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南京的城牆佈局是一個不規則的形狀，但卻將周圍的所有山地、湖泊、河流全部都利用了起來，因此用固若金湯來形容，一點也不為過。品書網 但所有城牆加起來長達十幾公里，如果沒有十萬以上的人馬，根本不可能守住。而現在的南京城中守軍，還不足兩萬人，因此根本不可能守住整個南京，達到拒敵於城外的目地。
在朝見朱由崧之後，商毅也立刻開始佈置，首先是黃得功的敗軍還有三萬餘眾，這也是一支不小的兵力。黃得功的人馬是江北四鎮中比較有戰鬥力的一支軍隊，而且黃得功雖然平日裡也十分飛揚拔扈，但對明朝還是十分忠心，在另一時空裡，他是江北四鎮中唯一一個堅持與清軍作戰戰死的。因此他的餘部人馬也要儘量保住。
不過雖然商毅並不打算採用禦敵於國門之外的戰術，但在清軍的主力人馬還有到的時侯，主動出擊，先打一二個勝仗，挫動一下清軍的銳氣。鼓動一下南京計程車氣，穩定軍心民心，由其是現在，整個南京都己是人心惶惶的時候，還是非常有必要的。
根據黃得功派回來的使臣介紹，現在黃得功的人馬駐紮在南京城西南，不足十里的張家灣和朱家營兩地。因此商毅也命令使者回復黃得功，讓他帶領人馬在張家灣和朱家營兩地就地駐守，抵擋清軍的進攻，同時又命李定國帶領第九師出擊，暫時在黃得功的背後埋伏。如果清軍直的進攻黃得功部人馬，那麼就立刻出擊，給清軍一個迎頭痛擊，先打清軍一個措手不及。
李定國領命率軍出擊之後，商毅又命令全軍在聚寶門紮營，等商毅佈置好了之後，玄皇教的教主夫妻也趕來見商毅。這時商毅正在等著他們，因此立刻命人把他們請了進來。
眾人見面之後，商毅也不客氣，道：“現在的局勢，不用我說教主也應知道，我不管過去大家有什麼恩怨，教主有什麼野心，但現在想要守住南京，我們就必須精誠合作，齊心協力才行。如果教主能夠做到這一點，我們就接著往下談，如果做不到，那麼大家就拍屁股走人，各安天命。教主繼然以建文帝的後裔自居，想必也不會希望大明江山全部落到清虜手裡吧。”
前面的話到還沒什麼，但最後一句卻如石破天驚，玄皇教主和明石姬都不由一震，玄皇教主道：“這個秘密你是怎麼知道付？”
商毅淡淡道：“現在不是說這個的時候，教主只說，這次合作，能否齊心協力。”
玄皇教主深深的吸了一口氣，點了點頭，道：“好，我可以答應你，這一次一定齊心協力，同抗清軍，你說要我們怎麼做吧。”
商毅也點了點頭，然拿出從工部拿來的南京城地圖，鋪在桌子上，道：“很好，那麼首先告訴我，你們現在有多少人手可以呼叫？”
因為玄皇教主早聽明石姬說過了商毅的守衛南京計劃，因此也沒有感覺到意外，道：“我們教中的弟子現在大部份都集中在南京，大約有五百人左右，在軍隊中還有五千人左右，基本受我們控制，這是我們在南京的全部力量了。”頓了一頓，他又道：“不過有一點我要先告訴你，為了以防萬一，我會調一部份人先離開南京，保留退路，但人數不會很多，大約在五十人左右，主要是教中的弟子。”
商毅聽了，也比較滿意，這麼隱密的事情都說，致少說明現在玄皇教確實是打算和自己精誠合作，因此也道：“這可我可以理解，為自己準備一條退路，是人之常情。這樣吧，你們的教眾仍然在南京城中，暗中行動，不用露面了，但軍隊交給我來指揮，當然還是由你們的人來控制，這幾天多準備一些弓箭、弩箭、飛標一類的武器，在巷戰中都會用得到的。”
玄皇教主也點了點頭，表示同意。接著雙方也開始計劃巷戰的佈置。
南京城中河流眾多，水網密佈，而且大多都與秦淮河相通。實際上秦淮河分為河和外河兩條，外河較寬，成為南京南西二面的護城河，在定淮門附近匯入長江。而內河是在通濟門附近從外河分出，流入城內。而內秦淮河在南京城的淮清橋處，又分為南北兩條河，靠南的一條，也就是著名的十里秦淮，從三山門流出內城，匯入外河，靠北的一條叫古運瀆，是從三山門和石城門中間的地方流出城，匯入外河。
另外南京城中還有御河、玉帶河、珍珠河、金川河等數條河流，而且全都相通，構成南京的水糸。
南京皇宮雖然位於城市的東面，但卻是整個城市的核心，也是全南京的精神支柱，就算軍攻入城中，但只要皇宮不失，就表示南京還沒有失守，因此城市戰也是以皇宮為核心展開。當然還要保住皇帝朱由崧，有他在就可以以皇帝的名議發號施令。
現在玄皇教己經把夕顏安插到朱由崧的身邊，還有在皇宮中安排了不少人手，可以說基本控制住了朱由崧，商毅也不打算和他們爭皇宮的控制權，因此也把整個皇宮，以及外圍的防守任務都交給玄皇教付責。而整個駐守的區域包括南面的正陽門和通濟門，和承天門外的全部地方，東邊的朝陽門和皇宮西側的西皇城根大街和通濟門大街。保證有足夠的出口，在危急的時候能夠平安撤出南京城去。
而商毅付責的防區是從皇宮北部的太平門、小校場、府軍右衙、國子監，一直沿伸到鐘鼓樓。將依託河流進行防守。
鐘鼓樓是南京城中最高的建築，也是西北部的分界點，西北一帶在南京城中，屬於比較偏避的地方，但在南京城西北角的金川門，是商家軍的水軍駐紮的地方，在必要的時候，也很方便從城中撤離。而且站在鐘鼓樓上，基本可以俯視南京城的全域性，也有利於指揮城內作戰，因此商毅也決定，把這裡做為商家軍在南京城裡的駐防核心，並且和皇城一帶形成互相呼應。同時也把自己在南京的指揮部定在鐘鼓樓。