨獸生物從海”中崛起。
第一隻巨獸首先摧毀了舊金山以及周圍所有的海岸城市。
人類大部分企圖阻止巨獸的軍事行動，全部以失敗告終。
無奈之下，人類發動了終極武器核彈，才消滅了那隻怪獸，但舊金山方圓百里也變成了荒蕪之地。
這次事件結束後，人類為巨獸起了“怪獸”（Kaiju）的名字。
隨後，第一波開菊獸在馬尼拉、東京、悉尼、香港等地陸續出現。
後經科學家分析，第一波開菊獸襲擊是“向我開炮”的自殺性質，人類的常規武器對它們沒有任何作用，核彈雖然能夠消滅它們，但會引發其身體內的毒素大量釋放。
這是一種“自然選擇”行為，透過自殺改變地球大氣、土壤、水源環境，滅絕地球生物。
也就是說雖然核彈能夠殺死一定數量的巨獸，但沒等到巨獸死絕，人類就先玩完了。
因此人類開啟了“獵人計劃”，製造與之匹敵的巨型機甲，單純透過物理攻擊，造成開菊獸“內出血”死亡，阻止其毒素汙染大氣。
自從有了機甲獵人，人類開始獲得勝利，甚至將怪獸襲擊變成宣傳活動與儀式，但人類卻並不知道更加恐怖的威脅即將來臨。
隨著第二波巨獸入侵，人類進入了機甲與巨獸PK的時代。
但越來越多的開菊獸從蟲洞中湧入地球，攻擊越來越頻繁。