李淵深知江東之戰，李藥師實居首功，詔他進京，在廟堂上當眾嘉許：“李藥師乃蕭銑、輔公祏膏肓，古之名將如白、韓、衛、霍，豈能及也！”
白、韓、衛、霍指白起、韓信、衛青、霍去病。
皇帝又垂詢嶺南施政經驗，李藥師一一回稟。
他特別著重南隅與北地風土人情的差異，雖未建議修法，李淵卻深明其意。
四月初一頒佈嶄新律令，將舊有稅賦的租調製改為租庸調製，其中頗多參考李藥師在嶺南施政的經驗。
官職、嘉許、垂詢之外，又有賞賜。
李藥師得到官絹千段、奴婢百口、良馬百匹。
府中突然多出這許多人口馬匹，可夠出塵、和璧、隨珠忙了。
李藥師卻明白，皇帝、秦王父子嫌隙日深，雙方都想攏絡自己。
身為人臣，行事若有半步差池，只恐萬劫不復。
且待京中諸事告一段落，還是儘速回到揚州為上。
此前李世民已回長安，現在李藥師進京，彼此自會相見。
六年前那“你我一南一北，戡平大江大河”的壯志豪情，如今已然實現，怎不令人歡欣振奮，激動萬分？兩人一番慷慨昂揚的平生交心之後，李世民便問兵法：“先生昔日以奇兵擊蕭銑，此次則以正兵破輔公祏，可是？”
李藥師道：“《孫子》有言：『戰事不過奇正，奇正之變，不可勝窮也。
奇正相生，如迴圈之無端，孰能窮之哉？』所謂『分合為變』，在戰場上由將所指，瞬息推移，孰能分奇正之別！所謂『形人而我無形』，此乃奇正之極致也。”
此段大略見於《李衛公問對．捲上．第四》。
李世民大為激賞：“深乎！深乎！”
他尋思半晌，又問道：“秦人嚴刑峻法，使軍民畏我而不畏敵。這種治兵之道，使孤深感疑惑。先生在嶺南則以善政凝聚人心，並不多施刑法，便可使萬眾懷德，可是？”
李藥師躬身道：“是。《孫子》有言：『卒未親附而罰之，則不服，不服則難用。卒已親附而罰不行，則不可用。』因此為將者治兵，當先以仁愛結於士卒，然後可以使用嚴刑。如若未能先以仁愛凝聚軍心，而只依靠峻法，如此統兵，則不易成功。”
李世民卻問道：“然而《尚書》有言：『威克厥愛，允濟；愛克厥威，允罔功。』這又如何解釋？”
《尚書》此言認為，威嚴超過仁愛，則能夠成功；仁愛超過威嚴，則無法成事。