亞莉桑德拉當然不知道島津光久還在為恢復薩摩藩的實力，作著最後的努力，而在這個時候，她在琉球島，衍然就是一位殖民地女總督的感覺。
其實就在徵薩艦隊還沒有返回琉球島的時候，一艘艘運載著各種物資、金銀還有日本人口的船隻陸續到達琉球島，就己經向琉球王朝宣佈了這次商家軍進攻薩摩藩的戰役的勝利。而在琉球王朝中，還有一些對薩摩藩依然抱以幻想的親日派人士，也越來越覺得失望，最後幾近絕望。
當然琉球王朝的親明派勢力也徹底揚眉吐氣，也包括琉球王尚賢在內，儘管現在他們己經知道，這並不是真正的明軍，而是一位明朝將軍的私軍，但那也]關糸，總比薩摩人要強得多。而且在事實，商家軍士兵的表現，也確實出薩摩士兵強多了。因此尚賢也覺得，如果一定要當傀儡，那麼也是給商家軍當傀儡要好得多。
而在亞莉桑德拉率領著最後一支艦隊從九州島返回琉球島的時候，尚賢也帶著琉球王朝的全部大臣，到碼頭迎接，那架式就好像是在迎接一位女皇一樣。
雖然戰事己經結束，但還是有許多善後的工作需要處理，因此艦隊還不能馬轉回杭州。
首先是要確定，薩摩藩的勢力是真的完全退出了琉球群島。亞莉桑德拉派黃震帶領第三分艦隊，去巡視奄美諸島，督促薩摩藩儘快撤離，以免留下後患。
其次是從薩摩藩搶來的這些東西和人口，分配到臺灣的有三萬多婦女和一萬多男子，至少也需要分二次才能全部運完，而帶回到杭州的，還有一萬多名婦女，和絕大部份的物資錢財，另外還有三千多來自臺灣計程車兵，亞莉桑德拉決定，先把臺灣的人口運走，然後再將剩下的人口物資一起帶回杭州。而臺灣士兵留下兩千人，駐守琉球，以半年為期，輪流駐守。
運抵臺灣的日本人中，工匠和男人將集中參加基隆煤礦的開工作，一邊開一邊學習漢語，而女人將首先接受必要的漢語訓練，達到能夠使用漢語進行一定的簡單對話，簡單的表達自己的意思，然後分配給移民臺灣的單身男人，組成家庭。
接下來就是整頓琉球王朝，在剛剛攻佔琉球的時候，曾經將首裡的親日派勢力整頓了一次，而這次就是針對地方的親日派勢力。
當然商家軍對琉球的內部事務並不熟，也不分不清楚到底誰是親明派、誰是親日派，但亞莉桑德拉卻祭出殖民者屢試不爽的以夷治夷手段。先任命在清理親曰派時有出色表現的鄭充中為國相，執撐琉球王朝的朝政，蔡錦、金應元為長史、吉時逢、翁鎮為議政大夫，這些人自然都是親明派的大臣，另外最早投降的兩名琉球軍韓建中和劉克軍也被委以重任，成為琉球軍的最高統領。然後由這些人來完成對親曰派的大清洗。
對於這些任命，身為琉球王的尚賢當然不敢有任何反對的意見，因此很快就在琉球建立了一個基本親b的政權機構。雖然說還不能完全把親日勢力完全清除乾淨，但只要商家軍在琉球群島保持著軍事領先優勢，也就不用但心他們會反水。
把這些事情都處理完了，亞莉桑德拉留下西班牙艦隊駐守琉球群島，任命莫亞駐守琉球島，阿爾維斯駐守奄美島，並接受臺灣的直接管轄，然後才率領著艦隊，返回杭州。而尚賢也派遣蔡錦、吉時逢兩人為使者，隨船一行來到中國，向南京朝廷朝賀。
徵薩艦隊是在九月下旬到達杭州，當然也受到商毅的熱烈歡迎，因為這可是商毅首次主動對外作戰，而且作戰的對手還是日本，排除在另一時空裡的中日仇恨，即使是在這個時代，中日之間也有不少糾葛，日本也是唯一一箇中國周邊並未向中國臣服，並且經常與中國為敵的國家。
在明朝開國之初時，朱元璋曾派遣使臣下國到日本，要求日本來朝拜中耄並責令他們解決擾明倭寇。結果，國送達日本後，日本不僅沒來朝貢，而且還砍了朱元璋使者腦袋，同時回覆了一封盡極挖苦之能的國。雖然朱元璋揚言要出兵，征服日本，但鑑於蒙古大軍攻日的慘敗教訓，最終也只能不了了之。
而現在商毅卻可以憑藉初步建立起來的海優勢，和超越這個時代的武裝力量，在這一戰中徹底打敗日本西南的強藩薩摩藩，同時也基本測出了日本的底細，還煅練了海軍的跨海作戰能力，可以不客氣的說，如果沒有滿清的危脅，以商毅目前的實力，就足以掃平日本了。
當然勝利還是其次，這次對薩摩藩的勝利，商家軍不僅徹底控制了球琉王朝，而且在日本一共掠奪回來了五萬多的人口，白銀加薩摩藩的第一筆賠款在內，約有一百五十萬兩，而其他物資拆算成銀價，約有六七十萬兩，雖然現在這次徵薩戰爭的總費用還沒有完全統計出來，但也己經可以確定，決不可能超也一百萬兩白銀，因此也可以說是收穫巨大。