獨孤整死了，被三支毒箭射死在獨孤府百丈之外，當訊息傳出，在李唐朝野引起了軒然大波。李淵下旨將京兆尹於氏家方於筠革職查辦，由兵部尚書趙孝慈接任，又令刑部、御史臺和大理寺會審獨孤整被刺殺的原因，此案由刑部牽頭，三司各抽精幹之士聯合調查，限定十天查清兇手。
李淵又令太子李建成前去慰問獨孤氏，以示自己對舅父的誠摯哀悼，追贈他為鄭國公、加封上柱國，准許獨孤氏以國公之禮厚葬獨孤整。在收棺大殮之日，李淵卸下龍袍，以外甥這個私人身份下跪拜祭，可謂是關懷備至，贏得李唐朝野上下一片讚譽，皆贊李淵皇恩浩蕩、仁義至孝。
五天後，刑部拿出了比較詳實的調查方案，並指出獨孤整極有可能是被李密謀殺，理由有三：一是射中獨孤整之冷箭是榆木製成，這是李密內軍的專門箭桿；第二個理由是在案發前一天，有三名南方口音的男子在凌雲酒坊要了一間客房，並詢問獨孤府所在，然後有人看到他們在獨孤府附近徘徊了很久，案發之後，他們再也沒有回到凌雲酒坊，他們離開得比較匆忙，連行李都沒有回來取，他們的衣服料子產自江南。
第三個理由更為合理，說是房玄齡的到訪，讓李密擔心隋唐休戰，致使隋軍全力攻魏，所以為了破壞隋唐締結合約，李密企圖嫁禍隋朝。
當然了，這三個理由都比較牽強，缺乏直接有力的證據來證實，所以無法出具正式證明，但無論如何，調查都將矛頭指向了李密。各種說法也因此在襄陽傳播，但官方始終沒有一個正式的說法，而在有心人的引導下，各種傳言越來越變得荒謬。
……
儘管襄陽城內眾說紛紜，但是對於李淵而言，他已經顧及不到城中的混亂了，只因房玄齡離開不久，周邊的隋軍便壓向了唐境。這一次，除了南陽、淅陽方向沒有異動之外，漢川、順政、漢陽、臨洮等地隋軍時不時的在大唐邊城耀武揚威，雖然沒有正式開打，但動不動就一箭飛上城頭，挑釁意味十足，使求援之信如雪花一般送到了襄陽。
這其實也是楊侗所執行的戰略欺騙，目的是讓李密以為隋朝秉承先唐後魏的戰術，同時也是為了進一步逼迫李淵，以讓李唐更快的陷入內亂之中，不讓李淵有充足的時間對關隴貴族採取溫水煮蛙的溫和手段。
李淵的主力盡皆駐紮在荊襄一帶，巴蜀雖不至於是兵力空虛，但除了各個邊郡之兵，內部也只有郡兵而已，這些不經戰事、久疏戰陣的巴蜀軍根本抵禦不了身經百戰的隋軍，如果巴蜀丟失，李淵就只剩下荊襄五郡了。這是李淵絕不能容忍的事情，那麼李淵在四面受敵的情況下，他會抽調哪裡的軍隊回防巴蜀？捉襟見肘的荊襄之軍顯然不可能，一是時間上來不及，二是身為帝都的襄陽也一樣重要，不能有失。如果他調荊襄軍入蜀，那麼漢水防線便會出現致命的漏洞，隋軍只需破開漢水大堤，便能水淹西城，第七軍順流而下，佔領西城郡和房陵，繼而佔領巴東，掐斷巴蜀和荊襄的聯絡，致使荊襄得不到巴蜀的一粒糧食、一名援軍。與此同時，淅陽和南陽方向的軍隊也可以直指襄陽。所以擺在李淵眼前的只能繼續在巴蜀強行徵兵，必然引導致李唐局勢進一步惡化，而楊侗就是要李淵走出這一步臭棋，營造出窮兵黷武的局面。
