雖然商毅是用商量的口氣在向眾大臣詢問，但現在誰都清楚，整個太和殿都己在商毅的控制之中，甚致說整個南京也都被商家軍接管了，他想怎麼樣做，誰也阻欄不了，何況現在眾大臣的頭腦裡都是一片空白，誰也拿不出一個辦法來，因此也只能聽商毅的。
於是商毅也立刻下令，讓安烈帶領著第二警衛連在太和殿外布守，第一警衛連抽出三個排，每個排找兩個宮中待衛帶路，在皇宮裡搜找廷細作的位置，同時又命吳亮帶一個排立刻出宮，到鐘鼓樓去找在那裡駐守的段鵬，立刻把特種旅帶到皇宮裡來。
安派完這些事情之後，商毅才又命太監把太和殿裡的屍體收拾一下，並扯下紗簾蒙好，而朱由崧的屍體，先暫時用幾張桌子拼戌一大臺放置，也用一塊幕簾給蒙上。同時又把倒了桌椅都扶起來，讓眾大臣就坐。等待著商家軍的大隊人馬趕到皇宮來。
而還等這些事情做完，在太和殿外，有一個警衛排己經回報，說著清廷的細作又殺回來了，而在大殿裡，不少官員又慌了起來，有些宮女甚致都嚇哭了。商毅對史可法和吳道：“兩位閣老，這裡面就交給你們照看，我出去指揮。”
史可法也點了點頭，道：“你放心吧，這裡面就交給我們了。”
商毅出了太和殿，雖然除夕之夜沒有月光，但今晚天氣睛好，星光也十分明亮，基本可以看得清楚，只見在殿前的廣場，人影密佈，至少也有四五百號人。商毅也不禁有些吃驚，想不到清廷竟然混進來了這麼多的人。
原來早在十月的時候，清廷就想盡各種辦法，向南京滲透細作人員，前前後後總共派出了有近千人。按說這麼多人潛入南京，不可能一點蛛絲馬跡都沒有留下，就算東林黨無能，但玄皇教總能發現一點什麼，只是當時整個南京都陷入東林黨的內鬥之中，就連玄皇教也被牽到大量的精力，因此除了玄皇教發現紫明樓這個據點以外，對於其他的情況幾乎一無所知。
等商家軍進南京之後，廷的潛入人員己經隱藏好了，只等著行動的時機。而且在商家軍抄了紫明樓之後，商毅也以為將清廷的細作基本清除，因此也放鬆了追查，當然這也和阿濟格的大軍到達了南京城外，商毅的主要精力投入到軍事方面也有關。
這時夕顏進宮也有一年多的時間了，因為她很受朱由崧的寵爰，加上又有玄皇教的扶持，因此她在皇宮裡面，也建立起自己的勢力範圍，藉著這個有利的條件，夕顏也幫助相當一部份清廷的細作人員，以太監、待衛的身份作掩護，潛入皇宮裡隱藏。
同時夕顏也對皇宮部的佈防情況瞭如指掌，在她的指點下，今天晚上，清廷潛入南京的所人人員裡應外合，全面行動。由夕顏和楊護法在內，不動聲色的殺死朱由崧，引發局面大亂，而外圍由周護法指揮，首先控制住午門，然後分頭行動，將皇宮的待衛首領全部暗殺，其他待衛也都繳械關押，因此儘管在太和殿上打得十分熱鬧，但卻有待衛趕來支援。
而且在皇宮中殺死商毅，也是今晚行動的一個重要目標之一，因為只有在今天晚上的除夕夜宴，商毅才會離商家軍的保護，也是他防護力最為薄弱的時候，正是殺他的最好機會。當然朱師成也是另一個重要目標，不過這也是夕顏和清廷合作的條件。
雖然在宴會上戌功的擊殺了朱師成，但誰也沒有想到，商毅一直小心防範，而且他全身的武裝也太過厲害，在外面的人員還沒有到達之前，夕顏和楊護法等人竟被他輕易殺死，而且等周護法帶人進攻太和殿，也被商毅牢牢擋住，一直堅守到援軍趕來。
不過雖然己經連續錯過了幾次下手的機會，但現在商毅仍然還在皇宮裡，任務也就沒有完全失敗，剛才進攻太和殿的清軍撤退，也並不是放棄了，周護法帶人暫時撤離了太和殿之後，立刻派人從皇宮各外調集人手，聚集了五六百人，再次來攻打太和殿，同時這一次周護法也下定決心，一定要不昔代價，將商毅殺死在太和殿裡。因此也立刻下令,再一次向太和殿發動進攻。
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