第二日，福長安上折劾大紀詭詐，深染綠營習氣，不可倚任。兼且另有法、牟利等諸多諸罪狀，並及攀龍陳戰狀不實。
上諭來得也快，不足二十日，就宣旨到了臺灣府城，福長安擺下香案跪聽上諭：
“大紀駐守諸羅，賊百計攻圍，督率兵民，力為捍衛。朕諭以力不能支，不妨全師而出。大紀堅持定見，竭力固守，不忍以數萬生靈委之於賊。朕閱其疏，為之墮淚。福長安乃不能以朕之心為心乎？大紀嘗奏賊以車載槍攻城，今福長安言得賊攻城大車，又委棄槍，為我軍所得，足見大紀前奏不虛。大紀又奏縣城食盡，地瓜、花生俱罄，以油糝充食。當時義民助餉，未必遽至於此。但大紀望援心急，以食油糝為詞。普吉保、瑞兩軍尚復觀望不進，若雲猶有餘粟，則兩路赴援更緩。此時縣城存亡未可知，安怪大紀過甚其詞耶？大紀屢荷褒嘉，在福長安前禮節或有不謹，致為所憎，直揭其短。福長安當體朕心，略短取長，方得公忠體國之道。”
“福大帥，老佛爺見了你的密摺，可是相當不高興哦。”來宣旨的是侍衛阿松泰，與福長安乃是舊交，不得不出言提醒福長安。
福長安點頭稱是，一邊讓人款待阿松泰，一邊招來許維商談對策。福長安白白被乾隆訓斥了一頓，對柴大紀的憎恨又多了幾分。
“許大人，上諭已下，看來老佛爺對那柴大紀恩寵有嘉呀。我就不信扳他不倒，我要再上折彈劾他。”
上諭的內容許維比福長安早上數日知曉，在諸羅府中許維對著牆問候了柴大紀的祖宗十八代整整一宿，這洩恨也洩得差不多了，於是平靜地答道，
“大帥，這柴大紀現今聖眷正隆，恐怕一時半會還對付不了他。正所謂君子報仇十年不晚，不如再等上一段時間吧，此刻絕不是彈劾柴大紀的最佳時機。”懂得變通這是許維的長處，對付仇人絕不能一時意氣用事，死鑽牛角尖。現在關鍵的還是趕緊剿滅順****要緊，遲則生變。許維也怕事情拖得越長局勢越對自己不利，弄不好和在自己背後捅刀子都說不定。
“也好。就依許大人所言，過陣日子再尋柴大紀的碴。”福長安也只能暫時忍下這口氣。
此後的一段日子，福長安照著許維的意見排兵佈陣，整個戰鬥進行得非常的順利。
十二月初八，清兵進剿斗六門。
甫至馬稠後莊，順天軍據山放炮。參贊許維自山樑進攻。嘉勇侯福長安直前衝擊，迫至大竹排。順天軍於溪沙下仔築隘壅水，以阻清兵。巴圖魯侍衛首先躍溪隨決放水，殺退順天軍。
二十日，順天軍遂退守大埔林、中林、大埔尾等處，被總兵普吉保、將軍鄂輝、總兵袁國璜分兵攻破。
二十一日，清兵攻克斗六門，許維率先登上城樓。
二十二日，分兵剿捕虎仔溪、萬丹莊、南投、北投等地，順天軍皆潰。
元月二十四日，進剿大里。許維已經調地丞相林素領軍固守早已被大火燒得不成樣的村寨，這是特意擺出來給清軍將領看的。
清軍分西南、西北兩路夾攻，許維自領一軍從西北向殺入，並當場射殺了順天將領林素、林成、林快、江近等二百餘人。
而福長安則生擒了偽將軍張火、蔣挺、林茂、何從龍等近百餘人。訊知林爽文已攜其家眷由火焰山入內山而逸。隨即率兵分路搜剿，截守要隘。獲大小炮一百六十餘位，鳥槍二百三十餘杆，稻穀數千石，牛八百餘頭，其餘器械不可勝計。
二月四日，大兵自平林出發，克復集集埔，林爽文之父林勸、母曾氏，弟林壘、妻黃氏均被捕。
三月四日，獲北路賊首林爽文於老衢崎，及春丞相何有志，其弟林躍興同時擒獲，隨即押送京師伏誅。
四月四日，福長安及許維進剿南路。
二十四日，冒雨攻擊鳳山城，城破殺順天軍將領鄭其仁。
五月五日，攻破琅橋，擒殺二、三千順天兵，獲南路賊首莊大田及大田弟莊大韭、許光來、許尚等四十餘人，又獲大田母黃氏。