阿濟格接到覺羅巴哈納的告急是在初二的下午,這時南京城裡的戰鬥正進行的十分不順,清軍在南京的中部城區中陷入了苦戰，而外線又遭到商家軍的打擊,整個南京的清早背後都在商家軍的危脅之下，這下孑更是雪加霜，也令阿濟格覺得頭大如鬥，這才算明白，為什麼當初多鐸會在商毅手慘敗而歸，這個人實在太難對付了。【全文字閱讀.】
同時阿濟格也有些想不通，商毅既然能夠在外線集結那麼多兵力，為什麼不多留一些在南京駐守呢？如果商家軍在南京的兵力再多兩萬，就算是自己有內應相助，恐怕也沒有那麼容易就攻進南京城。因為按阿濟格的觀念，守城當然是第一重要的。
不過想不通事情就不要去多想，現在南京的清軍還有十一萬左右，反正在城市裡作戰，這麼多的兵力也展不開，因此阿濟格立刻下令，命正藍旗滿洲梅勒額真珠瑪喇率領一萬五千人馬，立刻趕去溧水支援覺羅巴哈納，又命正白旗梅勒額真卓羅也率領兩萬人馬，去駐守當塗，保住自己的背後，同時又命人急傳忠順王尚可僖，讓他立刻兵從湖廣東進，支援南京作戰，同時調遣一支人馬，進駐池州，保護自己的後路。
等救援兵力分派完畢之後，阿濟格這才稍稍安心，因為不知這幾路人馬的戰果如何，因此也下令暫時停止了南京城內的進攻。
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因為商家軍有飛鴿傳，因此商毅收到了成進的報捷，是在今天午的時候。商毅也十分高興，儘管現在南京城裡打得不錯，但局勢遠比商毅當初預計的困難得多。原因就在於當初制定的是在南京城裡東守西攻，只把中部留給清軍，這樣一來清軍很難在南京城內取得穩定的立足點，最多隻能控制秦淮河以南的區域。
但現在皇城失守，清軍在南京城中已經取得了一個穩固的駐點，而以商家軍目前留守南京後兵力，根本不足以復奪皇城，清軍其實己經佔據了一個十分有利的地位，進可攻，退可守，南京的東、南、北三方都可以用兵，而商毅也不得不在南京北面的玄武湖西岸也駐守一個旅，以防清軍繞到北面進攻，現在留守在南京城中的兵力只有一個特種兵旅和一個團。
只不過由於清軍以前從來沒有打過這樣的城市戰，還沒有察覺到自己的優勢所在。但等清軍慢慢的適應了城市戰之後，恐怕以後的仗就不是那麼好打了。因此在這個時候從外線傳來捷報，不僅是對內線的人馬是一個鼓舞，同時也一定會迫使清軍派兵救援，減輕內線的壓力。
於是商毅也立刻給成進回信，一是提醒他清軍一定會派兵増援外線，以後要千萬小心；二是仍然要繼續尋找殲敵的機會，爭取在十天時間內，再打二到三個勝仗，殲滅兩萬左右的清軍，這樣一來阿濟格一定會更是左右為難。而在內線也就有機會向清軍動進攻了。
向成進出令之後，商毅也沒有一味消極的等待著外線的好訊息，同時也在內線積極的準備，尋找殲滅清軍的機會。現在清軍停止了進攻，對商家軍來說，也是十分難得的休整和重新佈置埋伏、設定機關的機會，同時還派出小股軍隊，不斷的掻擾襲擊清軍。
在史可法和吳甡帶領著官員們離開了南京之後，商毅也在積極的調劫一切可以利用的力量，第四、第五分艦隊的登岸部隊也全部都調到南京城裡，做為預備兵力，並且還聚集了不少殘餘的明軍，還有玄皇教的剩餘力量，一共集合了近萬人。加以訓練，準備迎戰清軍，同時還有不少百姓投軍。
現在清軍停了進攻，而商毅把任務分派下去之後，也就暫時沒事了，因此在房裡對照著南京地圖，思考逛戰清軍的辦法。
這時衛兵進來報告，說是明石姬想求見商毅。
原來在清軍攻入南京之後，也抄滅了玄皇教在南京的老剿醉杏樓，因為有夕顏提供的資訊，對玄皇教隱藏在南京的勢力也大加繳滅。因此玄皇教也受了很大的打擊，教眾死傷許多，三名長老之中，只有師長老一人逃了出來，其餘兩人均死於亂軍中。
而這時教主朱師成己死，又無子女繼承，因此殘餘的教眾暫時以明石姬為、師長老為輔。明石姬決定，先讓師長老帶朱師成的靈柩和一部份弟孑撤出南京，到徽州去與前一批先調離南京的弟子匯合，儲存實力。而自己帶領一部份弟子仍然留在南京，幫助商毅守衛南京。
商毅對明石姬撤離一部份人員離開南京也並沒有阻止，畢竟他們也不是商家軍的人，沒有義務留在南京陪自己冒險，因此讓他們隨著運送百姓的遣船隻離開。而對留在南京的玄皇教眾，沒有暴露的，仍然繼續潛伏，暴露了的，可以根據他們的自願，或是編入軍隊中，或是跟隨明石姬，暫時在南京駐留。
明石姬等人對商毅也十分感激，因為現在的玄皇教實際己是名存實亡，商毅還念著曾經的同盟，給了玄皇教足夠的照顧，也算是仁至義盡了。因此明石姬送師長老離開之後，也來見商毅，向她表示自己的感謝。
因此商毅也暫時把別的事情放下，接見明石姬。不一會兒，明石姬從門口飄然而入，只見穿著一件水合色宮裝長裙，烏黑長似雲水一般披散在窄窄香肩，但秀眉微蹙，一雙明媚的美目薄霧濛濛，臉色也頗為憔悴，雖然和平素精明幹練的樣大不相同，但卻另有一種嬌弱不勝柔風的動人風情。