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戰爭的危脅暫結束，而吳三桂也表現得非常恭順，給足了大清面子，多爾袞復出之後的第一把火總算是燒得不錯，也受到了不少好評。品書網 因此多爾袞的地位也暫時穩定了下來。
多爾袞當然清楚，現在清廷最大的危脅還是商家軍，雖然說清廷己經認同了和商毅講和，但這只是清廷單方面的想法，商毅是怎麼想的，還不好說。因為多爾袞並不知道，商毅其實也有停戰幾年的打算，因此在沒有一定的把握之前，多爾袞也不會輕意啟動和商毅講和的程式。免得自討沒趣。
同時多爾袞也明白，講和同樣也是靠實力支撐，從現在形式來看，商家軍是停止進軍只是受制於淮南的動亂，只要是安定好了淮南地區，商家軍隨時可以再向清軍發動進攻，最多隻能保持到今年結束的時間。也就是說，無論雙方講和成不成功，清廷必須要在今年剩下的七個多月裡，做好迎戰商家軍進攻的準備。
這時洪承疇己經在榆林招募了八千多人，並且開始按商家軍的訓練方式，開始訓練了兩個多月。不過目前清廷面臨的最大困難是兵力不足，現在清廷的兵力大體分佈為：遼東還牽制著清廷十餘萬大軍，因此在河南、淮北一線的駐防兵力只有十萬左右，由其是在河南，兵力只有四萬多人。再加上山東的七萬，清廷在邊境的兵力競不足十八萬。而目前清廷的可調之兵，不足十萬，而且都是駐守各地方的二三流部隊，不僅戰鬥力不能保證，而且也極不可靠。
因為在南征失利之後，八旗精英幾乎完全損喪，現在滿州八旗的全部剩餘兵力加起來，還不到三萬，其中山東的阿巴泰手裡有一萬，京師三大營約有一萬五千，而在河南、淮北一線競不足五千。而漢軍八旗也損失了近三分之二，只有蒙古八旗的損失稍好一點，這主要還是因為這次南征蒙古八旗參與的兵力並不多。
在滿蒙漢八旗中，蒙古八旗的地位要高於漢軍八旗，而且清廷和蒙古的關糸也明顯要親近一些，但在清廷入關之後的征戰中，蒙古八旗出戰的時候並不多，在另一時空裡，最著名的蒙古族清將還是二百多年以後的僧格林沁。
而原因就在於蒙古族的人口並不多，在清廷入關之前，滿蒙漢八旗制度己經完善了，滿洲八旗共三百零九個牛錄；漢軍八旗共一百五十七個牛錄；而蒙古八旗只有一百一十七個牛錄；是最少的一個。另外蒙古內部，也不是鐵板一塊，不滿清廷統制的勢力，也大有人在，經常叛亂，因此清廷一般也很少抽調蒙古旗丁出戰。
雖然現在擴軍己是在所難免的，但多爾袞的目光，主要還是放在滿漢八旗，但清廷主要還是以滿州八旗為基礎，要擴軍首先是要把滿州八旗恢復建制。
但滿族目前的總人口數還不到二百萬，而且二次南征，損失己有近十萬，都是旗內青壯年男子，現在旗內所剩的適齡男子，己不足三十萬，而且素質也遠遠不如當初。因此多爾袞只能下令，滿州八旗內所有十五歲以上，四十五以下的男子，全都要參加測試，合格者即可以升為旗軍，然後參加軍事訓練，另外八旗內的包衣、跟役也都可以參加測試，合格者可以免除包衣身份，升為正式旗丁。而測試成績優秀的，可以被選入三大營，身份比旗兵更高一級。
這樣一來，也擴大了八旗兵力的來源，同時也基本斷絕了隨軍的包衣、跟役，使八旗兵變成純粹的國家軍隊，而不再是部落散兵。
同時清廷的營軍編制也正式完成，分為護軍營、前鋒營、驍騎營三個大營。另外還設親軍營，步軍營，鍵銳營，虎槍營、善撲營五個小營。各營均設統領、參領、校衛、士兵四級，兵源主要是以滿八旗為主，並從蒙古八旗中抽調少量精銳組成。總計滿圓的兵額約在十八萬左右。這差不多是目前八旗可以編出的最大兵力了。
當然到了這個時侯，蒙古八旗也必須派上用場，因此多爾袞也決定，將蒙古八旗擴充到一百八十七個牛錄，使蒙古八旗的兵力達到五萬左右，加上蒙古其他各盟旗，使蒙古總兵力達到八萬左右，也極大的擴充了清廷的兵力來源。
而在漢軍的編制，多爾袞也決定，除了漢軍八旗恢復建制，並擴充到二百零八個牛錄，使漢軍旗總兵力超過六萬。同時將非八旗的漢軍，從中選出精銳，統統編成綠營，並且擴大綠營的兵力，使綠營的總兵力，達到三十萬左右。也成為擴編最大的清廷編制。
綠營的兵制分標﹑協﹑營﹑汛四種﹐總督﹑巡撫﹑提督﹑總兵所屬的綠營只稱為標﹐副將所屬稱為協﹐參將﹑遊擊﹑都司﹑守備所屬稱營﹐營以下又分為若干汛。每汛設千總﹑把總等官職。每標﹑協管轄一至五個營不等；每營的人數少則二三百人﹐多則六七百人。
綠營補充的兵力來源，首選是關外的遼東漢人，正好現在遼東遭到商家軍的破壞，造成了大批無家可歸的難民，也為清廷擴制綠營，提供了足夠的兵源。其選山西、北直隸、河北一帶的北方漢族人。