在這段時間裡，商毅依然還駐軍在大沽口，只等待著北京的局面發生變化，然後決定商家軍的動向。
接到了葉瑤瑱的書信之後，商毅也考慮到，南京將會馬上選立新君了，而這件事，商毅在離開杭州之前，是無法正式通告全軍的，因此只能和葉瑤瑱和葉星士私下說明。如果風聲傳開，恐怕有人會動心，因此也專程寫信，正式下令全體商家軍，都不許參與擁立皇位的爭鬥。
同時在商家軍撤離北京的時候，還帶走了六十多萬兩白銀，想到這時蘇州收購生絲一定己經用去了大量的白銀，因此商毅又讓吳全福駕駛飛魚一號返回杭州，將這六十多萬兩白銀也全都帶回來。
看完了商毅的書信之後，葉瑤瑱心中也大定，持“參與皇位的爭奪，以取得擁立之功”主張的，未必就是周少卿一個人，相信在商家軍內部，有這種想法的人也不少，一但他們都聯合起來請示，自己想壓下來恐怕也不容易，現在有了商毅的這封信，也就可以明正言順的號令商家軍的所有成員了。
而這六十萬兩白銀也來得很是時候，雖然現在剛剛完成了與荷蘭人的第一筆生絲交易，白銀暫時到是不缺，但現在為了收購生絲，各方面都在緊縮銀根，好儲備白銀，商家軍的開支己經壓到了最低限，萬一出現突發事件，恐怕就無力支撐了。這批白銀一到，可以大大緩解財務上的壓力，也能有大大週轉餘地。
而林鳳舞得知又了六十萬兩白銀的進帳之後，也不由信心大增，這回再多的生絲也收得下來了。於是兩人再次道別，啟程上路。
送走林鳳舞之後，葉瑤瑱立刻下令，將商毅的信遍示各級官員，宣告嚴禁商家軍的任何人，以任何形勢參與擁立皇帝的爭鬥之中。而袁大祥也只得灰溜溜的返回了鳳陽，向鳳陽的守備太監盧九徳彙報。
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不過儘管商家軍沒有參與這一次擁立皇帝的爭鬥，但盧九德等人的暗中策化卻不會因為沒有商家軍的參與而停止下來。而南京的一干文武大員這時還都被矇在鼓裡。
史可法為了能讓自己擁立桂王繼位的方案能夠透過，也專程親赴浦口來找鳳陽總督馬士英商談各方面的紛爭和自己的折中意見，希望能夠得到他的支援。因為在這個時候，黃得功、劉良左、高傑在名議上都是馬士英的部下，因此從表面上來看，馬士英是掌握最大實權的地方官員。
而馬士英也認為這是自己參與定策，在未來的朝廷中佔有重要席位的大好機會，因此當場滿口答應，同時還勸史可法從速接桂王到南京繼位。
應該說在這個時候，馬士英還不知道盧九德等人的暗中行動，在感情上還是傾向於東林黨，而且也甘心身居史可法之後，成為新朝廷的第二位人物，並非一些史料所說，是假意答應史可法，而在暗地裡己經準備耍陰謀了。因為在他與史可法達成協議之後，還曾經邀請南京各部官員都赴浦口，來當面宣佈這一決定，藉以顯示自己是參與定策迎立桂王的第二號人物。
但令馬士英沒有想到的是，南京六部的大臣都認為鳳陽總督不過是地方高階官員，根本無權號召朝廷大臣，因此都沒有理釆馬士英，也令馬士英顏面大跌。局勢也就在這些不經意間的地方，發生了微妙的變化。
自感掃興的馬士英回到鳳陽，才得知盧九德己經夥同高傑、黃得功、劉良佐決定擁立福王為帝，開始是大吃一驚，儘管高傑、黃得功、劉良佐三人在名議上都是馬士英的部下，但事實上各自手裡都有幾萬兵馬，馬士英並沒有能力完全控制住他們，因此事情顯然是無法改變了，同時馬士英也意識到，另一個更大的機會，出現在自己的眼前。因此馬士英也立即轉向，同高傑、黃得功、劉良佐、盧九德等人在鳳陽皇陵前立誓擁戴福王。
這時史可法還不知道馬士英己經變卦，在他給馬士英的信中，陳述3朱由崧的“七罪”——貪、淫、酗酒、不孝、虐下、不讀書、干預有司。結果這封信也戌為馬士英要挾史可法的手段和證據。
結果馬士英以鳳陽總督和三鎮名義，正式致書南京守備太監韓贊周，宣佈將擁立福王朱由崧為帝。為了震懾南京的官員，還說：“聽聞江南有人尚持異議，謹率兵五萬，駐紮江干，以備非常”，用意十分明顯，就是以武力脅迫。
南京的各大臣得知這一訊息的時候，也無不驚駭，但亂世之中，手中無兵，也只能聽天由命了。雖然有人也提議，調商毅但人馬進駐南京，以對抗三鎮人馬，但卻遭到一些人的反對，一是時間上來不及，二是誰知道在這個時候商家軍又會做何打算。就連吳甡也不支援這個意見，因此也只能違心的接受擁立朱由崧為帝的事實了。史可法也只能親自過江，接朱甴崧到南京繼位。