面對來自巴蜀的求援之信，李淵不得不推翻劉文靜之前的推斷，認為隋軍是真的對自己下手了，可是他想馳援巴蜀的時候，竟發現擁有三十多萬大軍的自己竟然兵力不足，無軍可派。
在御書房中豎起了一個大木架，一塊木板上釘著一幅李唐疆域圖，白旗代表唐軍兵力部署，而紅旗則代表隋朝的兵力情況，陳叔達和劉文靜在給李淵分析各地局勢，入宮稟報的李元吉站在一旁，似乎想說什麼，卻又因為顧慮到旁邊在外人在，不好說出口，只能耐心的等待著。
“聖上也不用太過著急，我們本來就危機四伏，現在只是危機真正降臨了而已，其實真實的處境和之前區別不大，只要我們藉助山川之便，應對得當，依舊可以堅持得下去。”
陳叔達一邊安慰李淵，一邊用木杆指著木架上的地圖，沉聲解釋道：“目前我們在漢水防線投入了十二萬軍隊，包括襄陽、夷陵的新兵在內，荊襄計有二十二萬之多；在清化、義城、武都、宕昌、同昌各有一萬；蜀郡的兩萬新兵和通川、巴西、普安、平武、汶山各郡的五千郡兵，是巴蜀的第二道防線，以及後援。加上襄陽兩萬元從禁軍、兩萬新軍、一萬武川卒，共有大軍三十八萬左右，這就是我大唐的全部兵力。”
“隋軍現在雖然大舉來犯，一時之間雖然有些出人意料，卻也在我們的意料之中，只是來得太過突然，讓我們慌了手腳。但巴蜀山川險峻，隋軍一時也攻不下來，我們可以將通川和巴西的郡兵支援清化、普安支援義城、普安和平安支援武都、汶山支援宕昌，蜀郡的兩萬新兵則移到巴西郡，隨時支援出現破綻的防線，這樣雖然使這六郡沒有駐軍，但只要外圍防線在手，隋軍也飛不過來。”
“其實我軍如果防守得力，不僅可以穩住局勢、以戰練兵，甚至還可以藉助山川地利之便殲滅一部分主戰隋軍，戰事拖得越久，隋軍的兵力、士氣、作戰意志消耗越大。反觀我軍，則是士氣越高、慢慢向精銳之師蛻變。我大唐只有隋朝一個敵人，而楊侗還有李密、林士弘等敵人，要是隋軍在某處戰場出現重大失誤，各路諸侯不用我大唐聯絡，便會不約而同的反攻，雖不至於讓隋軍全線潰敗，但是對於我們來說，至少獲得了寶貴的喘息時間，軍隊也在戰鬥中得到成長。接下來拼的就是韌勁和國力了。”
“今之楊侗，宛若氣勢如虎、睥睨天下的曹操，可後來屢屢被東吳、蜀漢反攻，赤壁之戰的損失慘重是一個原因，另一個原因是曹魏上下殺伐半生，這股氣勢一洩，便沉浸於安樂之中，失去了以往奮進之志。反觀生活在曹魏的威壓之下的蜀漢、東吳，他們總是有一股焦慮感，總是拼命驅趕自己走向強盛，氣勢和爭勝之心在此消彼長之下，反攻之事自然也就越來越多。”見李淵面色蒼白，害怕之極，陳叔達便拿三國之事前來安慰。
劉文靜也說道：“巴蜀易守難攻，只須派遣善戰之將居中排程即可無礙，而身為大唐核心所在的荊襄才是重中之重，微臣以為他們是要把巴蜀之軍拖在巴蜀，無法支援荊襄，不過我們雖然不能調巴蜀大軍，但是晉王在夷陵的七萬大軍，至少有五萬人可以隨時調動，這五萬軍不管是投向巴蜀也罷、投向荊襄也好，甚至還能以圍魏救趙之策反攻南郡，在舂陵軍的掩護之下，佔領沔陽、江夏、永安、安陸、義陽和漢東等郡。所以微臣再三勸說聖上在夷陵組建第二道防線，原因就在於此。”
