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十月三曰,第一、二、三、七軍的軍長成進、羅遠斌、楊武丞、段鵬四人，還有長江艦隊的統領黃震，都趕到了杭州。品書網 而商毅也立刻招開了軍事會議，開始正式佈置進攻南京的軍事行動。
現在商家軍在江南一線的兵力分佈為：
第一軍轄第一、五、七、二十、二十三師，第一、五、十九旅。其中第五師己隨跨海突襲艦隊出征，現在共有四個師、三個旅，總兵力六萬四千人左右。除了二十師駐守杭州之外，其餘都駐守在廣徳、宜興一線。
第三軍轄騎兵師、第十五、十九師，第六、十七旅，共計總兵力四萬五千餘人，現在都駐紮在常州府一線，只有十七旅駐守在蘇州。
第七軍轄特種兵師，第十師，第十六、十九、二十一旅，但特種兵師中抽出一個團，參加跨海突襲，現在總兵力為三萬一千人左右。駐守在浙南，衢州、嚴州一線。
商家軍在浙江的兵力總計為十四萬左右，另有六個預備旅。
而駐守揚的第二軍，在將三旅劃歸第六軍之後，現在轄第三、四、六、十七師，第十三、十八旅，總計兵力為五萬七千人左右。
同時還有長江艦隊，大小戰船一百零三艘，輔助戰船六十二艘，總兵力一萬三千多人。
這樣算起來，商家軍投入收復南京戰役，要投入四個軍，一支水軍，總兵力將可以達到十五到十八萬左右，這也是商家軍有史以來，在一場戰役中，投入兵力最多的一戰，而且還是水陸兩線的協同作戰。全軍包括商毅在內，也是第一次指揮這麼多的軍隊。
不過戰前的各種糧食、彈藥、帳蓬、車輛、藥品等物資都己經基本的準備齊全，另外還徵調了四十萬民夫，供應戰事的運輸所用。各方面的工作也是千頭萬縷，既繁鎖，又複雜。好在是現在葉瑤瑱產後恢復得還不錯，已經可以開始理事了，因此政務方面不需要商毅操心，同時還把王夫之和李松晨都解放出來，可以全意投入到戰事的後勤供應中去。
這一次招來四位軍長，是商議決定俱體的軍事計劃，眾人經過了仔細的討論之後，作出最終的決定，整個收復南京的軍事計劃將分三個階段進行：第一階段由第一、二軍，加上長江艦隊聯合作戰，首先要攻取鎮江，直接危脅南京；第二階段甴第一、七軍合力作戰，攻取寧國府，第三軍將從和州出兵，渡江進攻太平府，而第二軍付責牽制南京的清軍，長江艦隊付責封鎖南京一帶的長江水道，完成對南京地區的徹底包圍；而第三階段就是集中全部兵力，全力進攻南京城。
計劃制定好之後，羅遠斌、段鵬都返回自己的軍中，準備部隊，暫時待命，而成進、楊武丞、黃震三人還留在杭州，繼續商議進行鎮江的俱體作戰方案。
算起來商家軍己經對鎮江發動過兩次進攻，不過前兩次的主要目地是牽制南京的兵力，並不是真正要奪取鎮江，而這一次，就要全力進攻鎮江了。鎮江是南京東面的門戶，地理位置十分重要，因此也是清軍守衛南京的重點一線，在這裡佈置了三萬清軍駐守，火炮五十餘門，火銃兵四千多人，
而且一但鎮江受到攻擊，南京都會立刻派出人馬來救援，因為鎮江離南京只有一百二十多里的路程，如果是急行軍，從南京發來的援兵，一天就可以趕到鎮江。
而針對這些情況，商毅決定，第二軍除了駐守蘇州的十七旅之外，其餘兵力全部出動，共計三個師、一個旅，三萬八千多兵力，沿運河出兵，經丹陽縣、丹徒鎮，從東面進攻鎮江；第一軍出動第一、二十三師，第一、五旅，共計三萬五千多兵力，從宜興出兵，經溧陽、金壇、句容縣，從南面進攻鎮江，並且付責阻擋南京的援軍，留下五師、十九旅分別駐守廣德州和宜興縣。長江艦隊也全部出動，在儀真縣附近集結，阻擋清軍的水師救援鎮江。
成進、楊武丞、黃震是十月五日離開杭州，返回各自的駐軍，這時各部隊的兵力都就已經都集結好了，在十月七日，第一軍首先出兵，向鎮江府發動了進攻，在十月八日，第二軍也從常州出擊，而長江艦隊在十月十日，也從靜江、通州等地開拔，逆江而上，向鎮江推進過來。