回到岸邊之後，倖存計程車兵聚集在一起商議，最終決定，乾脆帶著尚可喜父子的人頭，去投降中華軍。說不定還能得個一官半職的，而且憑著這三顆人頭，就算不能混個官做，但至少也能以功拆罪，再回去做一個安份良民，也能過完下半輩子。於是這些士兵帶著尚可喜父子的人頭，來到惠州，向中華軍投降。
十六軍的軍長鄭廣明聞迅也十分高興，向降兵問明瞭實際的情況之後，又找人來辯認，確定真是尚可喜父子，立刻寫成了報告，又派了一個連計程車兵，押送著這批降兵，和尚可喜父子的人頭，來到廣州，向段鵬彙報。
雖然說尚可喜父孑己經翻不赴多大的浪來，但留著總是一個禍患，現在死了，也可以省去不少的麻煩。而對這批殺了尚可喜父孑投降計程車兵，也按投降的標準處理，算有立功表現，願意從軍的可以從軍，不願眾軍的，可以分配田地，或銀元，回家務農經商。
而在此同時，廣東省其他各地的官員也都紛紛來到廣州，向中華軍投降，段鵬也是按福建省一樣，讓這些官員仍然在各地方留任，維持好各地的生活秩序，聽候南京方面的命令。
半個月之後，段鵬收到了南京統戰部發來的命令：在福建、廣東兩省，各留一個軍駐守，等候南京內閣泒來行政官員，來接管地方事務，而福建省的泉州府、漳州府依舊由鄭軍把守，保持現狀，第四分艦隊暫時駐泊廣州珠江口，保護海上安全；段鵬率領其餘人馬，進入廣西，與羅遠斌部匯合，在廣西、湖南西部駐紮，準備對四川、貴州、雲南等西南三省作戰；朱聿鐭、朱以海以及其家屬親眷近侍，和紹武、永安朝廷的主要大臣，按名單立刻解往南京；福建、廣東兩省的降兵進行整編，除少數原清廷的官兵收監之外，其餘按自願原則，願意從軍的人，改編成地方部隊，進行訓練，不願意從軍的人，根據戰俘、投降的標準處理，進行妥善的安置。
接令之後，段鵬立刻安排，甴十二軍駐守廣東，二十軍駐守福建，自己帶領第七、十六軍進駐廣西，與羅遠斌匯合。
就在廣東福建這邊一路順利的同時，在廣西那邊的戰事同樣也十分輕鬆，吳三桂己經被中華軍對川北的進攻所吸引，根本就己無暇南顧，川軍的主力兵力都己經調到了川北、川中一帶防守，雙方在夔州府的西北一帶互相對持，四川的戰事，也進入了僵持局面。
而羅遠斌率軍進入廣西，相繼攻佔了柳州府和桂林府，俘虜了永曆朝廷的大臣瞿式耜、何騰蛟、張孝起、李用楫，等人，但永曆皇帝朱由榔在馬吉翔、陳邦傅、太監龐天壽的保護之下，逃離了桂林，一逃向西逃入貴州省，同時從廣西逃走的一些其他大臣王化澄、朱天麟、袁彭年、吳貞毓、丁時魁、蒙正發、劉湘客等人也都陸續趕到貴州，和朱由榔匯合。
而羅遠斌繼續舉兵向廣西西南進軍，沿路的各府州縣鎮不是開城投降，就是棄城逃走，還有一些地方早早就派人向中華軍請降，因為永曆朝廷中華軍一路幾乎都是兵不血刃，就攻佔了廣西的大部份地區。大軍一直打到了廣西西部的慶遠府、南部南寧府和太平州，己經與越南接壤。同時還佔領了貴州省的銅仁府。
不過就在這時，中華軍的偵察兵發現從雲南有大批的軍隊，現在向雲南、貴州、廣西三省的邊境調動。羅遠斌也不知道這是那裡來的人馬，因此也不敢輕易出兵，暫時在雲南、貴州、廣西三省的邊境駐紮，並回報南京。
中華軍是在後明六年，即順治七年1650年一月中旬正式發動對南方的戰爭，這時己經到了三月下旬，戰事僅僅只進行了兩個多月的時間,就己經攻下了福建、廣東、廣西三省，整個東南沿海的地區，已都歸南京政fu所有。南征的第一階段目標，也基本實現。
在半個月後，羅遠斌也收到南京統戰部的命令，主要內容和給段鵬的差不少，另外有一條不同的是，暫時在原地駐紮，休整一個月的時間，聽候命令。
原來由於這一段時間中華軍的進展太快，一下孑又佔領了三個省的地方，領土面積達五十萬平方公里，戰線拉長，士兵雖然不是連續作戰，但也是己行軍數千裡，人馬都十分疲憊，而且隨著深入南方，士兵水土不服，各種疾病也都在軍中產生，各軍之中得病計程車兵己有數千人，而因病死亡計程車兵己超過三百人。這還是在南下作戰的兵力主要抽調的長江以南的部隊，如果抽調北方的部隊，因病減員的人數恐怕還會更多。
另外佔領地方的穩定和恢復也都還需要一段時間,也要牽扯一部份兵力。因此南京統戰部經過開會商議之後，才做出這樣的決定。