也就在萬眾皆以為大中朝今後會徹底安生下來，全力恢復各地農經的時候，內閣大臣們也在商議著要裁撤一些兵馬，準備將精力全都投入到恢復各地經濟民生的事情上的時候，海軍方面和海上貿易集團都提出來，發動一次大規模的攻勢，要將臺灣島拿下來，將盤踞在臺灣島上的荷蘭人逐出臺灣島的時候，肖天健卻在內閣會議上表示了反對的意見。
對於裁撤過剩的軍隊問題上，肖天健並未反對，經過這麼多年的南征北戰之後，大中軍也膨脹的非常厲害，經過粗略統計下來，各地的大中軍這幾年來，為了加強對各地的統治力度，不斷的進行徵兵，再加上不斷的收服各地的亂軍和明朝舊部，即便是大中軍一邊打一邊裁撤遣散閒雜人員和老弱殘兵，也使得大中軍到了天元三年夏季的時候，已經達到了空前的近百萬的數量了。
百萬大軍對於後世也許算不上太多，可是在這個時代，卻是一個恐怖的數字，以這個時代的生產力來說，即便是大中朝所轄人口已經過億，但是一百多個人養活一個兵還有十幾萬匹各種騾馬，對於新立的大中朝來說，無疑是一項非常沉重的負擔，何況現在大中朝也是處於百廢俱興的階段，要花錢的地方太多太多，而且肖天健一心一意要儘快打造出來一支強大的海軍，這海軍可是純燒錢的兵種，不裁撤掉大批陸師的話，無論如何也架不住這樣的消耗。
再加上當兵的基本上都是青壯年勞力，現在大中朝百廢俱興，大批撂荒農田需要重新復耕，因為前期農業因為天災戰禍遭受破壞嚴重，耕牛大批被殺掉，農耕更需要以人力為重，可是這麼多青壯被徵做兵卒，這對於大中朝今後的復甦也非常不利，所以裁撤各地陸師便必須要儘快展開。
所以肖天健也同意內閣大臣們提出的裁軍計劃，將現有的百萬大軍裁撤掉三成甚至於一半，令其卸甲歸田。
但是內閣大臣們提出的裁軍計劃，卻遭到了兵部上下的反對，他們的理由也很充分，現如今各地剛剛平定，還有許多大明餘孽在蠢蠢欲動試圖復國，西北方面還有李自成餘孽尚未盡數被討平，而且這些大中軍兵將之中，有許多人為大中朝出生入死，現在剛剛立國不久，便要將他們趕回家，這麼大批的兵將一旦安置不好的話，便又會成為不穩定因素，使得剛剛稍稍平定下來的局勢重新糜爛。
而且永曆現在逃入緬甸，北方還有建奴和蒙古人的事情沒有解決，下一步肯定還要在北方動兵，所以眼下大批裁撤陸師並不合適。
對於軍方的態度彰顯出了文武之間的嚴重分歧和矛盾，這是一場博弈，而肖天健無疑便是這場文武之間的博弈的裁決者。
對此肖天健考慮再三，多次和內閣以及兵部方面進行商量，但是最終肖天健還是下旨，對各地軍隊進行一次大規模的整編，但是對於裁撤兵馬數量，採取了分批裁撤的方式，在本年度也就是天元三年之內，各路兵馬現行整編裁撤兩成兵馬，將軍中一些老弱兵將先行裁撤，令其卸甲歸田。
當然這次裁軍也並非簡單的將這些兵將遣散回家務農便拉倒了，對於裁撤兵將，肖天健要求給予厚待，特別是對那些有功的將士，更要給予厚撫，根據其軍階不同，給予數量不等的遣散費。
另外這些兵將遣散之後，要返回原籍進行安置，各地官府要妥善對其進行安排，絕不容許出現讓兵將們一回家便立即陷入到餓肚子的境地之中。