如果說陳叔達的話給了李淵一點安慰，那麼劉文靜的反攻設想，卻讓李淵心生厭惡，他猛然起身，怒道：“疆土丟了，至少還有軍隊，軍隊丟了，一了百了。五萬新兵能佔領南郡、沔陽、江夏、永安、安陸、義陽和漢東？這簡直是天大的笑話，朕也打仗過，不是不知兵事的蠢貨。”
劉文靜嚇得不敢再發言，歸根到底，還是皇帝讓楊侗打怕了，已經失去進取之心，現在不但不敢打，甚至挑戰楊侗的底線都不敢。
李淵似乎到自己的語氣不好，嘆息了一聲，緩緩的說道：“朕也想擴軍百萬、也想反攻，恨不得明天就可以收復關中、收復幷州，打到洛陽…但是我們沒有錢糧、沒有人口…朕能怎麼辦？現在我們只能穩住一陣子，把軍隊訓練強大了再說反攻之事。”
他見李元吉向自己不斷的使眼色，頓時臉一沉道：“有話直說，是否合理朕會做主！”
李元吉上前一步，道：“父皇，荊襄和巴蜀並非沒有人口，並非沒有兵源，關鍵是看父皇能不能下決心。”
李淵皺眉道：“哪來的兵源、人口？”
李元吉恭恭敬敬的說道：“父皇，在大業大亂中，北方大地遭到極大破壞，大量人口逃離戰亂之地，南陽平原人口最多的時候就有四百多萬人，這裡是吃人魔王朱粲主要活動的範圍，在他的破壞之下，百姓紛紛四散而逃；當時李密和王世充又在大戰，而蕭銑治理的荊州卻比較安靜，於是百姓主要都是逃到了襄陽、舂陵、房陵等郡。而巴蜀，也接納了很多關中流民，可是據兒臣所知，這些人始終沒有登入官籍之中。若是我們效仿隋文帝，在荊襄和巴蜀嚴厲的執行‘輸籍法’，怎麼說也能獲得兩三百萬人吧？人有了，稅賦、兵源不用愁。”
一番話說得李淵怦然心動。
這個‘輸籍法’是隋文帝制定各戶等級和納稅標準的辦法，他利用這一手段蒐括隱藏戶口，以防止百姓逃稅和抑制士族、豪強佔有人口，從而確保朝廷收入，加強集權
當時的天下經過幾百年動盪，使戶口隱漏日趨嚴重，世家大族、豪紳富戶廕庇了大量無地或少地的百姓，朝廷直接掌握勞力極少。尤其是打來打去的北方，由於有未婚者只繳一半租稅的規定，致使地方戶籍出現了一家只有一人的登記情況。有的世家門閥，一戶之內藏匿數百家，人數多達十多萬，朝廷賦稅收入因此而銳減。此外，不少百姓為了逃避繁重的賦稅徭役，或在法定服役年齡弄虛作假，或是隱瞞戶口。這些現象嚴重影響朝廷的賦稅徭役，削弱了朝廷的力量，同時也使均田制很難付諸實際。
文帝先在北方清查戶口，整頓戶籍，編制“定簿”，以此為依據來收取賦稅。僅在開皇三年這一年，就清理出包括五十萬丁男在內的一百六十多萬人。
開皇五年，嚐到甜頭的隋文帝在全國大索貌閱，核點戶口。所謂“大索”就是清點戶口，對在籍編戶成員的姓名、出生年月、相貌和身體特徵都詳細記錄在冊；所謂“貌閱”，則是將百姓與戶籍上描述的外貌一一核對，驗明正身。規定凡出現戶口不實的情況，地方官吏里正、保長、黨長要被流放，處罰相當嚴厲。同時又規定凡堂兄弟以下親屬同族必須分戶，大大增加朝廷的財政收入，壯大了隋朝國力。