時間來到木葉56年，佐助和楠雄已經在忍者學校上了兩年學。
鼬也已經13歲，被三代任命為暗部分隊隊長。
止水卻沒有聽從團藏的話，雖然他不知道為什麼團藏的禁咒沒起作用，但他卻將這件事瞞了下來，經過和鼬的商量開始和三代進行接觸。
止水與其說依舊是根的成員，不如說是恢復了暗部的身份，只是在根臥底。
三代猿飛日斬經由止水的報告和有意識的去調查，發現團藏的確有很多過分之處，甚至和大蛇丸有很深的關係，人體實驗也有他的一分。但是他讓卡卡西將那個唯一倖存的木遁使者帶入暗部後，他還是沒有對團藏進行處理，只是開始慢慢削弱他的權力。
長老們也開始動搖，逐漸分成兩派，但主要還是以猿飛日斬這個火影黨為主。
卡卡西退出了暗部，按照三代的建議開始帶忍者學校剛畢業的學生。
同年，傳來了大蛇丸叛逃曉組織的訊息。
這還不是最重要的，木葉得到不確定訊息，大蛇丸不知道用了什麼辦法，竟然讓田之國大名同意，讓他在國境內成立了音忍村。
這讓木葉的長老團們都炸了。
如果音忍村的首領真的是大蛇丸，那麼大蛇丸將不再是木葉的叛忍，而是田之國音忍村的的首領，木葉將不能再以叛忍的名義去追殺和逮捕他。
於是木葉和宇智波逐漸緊張起來的氣氛瞬間被這個訊息壓下去了很多，現在大蛇丸才是最重要的。
畢竟宇智波這幾年來似乎也沒有表現出明顯的抗議，不如說他們族中的宇智波止水和宇智波鼬這兩個天才是很明顯的火影派，而且能力真的很強，為木葉做出了很多貢獻。
不如說，比起之前宇智波家族的蠢蠢欲動，這幾年來的宇智波家族已經漸漸安分了下來。
至少透過佈滿宇智波家族族地的監控並沒有發現大量謀反發言和行動。
這都要歸功於止水、鼬和富嶽三人。
由止水和鼬作為村子和家族之間的緩衝帶，再由富嶽慢慢統一家族內的意見，告訴他們關於監控的事情，表示木葉其實什麼都知道，但是三代並不準備做什麼，只要他們不動手。但同時，只要宇智波不先動手，木葉絕對不會先下手，這是三代的保證。
自然有很多宇智波不滿意，他們準備謀反本來就是因為村子的一再驅逐，竟然還裝了監控？這不是更過分了嗎？這能忍嗎？
“那麼就要因此犧牲大量的生命嗎？就要重新挑起戰爭嗎？你們確定在村子有準備的情況下能贏？”宇智波富嶽問。
他們無言了一會兒。
宇智波一族都是極其驕傲的，被稱為忍界第一族的他們現在竟然混到如今這個地步，這無疑是讓人很窩火和不甘心的。