鄭森這個傢伙膽大妄為，在沒有得到朝廷的准許之下，悍然率領船隊抵達了巴達維亞港之後，指揮船隊一字排開，先是猛烈炮擊巴達維亞港的碼頭，將好不容易逃回這裡的十餘條荷蘭船隻打的是千瘡百孔，紛紛掛起白旗宣佈投降。
之後鄭森便指揮船隊開始炮擊岸邊的炮臺，接連摧毀了數座荷蘭人在海邊的炮臺，進而令船隊靠近海岸，開始對巴達維亞城進行了長達一晝夜的猛烈炮擊。
巴達維亞城只能在大中軍艦炮的炮火之中戰慄，城內的荷蘭人各個都心驚膽戰，惶惶如同喪家之犬一般。
最終實在是經受不起大中軍艦隊的猛烈炮擊，巴達維亞總督居然決定投降，派人打出白旗走到海邊，要求和大中軍艦隊指揮官進行談判。
鄭森本來是沒有想到要攻佔巴達維亞的，他率領艦隊過來，主要目的是對荷蘭人進行懲戒，使之今後不敢再動馬六甲海峽的主意，但是沒成想荷蘭人居然這麼不耐揍，一通炮擊居然便打出了白旗。
這個時候鄭森率領的船隊其實已經是外強中乾了，他們先是進行了一場大規模的海戰，接著炮擊碼頭和炮臺，進而又炮擊巴達維亞城，船上所攜帶的彈藥其實已經告罄，本來鄭森已經準備下令掉頭返回巴淡港補充彈藥了，可是沒成想在這個時候，荷蘭人居然打出白旗投降了！
這一下鄭森可就高興壞了，當即下令停止撤離行動，派出船隻趕回巴淡港招呼那裡的商船立即朝巴達維亞港運送彈藥補給，而他則率領船隊拋錨在港口外面，繼續擺出一副不投降就繼續炮擊的架勢。
然後鄭森派出小船將巴達維亞總督接到了他的旗艦上面，雙方隨即展開了一場談判，巴達維亞總督可不知道這個年輕的中國船隊司令官，是擅自行動的，於是便請鄭森提出條件。
鄭森思量之後，於是便貿然提出，令荷蘭人撤出巴達維亞，將巴達維亞交給大中朝，並且令荷蘭人承認馬六甲王國的地位，同時還要將荷蘭人奪自葡萄牙人之手的婆羅洲也交出來。
巴達維亞總督無奈之下，只能答應了鄭森的要求，但是他提出來，他們可以撤走，但是要求大中朝准許他們在巴達維亞保留一個商館，作為他們在這一帶的商業貿易場所，同時請鄭森允許他們修好船之後，再離開這裡，否則的話他們是無法乘坐這些被打爛的破船駛回到他們在印度的加勒的。
鄭森沒想到荷蘭人答應的這麼痛快，於是當即也答應了荷蘭人的請求，准許荷蘭人修理船隻之後再撤離巴達維亞城。
至此荷蘭人的東印度公司，在經歷了臺灣之戰和廖內海戰以及巴達維亞港之戰之後，公司旗下擁有的四十多條戰船，和一百五十多條武裝貨船，基本上已經損失了一大半，實質上已經瀕臨破產，早已無力再在南海和大中朝進行對抗了。
而這個時候荷蘭人雖然海上實力還很強大，但是荷蘭人在這段時間，和英國人之間正在大西洋上爭奪霸權，即便是知道了東印度公司的事情，也無力抽出更多的戰船，來亞洲和大中朝交戰。
所以鄭森誤打誤撞之下，居然一下便將荷蘭東印度公司，從南洋一帶清除了出去，趕回到了錫蘭的加勒，徹底控制住了南中國海。
但是鄭森畢竟不是按照原定計劃行動的，雖然取得了大勝，但是他手頭上卻沒有多少可以佔領巴達維亞的軍隊，他總不能把船上的水兵都全部調到陸上去，對巴達維亞進行佔領吧！
在談判結束之後，他一邊讓各船先抽調三分之一的水兵登陸，組成接受軍，接管巴達維亞城重要的地點，一邊趕忙派人趕往馬六甲和巴淡港調那裡的陸師守軍，來幫忙接收巴達維亞。
另外他也想起來，這次他把事情鬧大了，國內還不知道這邊發生的事情，於是又連忙派快船返回國內通知朝廷這邊的情況，請朝廷立即派兵增援，來接管荷蘭人在婆羅洲和爪哇一帶的城堡村鎮，建立這邊的統治。
當兩個多月之後，鄭森攻佔巴達維亞的訊息傳到北京城的時候，肖天健看著鄭森呈報上來的這份戰報，以及他和荷蘭人談判的結果，真是又驚又喜，另外還有點哭笑不得。
本來他這次派兵攻打馬六甲，暫時並沒有想過，趁機馬上便將巴達維亞也打下來，將荷蘭人從南洋一帶逐離，但是沒成想鄭森這個傢伙，卻膽子大的包住了身子，居然拿下馬六甲還不知足，進而又率領船隊擅自跑到巴達維亞，去炮轟巴達維亞城。
結果是一通亂炮之下，荷蘭人在巴達維亞的總督大人，居然當場尿了褲子，直接宣佈了投降，這下倒好，突然間整個南洋一帶，都成了他大中朝的地盤了。
內閣得知了這個訊息之後，也是有點哭笑不得，不知道是該嘉獎鄭森這個傢伙，還是該將這個擅作主張的傢伙抓回來問罪的好了！
這突然間的變故，讓所有人都有點措手不及，於是內閣和肖天健連夜進行商議佈置，馬上下令增派船隻，裝運一個東南軍區的步兵師從寧波府直接登船出發，前往巴達維亞接管當地的防務。
對於鄭森的越權行事，肖天健並未給予斥責，而是相反力排眾議，下旨對鄭森以及參戰海軍將士進行嘉勉，同時宣佈在此次南海之戰派遣艦隊的基礎上成立南洋艦隊，升任鄭森為南洋艦隊的司令長官，艦隊司令部將常駐於巴達維亞港，艦隊則分別進駐馬六甲、巴淡港和巴達維亞三地，負責對南洋水域進行管理和統治，授予鄭森為三等定海伯，以示對於此次他指揮攻克馬六甲和巴達維亞的獎勵。
（今日特別鳴謝skydiou朋友的打賞！另外告訴大家一個悲催的訊息，原定於這本書完結上傳新書的計劃擱淺了！縱橫總編對我的新書再一次提出修改意見，恐怕還要好事多磨！估計是縱橫的老大們對我的期待太高，所以這本新書有點難產！不過相信一次次的琢磨之後，新書質量不會太差！現在縱橫老大們的意見是讓我月底開始上傳新書！所以恐怕趕不上老書完本了！）