好在中國經過這次大變之後，原來各地被大明皇親國戚以及一些勳戚權貴大量兼併的土地，現如今已經基本上都被收歸了國有，這些土地除了可以安排原來大批的失地流民之外，還有不少的剩餘，故此撤編遣散兵將返回原籍之後，可按照朝廷的要求，每人可根據田地的厚薄不同，獲取到數量不等的田地，作為他們今後養家餬口的基礎，而且朝廷對於這些遣散回鄉的兵將，還給予免徵兩年的特殊優待，儘可能的減少這些兵將們返鄉之後所產生出的不穩定因素。
另外大中軍之中，還有一大批情況比較特殊的人員，那就是這些年來俘獲的敵軍，因為擔心這些俘虜一旦遣散馬上變成流匪，所以這些俘虜們也多被編列為輔兵隨軍看管聽用。
對於這一批俘虜，自然不可能像大中軍兵將那樣得到厚待，但是就地遣散也不是辦法，肖天健便提出了一個建立建設兵團的想法，將這批俘虜調至一些邊境地區，準其將家人也帶上，一起前往這些偏遠之地進行編管屯耕。
北方因為天災戰禍的原因，原來邊境地區很多地方重新變成了荒蕪之地，對於土地的利用率遠沒有後世那樣的見縫插針般的密集，所以還有大量的荒地可供屯耕，可是既然是偏遠之地，生存條件肯定要相對惡劣一些，普通的民眾是不願意輕易便去這些地方落戶的，唯有透過強力政策，先將一些俘虜送到這些地方安置，帶到這些偏遠之地各種生存條件改善之後，方能推出各種優惠政策，吸引內地百姓移民，這個辦法也是對偏遠地區開發的一個不錯的辦法。
肖天健提出這個想法之後，立即便得到了文武兩方的支援，於是在天元三年下半年的時候，大中軍便開始了正式的裁軍。
一批批俘兵開始被拖家帶口的遣送往了各地的偏遠地區，而一些老弱殘兵也開始在領取到遣散費之後，逐步的返回原籍接受安置，雖然這裁撤遣散這麼多兵將，對於大中朝來說，一下便要支出一大筆銀子，但是為了今後大中朝的長治久安，戶部方面還是想辦法咬著牙將這筆錢撥了出來。
但是作為遣散人員，諸軍之中的那些在各地講武堂結業的學員兵們，卻被肖天健要求盡數保留了下來，這些人乃是肖天健好不容易培養出來的職業軍人，不同於一般招募的兵卒，他們每個人都接受過嚴苛的訓練，對於大中朝和肖天健都非常忠誠，戰場上表現的也非常勇敢，一旦將他們裁撤回家，那可就讓肖天健心疼大了。
趁著這次南方平定和裁軍的機會，肖天健又一次對大中軍進行了一次結構性的調整，對大中朝各地軍隊進行了重新編列，按照原來大中軍推行的五五編制，對諸軍進行再一次的整編。
大中軍現在基本獨立作戰單位是師一級的作戰單位，每個陸軍師除了編入五個標準戰兵營之外，還另外編入一個師屬斥候連，一個師屬炮兵營，一個師屬輜兵營，一個師屬工兵連。
而一個營則下轄五個戰兵連，一個斥候小隊，一個營屬炮兵連，如此類推，使得一個整編師齊裝滿員的話，兵力達到一萬人左右。
另外在師一級的作戰單位之外，增設一個團一級的獨立作戰單位，透過裁撤一些部隊的同時，以留下的人員組成獨立騎兵團、獨立工兵團、獨立炮兵團、獨立輜兵團等獨立兵種的部隊，平時不編入作戰師，但是在戰時可隨時按照需要，將這些獨立團編入到作戰集團之中，作為補充和加強使用。
對於多出的人員進行裁撤，不足的人員進行以其他軍中裁撤之後留下的精兵進行補充，使之都達到齊裝滿員狀態。
原來大中軍共劃分成了四個鎮軍外加一個戰區，另外還有一個直屬近衛軍，這一次趁著整編的機會，肖天健又一次對大中軍進行了重新劃分。
取消鎮軍稱呼，並且效仿後世稱呼，將鎮軍改稱為軍區，成立西北軍區、中原軍區、北方軍區、西南軍區、東南軍區、遼東軍區以及一個近衛衛戍軍區，共七大軍區。