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但商家軍可不會給清軍喘息的機會,在清軍撤軍以後,立刻向清軍發動了反攻，雖然西安門外大街被橫向封鎖，但商家軍現在對南京的地形比較熟悉了，從其他各個路口繞道，很輕鬆的就越過了防守陣地，並且從多個路口向西皇城根大街上的清軍發動進攻，同時在房頂上也發動進攻。品書網
儘管皇戰失守，對商家軍來說是一個意外，而且西安門外大街也不是商家軍預計的戰場，但自從商家軍進入南京之後，就一直在做著打巷戰的準備，因此這時也打得比較順手，相反是軍，無論是心理，還是在戰術上，都對巷戰的準備不足。
因此在商家軍發動反攻之後，軍依然處處被動，處處受制。完全沒有抵抗之力，儘管清軍的人數要比商家軍多，但在狹窄的街道上，兵力根本就無法展開，人數上的優勢完全發揮不出來，相反因為人員過於密集，反到是有利商家軍的火器發揮，步槍射擊的命中率幾乎高達八成，手榴彈更是一炸一片。
而且商家軍的打擊還是從地到天的立體式作，便是讓清軍防不勝防。根本就不會想到，敵人會從那一個方向殺出來，屋頂，窗戶，房間，小巷，彷彿覺得倒處都是商家軍，倒處都在開槍，倒處都有爆炸。也許就在一回頭的功夫，自己身邊的同伴就會突然倒下，也許站在一起的幾個人中，有一個就會突然被爆頭，鮮血飛濺而出，淋了身邊幾個人一身。總之是那裡都不安全。
在這種情況下，努山也毫無辦法，只能帶領看不斷的後退，一直全部退出了西安門外大街，退過了玄津橋，一直退回到西皇根大街上，才算是收處了腳。而這時藉著星光和在西安門外大街因為剛才的爆炸產生點點燃燒的火光，可以清楚的看到，在街面上橫七豎八，幾乎躺滿了清兵的屍體。
商家軍也在玄津橋前留下了一個連駐守，雙方隔著玄津橋，暫時對持起來。努山也趕忙又派人向皇城中回報，請救支援。
不過這時軍己經基本控制了整個皇城，韓岱接到了努山的報告之後，也覺得有些意外，想不到在南京城破，皇城也己失守的情況下，商家軍還在堅持著抵抗，他當然不敢輕視商家軍，趕忙分派其他的人，帶領著人馬，從北安門，西安門、長安右門三個方面，趕來支援努山。
但這一來也耽擱了不少時間，不僅商家軍的各路軍隊都己經進入到自己的防區，建立好了陣地，而且從第九師的李定國也派來二十團進入南京支援到位了。
收到了各路部隊的報告之後，儘管己經有五個防區都己經開始了戰鬥，但商毅心裡也踏實多了，這一來至少也能夠堅持一陣子，那麼就讓清軍來領教一下，商家軍的巷戰厲害。
不過就在這時，又有人來報告，城外的清軍向南城的聚寶門和三山門發動了進攻。
三山門屬南京的西城是由李定國守衛，現在有兩個團的兵力，因為有玄武湖做側翼，因此商毅到還不太但心，但聚寶門卻是南邊清軍主攻的方向，由楊武丞帶領一個旅守衛，而且聚寶門並不是商毅一定要堅守的地方，因此商毅對這邊的戰鬥並不放心，接報之後，立刻對段鵬道：“段鵬，你就在這裡指揮戰鬥，我到聚寶門那邊去看一下，記住大中橋是連結東城和南城的咽喉要道，那裡一定要守住。”
段鵬點了點頭,道：“督師大人，你放心去吧，這裡就儘管交給我了。”
商毅點了點頭，這才帶著自己的衛隊，趕奔聚寶門而去。
進攻聚寶門的清軍主將是屯齊，這裡本來就是清軍的主營所在地方，阿濟格接到了正陽門、朝陽門都相繼被攻破之後，立刻下令屯齊，也率軍向聚寶門發動進攻。
這段時間以來，清軍己經紮好了四百多個大木筏，在進攻正陽門、朝陽門各帶去了一百個木筏，而在聚寶門一線，集中了二百多個木筏，以及一百多艘小船，開始強渡外秦淮河。因為這裡有商家軍守衛，因此清軍也格外重視。同時還派出一部份兵力，進攻山川門，牽制住李定國部，實其不能來增援聚寶門。