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現在的南京政府，依然還是甴統戰部為主導，在秩序上，內閣依然排在統戰部之下，但隨著南京政府的地盤擴大，內閣的實際權力己經凌架在統戰部之上，因為大部的地區都由軍隊移交給了地方行政機構管理，也就是說內閣實際控制了地方上的大部地區。品書網
但在中央機構中，內閣還是在統戰部的支配之下，這樣也就不可避免的形成了一個矛盾的對立，而且從職位上來說，也是這樣，在內閣裡，王夫之是首輔，而李巖是次輔，王夫之是高於李巖的，但李巖還兼任著統戰部的部長，統戰部又是高於內閣的，結果這就矛盾。
當然在以前商毅的主要精力是在軍事方面，實際上主管了統戰部的工作，而李巖只是商毅的下屬，付責協調給戰部和內閣的關糸，到也沒太大的問題，但現在商毅的注意轉到了內政方面，統戰部的主要工作都由李巖實際付責，因此矛盾也就自然產生了。
不過商毅知道，這種情況其實是很正常的，在戰爭時期，由軍方來主導，而到了和平年代，則由內閣或議會為首要，這在任何國家、任何時代都是合理的，只不過現在的南京政府處在兩個時期的過渡期，因此才產生了矛盾，只要等天下統一，或是大局己定，重新更改權力結構，也就可以消除這矛盾了，當然由內閣或議會為最高權力機構，是大勢所趨的。
但在處理吳三桂的這件事情上，商毅還是傾向於李巖的意見，因為是吳三桂首先拒絕的南京政府提出的條件，選擇了戰爭，現在打敗了，還想用和平的方式解決，那有那麼好的事情，而且現在南京政府同樣也正在和大西軍談投降的條件，如果吳三桂開了這個頭，那麼孫可望、劉文秀等人會不會效仿，不管怎麼說，先和中華軍打一仗，等打不過了，再談投降的條件。
因此那怕是要付出一定的犧牲，也不能接受吳三桂要求，現在吳三桂只能接受無條件投降，不然就以武力解決，同時也是警告其他與中華軍為敵的勢力，不要抱以僥倖心理。
商毅做出決定之後，王夫之也沒有再堅持，因此對吳三桂的處理，就這樣決定下來。
會議結束之後，商毅發現眾大臣並沒有像平時一樣起身告辭，仍然都還端坐著不同，商毅也不禁有些意外，道：“各位，還有什麼事嗎！”
王夫之等人聽了，這才紛紛從座位上起身，全部都跪倒在地上，商毅也嚇了一跳，雖然他稱王了好幾年，但禮儀都沒有變，除非是重大的正式場合之外，其他的場合都不用行跪拜禮，因此道：“這是怎麼了！”
王夫之道：“我們等一致恭請大王立刻稱帝！”
商毅也怔了一怔，過了好一會兒才道：“各位都先起來說話吧！”
眾臣都站起身來，但都沒有落座，而是恭恭敬敬的站在會議桌兩側，商毅到也沒有糾結這些細節，笑道：“原來不是說好的嗎，攻入北京之後，再行稱帝之禮，怎麼現在好端端的又勸我稱帝，再說我們攻入北京，也不過就是一二年的時間了，難到各位連這一二年也請不及了嗎！”
王夫之道：“大王明鑑，此一時，彼一時也，當初決定先入北京者，可以為天下之主，仍是因為紹武、永安、永曆這三個南明朝廷倶在，故以此為激，而且中原大戰之後，清廷己不堪一擊，若不是這三個南明朝廷出兵犯我南境，早取北京多時矣，因此是南明約先再先，非是我們無信，何況現在南明勻已被我們所滅，天下無主，大王在此時登基，乃是順天應人，如還不早正大位，恐失天下之望！”
李巖接著道：“當今天下十分，大王己佔其九，而且功勞蓋世，威信素著，天下人皆仰望，婦女兒童跡早盼大王面南背北，開基建朝了，何況大王方才也說，攻入北京，不過就是一二年內，既是如此，大王又何必斤斤計較這一句空諾呢，何況建州滿清犬夷之邦，蠻荒之部，居然也枉自尊大，黃牙乳子，無知小兒，竟也偽居高位，何況大王眾望所歸，大王理當早登高位，以慰天下所望！”
堵胤錫也道：“如今滿清雖說是偽尊高位，但畢竟也是建基立朝，建國立號，而大王只以一介王爵，豈無國號，也無年號，其他縱行北伐京師之舉，只恐出師無名，縱然號令天下，也是名不正而言不順，因此大王唯有稱帝，方可名正言順，出師有名，號令天下，莫敢不從！”
李格非也道：“其他幾位大人都所言極是，請大王儘早登基，不可自誤！”
其他眾官員也都齊聲道：“請大王不可自誤！”