雖然劉夢蛟的命令下得沒錯，但執行起來，卻是一大堆問題，因為並不是所有船隻都能在第一時間收到命令，結果有的船收到命令，立刻揚帆啟航出發，而有的船卻還在自碼頭駛進，結果互相撞在一起，前進不得。
同時還有不少船隻正在裝船中，水手船員都還沒有到位，雖然撤了跳板，但卻沒法出航，另外還有不少只裝了一部份貨物的船隻，也不知自己該是返回龍山船場，還是該駛向武昌，只能派人來向劉夢蛟迅問，也把劉夢蛟給忙得焦頭爛額，情急之中，也下達了不少錯誤的命令，結果把本來就己經有些混亂的局面弄得更亂。
真正順利離開碼頭駛走的船隻其實沒幾條。
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攻下了鎮江府之後，商毅也終於收到了跨海突襲艦隊攻佔盛京的訊息，同時也知道山東戰區的跨海突襲的第二階段己經開始。品書網
雖然現在還不知道登陸京津地區的結果如何，但這個訊息也己經使杭州統戰部的人員興奮不已，因為攻佔了盛京，也就意味著跨海突襲行動終於取得了成功，清廷早晚都將會撤軍北返，因此南方的局勢也即將發生大的轉拆變化，而商家軍收復南京的計劃，也大有成功的機會。
當然現在跨海突襲的行動也可以向各地的商家軍公佈，以提高各部軍隊計程車氣，同時這也是向整個南方宣揚商家軍輝煌戰績的大好機會，畢竟這次的勝利不同於以前，商家軍攻佔的是清廷的舊都。雖然暫時還不知道南方各地的反應，但在江浙一帶，商家軍的所有部隊得知了這一訊息之後，也無不歡欣鼓舞，士氣大漲。
而商毅也立刻下令，開始實施收復南京的第二階段軍事行動：首先命令長江艦隊出擊，向淸軍的水軍發動進攻，徹底封鎖南京段長江的江面。
同時又命第三軍駐守鎮江，第一軍和第七軍聯合出兵，進攻寧國府，第二軍也抽調兵力，進駐和州，準備渡江攻擊太平府，對南京形成徹底的合圍之勢。
商家軍奪取了鎮江府之後，長江艦隊就駐汨在儀真到高資鎮一帶，對南京虎視眈眈。而清軍的水師在上一次戰敗之後，也退守進龍山船場，這時清軍在龍山船場裡還有一百五十多艘戰船，另外在九江鄱陽湖一帶，還有約二百餘艘戰船。不過現在清軍的水軍都不敢再出擊向商家軍進攻，而且全部採取守勢。但商家軍因為等待北方的訊息，也沒趁勢再發動進攻。
同時商毅和黃震等人經過開會討論，又下令調海軍部第五分艦隊進入長江口作戰，以增援長江艦隊的戰鬥力。因為長江艦隊目前也隸屬於海軍部，而且黃震現在還是海軍部的副統領,因此這樣的兵力調動,以及在指揮上都並不存在什麼問題。
接到了商毅的命領之後，黃震也立刻下令，長江艦隊出擊，向南京發動進攻，這一次進攻，仍然是以長江艦隊的第一分艦隊為先鋒，指揮官何濱將艦隊分為兩隊，第一隊有三級巡洋艦一艘，四級驅逐艦七艘，五級護衛艦四艘，共計十二艘戰船，首先向龍山發動了進攻。
自從洪承疇和多鐸聯名向北京發回公文之後，洪承疇離開南京，繼續到黃州督戰，而多鐸暫時還留在南京，靜觀局勢的變化，鎮江被商家軍收復之後，雖然這時多鐸和洪承疇都還不知道清廷己經打算放棄南京，但也能意識到，現在南京的局勢確實很危險了，於是也開始做好南京失守以後，清軍退守到武昌府的準備。這一點到是和多爾袞的想法不謀而合。
而且因為直到這時長江航道始終還保持著通暢，而商家軍對南京的合圍也沒有完成，因此清軍的撤離工作也做得不慌不忙，南京本是清廷平定南方的大本營，因此也聚集了不少的物資錢糧，現在清軍要放棄南京了，這些物資錢糧自然也都要轉移走，而且在前一階段清軍連繼攻取了湖南、江西、福建、廣東等地，又新收降以及抓獲的一大批明朝宗室和官員，當然也都要帶走。
於是多鐸首先下令將南京的財產、物資、以及明朝的降官、包括被軟禁在南京的鄭芝龍一族，做為第一批撤離人員，當然其中也還有多鐸在南京搜刮的私人財產和幾個美女。分為水旱兩路，水路運送的是物資財產，而陸路走的則主要是人員。首先向武昌府轉移，然後從武昌府渡江北返進京。
陸路的部隊因為人數不多，因此也準備得較快，由固山額真尹拜圖帶領著五千人馬押送,首先從南京出發，沿長江向西行進。
而水路是要運送物資錢糧，清軍出動一百多艘船隻，其中運輸船有八十餘艘，護航的戰船有三十餘艘。清軍的戰船多是用商船、貨船改造，而且經歷了兩場水戰之後，小船基本都燒完了，現在留下的多數三百料以上的大船，而且還有十餘艘四五百料的大船，因此運輸量也頗為可觀。