李淵入居正殿，升座視事，下令蒐集天下戶口圖籍，同時出榜與民約法十二條，除隋苛政，軍民人等一時歡聲雷動。
不數日，李淵當殿錄囚，大逆不道者斬，其餘開釋。
當時衛文升已然病歿，李淵依冊點名，將陰世師、滑儀等逐一斬決。
點到最後，只見名冊上赫然便是“李藥師”三字。
李淵頭也不抬，當下便要擲籤問斬。
孰料階下竟傳來雄渾俊朗的呼聲：“公起義兵，本是為天下除暴亂。如今不欲圖大事，卻只知因私怨而斬壯士麼！”
李淵不得已抬眼望去，這人果然便是李藥師。
只見他雖然即將赴刑，站在殿前卻仍如淵渟嶽峙。
他甫出囚牢，衣衫汙穢，卻無法遮掩一派神氣清朗，器宇軒昂。
李淵看在眼裡，一方面暗自心折，一方面卻也益發忌憚。
此時只聽得李淵身邊一名年輕人上前稟道：“父親要平天下，當廣攬宇內人才。李藥師實乃當今第一將才！萬請大人不念舊過，赦罪授官。”
李藥師由階下朝殿上望去，但見這名為自己進言的年輕人，此時虯鬚雖然尚未成形，但舉手投足之間威風凜凜，神氣揚揚，決然便是當日太華西嶽之上、雲堂淨室之內、設色山水之中，與徐洪客石亭對弈的虯鬚龍子。
而他……他當真稱李淵為“父親”！李藥師滿腔英雄肝膽，登時痠軟如綿。
此時李淵心下，思緒也是千迴百轉。
他想到結髮夫人竇氏已逝，她所遺四子，三子李玄霸早亡。
起兵之初，自己以四子李元吉留守太原；入關之後，又命長子李建成屯兵潼關，防禦東方。
如今身邊，只有次子李世民。
此番起事，義軍由太原至長安，在霍邑勸進的是他，請速入西京的是他，退河東追兵的也是他。
李淵再三忖度，此時實不宜峻拒李世民之請，所以遲疑良久，方才說道：“此人狀貌魁偉，浩氣幹雲，只怕難以駕馭。”
李世民卻道：“孩兒自有駕馭之法，請大人勿慮！”
李淵仍在兩可之間。
李世民又進言，說唐軍將官雖然熟悉關內與關東，但於南方軍事地形的瞭解，無人能如李藥師。
將來經略江淮，必須有他相助，云云。
李淵深知此言有理，於是勉強應允。