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跨海突襲艦隊出航之後，商毅也回到杭州，開始佈置江北、江南一帶的戰鬥。品書網
這時商毅己經收到了湖北戰區收復蘄水縣的訊息。而對第六軍準備首先攻打黃州的決定，商毅也並沒有任何異議。其實一般在絕大多數的情況，商毅都不會輕易干涉前線指揮人員的意見，因為商毅清楚，後方干涉前線的指揮戰術，是兵家大忌。再有才能的名將，只要不是親自在第一線指揮，那麼對戰場情況的俱體瞭解，就肯定比不上前線的指揮人員，因此與其胡亂指揮，不如充份相信前線指揮人員的能力。而且以自己現在的身份，過多的干涉，也會影響他們在部隊裡的威信。
而另一方面，從全域性來看，收復南京的戰役己經啟動了，湖北戰區也是其中重要的一環，主要的責任是吸引清軍的兵力，分散南京戰爭的壓力。這也是商毅當初開避湖北戰場的初衷，而從現在收到的訊息來看，清軍也確實準備集中大量的兵力，向湖北戰區再度發動進攻，因此從這個角度來看，第六軍進攻黃州，無論能不能成功，都將迫清軍啟動進攻湖北的軍事行動。這樣一來，在江南戰場上，浙江方面也將正式對南京發動進攻。
因此商毅立刻回覆李定國、李巖等人，表彰了攻取蘄水縣的勝利，同時也要求他們在進攻黃州的同時，也要做好充份的準備，迎戰清軍的大軍。
收到了商毅的回覆之後，李定國也立刻下令起兵，進攻黃州。
這次進攻黃州，李定囯出動了兩個師，一個旅的兵力，希望能夠一舉攻下黃州。但戰鬥的程序卻有些出乎李定國的預料。
因為這時守在黃州的尚善也收到了洪承疇和多鐸下達的死命令，必須守住黃州，否則所有將領全都斬首。這時在黃州城中的淸軍約有二萬七千左右，其中滿漢旗軍約有一萬二千人，都是在第三次進攻湖北的敗軍，主要的將領有藍拜、阿哈尼堪、馬光輝、李思忠、劉良佐、劉澤清等人。擁有各種火炮近百門，其中紅衣大炮有二十門，霹靂火炮三十門，另外還有四千多名火銃手。在第三次征剿湖北的戰鬥中,劉澤清犯下了大錯,本來己被革職,但現在正是用人之際,因此尚善也讓劉澤淸帶罪立功。
尚善在城中向眾將宣佈，死守黃州，不許後退的命令。同時也抽調人手，組成了執法隊，凡事敢臨陣脫逃，守城不力者，一率斬首。黃州城的南面靠著長江，因此只用駐守東西北三面，而尚善也下令，將東西兩面的城門堵死，只留南北兩西的城門出入，同時又把南城外的船隻全都駛到江南停泊，在江北不留一艘，這樣也徹底斷絕了守軍的逃生之心。
而且趁著商家軍修整擴編的這二十幾天，清軍也沒有白白浪廢，也抓緊了難得的時間,加強黃州的城防。在東西北三面的城牆上，都建造了許多炮臺，並且製造了大量守城的工具器械，還拆毀了數百間民房，而拆下來的木材、石料、瓦片等物，也全都用來守城。
同時尚善也做好了和商家軍打巷戰的充份準備，在黃州城內的街道上也層層設防，俢築了大量的防禦工事，箭樓、堡壘等等，在城內也形成了兩道防線，就算黃州的城牆被商家軍攻破了，清軍也同樣可以依託城內的工事抵擋商家軍的進攻。
最讓人感覺到意外的是，尚善居然在最有可能受到商家軍攻擊的北門掘出了二道戰壕，相隔約有十丈，並且也用泥土布袋在戰壕邊上壘成矮牆，並且把火銃兵和一部份弓箭手放在第一道戰壕裡駐守，到是把商家軍的這一戰術學了個七八成。但不同的是，在第二道戰壕裡，派遣了一部清兵駐守，準備等商家軍攻到戰壕邊之後，與商家軍進行白刃戰。而所有的火炮則全部都放在城牆上。
雖然尚善和商家軍交手過幾次，也吃過這種戰壕防守的大虧，但輪到自己使用戰壕防守，心理也沒有多少底，畢竟也只是依樣畫葫蘆，而且清軍的火槍比商家軍也差了好幾個檔次，因此真正學會了幾成，又能夠發揮多少作用，連尚善自己都不清楚，反正現在也沒有別的辦法了，只看見商家軍用這一套用得是很順手的，只好是病急亂投醫，不管什麼招，也都先用一用再說。就算不好使，最後也就是再退回到黃州城裡來防守。
李定國也沒有想到，清軍居然也學著商家軍，挖戰壕防守，雖然只是在一面佈置了戰壕，但黃州的北城確實是最適合發動進攻的地方，因此只能從這裡開始進攻，無論清軍把這一招學得怎麼樣，但如果不首先攻破戰壕，也就無法直接攻擊黃州的城牆。
於是就在九月二曰，商家軍開始黃州城發動進攻。
但戰鬥打響之後，李定國這才發現，以前一直是商家軍克敵制的戰術，被淸軍學會之後，也同樣給商家軍造成了極大的麻煩。