商毅率軍從崇文門進到北京內城,，留下了一個營的兵力守衛崇文門，然後又對沈揚道：“沈同知，北京城恐怕很難熬過今夜，我這就和公主進宮過接皇上，我們連夜出城。你們在北京城中都有家屬。趕快回去收拾準備，搬取家眷，我們就在祟攴門匯合出城，。如果家住在外城的，就在廣渠門匯合，記住不可多拖時間，我們從宮中出來之後，以子時為準，馬上就走，未到者就不等了。”
沈揚也點了點頭，回頭對其他人道：“你們都聽見了吧，趕快回家去收拾。”說著沈揚自己也轉身向家裡趕去。不一會兒，錦衣衛就全散了，只有趙從夫和四五個人還沒有走。他們幾個人不是家不在北京，就是家裡無人，因此都不用回去。趙從夫道：“公主、商總兵，我陪你們進宮吧。”
商毅點了點頭，道：“好，公主，我們這就進宮。”
因為內城還沒有被攻破，因此朱媺娖心裡大定，聽了商毅的話之後，也點頭道：“走，我們進宮去。”
一行人又趕向皇宮，雖然內城未被攻破，但城中之亂已絲毫不遜色於外城，一路都是火光燭天，潰兵敗將，到處在乘亂搶掠。不時都可以看見官兵為搶劫錢物、婦女大打出手，刀劍相加，遍地都是死屍，商毅也不禁感嘆，有這個精神為什麼不去迎戰大順軍呢？
而朱媺娖見城內也亂成一片，又不知皇宮中的情況如何，剛放下的心也不由又懸了起來。一行人來到了皇宮的東華門前，這時只見大門空空，守門的衛兵宮監早已逃得不知去向，而見見皇宮中冷清清的一片，朱媺娖心中預感不妙，叫了一聲：“父皇。”急忙就向宮中跑去。”
到了這個時候，商毅當然猜得出現在宮中是怎樣的一個情景，因為後世的各種歷料雖然都是大同小異，但也都說得十分清楚了，因此也只好輕輕嘆了一口氣，命令其他士兵都在宮門口等著，自己只帶了吳漢生和兩個偵察排跟著朱媺娖一起進宮去了。
進宮之後沒走多遠，迎面看見一群太監匆匆忙忙向外面跑去，商毅立刻命令，抓住了幾個，太監們嚇得大叫道：“好漢僥命，好漢僥命啊。”
朱媺娖拉住了一個，焦急的問道：“父皇現在那裡。”
這時，幾個太監才認出來是朱媺娖，有一個人道：“回稟公主，剛才皇上在乾清宮召見皇后和袁妃，命太子和永王、定王出宮投奔周國丈去了。後來皇后和袁妃哭著出來了，然後皇上也出來了，這會兒大慨不是在西宮就是在坤寧宮。”
朱媺娖點點頭，道：“我們先去西宮。”西宮是袁妃的地方，離這裡較近，因此朱媺娖帶著商毅等人先趕到了西宮，只見宮中冷冷清清，不見一個宮女太監，燭火昏暗下，地上躺著一俱宮裝女屍，而且血流滿地。
朱媺娖尖叫了一聲，道：“是袁妃娘娘，她怎麼死在……”猛然想起什麼，趕忙又向宮外狂奔，大叫道：“母后，母后，你可不能……”
商毅只好苦笑了一聲，又帶著眾人跟了上去。
不一會兒朱媺娖就來到了周皇后的坤寧宮，還沒進宮門，就見宮中燭光搖動，依稀可見有不少人影在其中，這時只見周皇后的聲音道：“臣妾侍候皇上一十八年，平時素日皇上但凡肯聽臣妾一句話，又何致今日到此田地，但得與陛下同死社稷，亦無所憾。臣妾先行一走，在黃泉路上等候皇上。”
朱媺娖驚叫了一聲，急跑進宮中，大聲道：“母后，你可不能……”話語啞然而止,只見周皇后己經蹬倒了板凳，整個人已懸吊在空中，而崇禎這時舉著寶劍，正要砍向傍邊的一個宮裝小女孩。而那小女孩似乎己經嚇傻了,呆呆的坐在地上,一動也不動。而朱媺娖卻又尖叫道：“父皇，住手。”
但這時崇禎的劍己落下，收手也來不及了。就在這時，只見寒光一閃，“當”的一聲，崇禎手中的寶劍被一柄飛來的短刀擊落。原來是商毅在千均一發之際，扔出了軍刀，擊落了崇禎的寶劍，也救下了那個小女孩。
朱媺娖急忙跑過去，將那個小女孩抱住，看著崇禎，道：“父皇，你不要殺媺婕。”原來這個小女孩是周皇后的親生女兒，昭仁公主朱媺婕，今年才十一歲，她和朱媺娖是一起長大，因此兩人雖不是一母所生，但感情很好。剛才朱媺婕被周皇后和崇禎嚇呆了，這時見了朱媺娖，方才回過神來，哇的一聲大哭了起來。
崇禎見了，也不由得長嘆了一聲，也再下不去手。而這麼一耽誤，等商毅命人將周皇后搶救下來時，也己晚了，周皇后已氣絕身亡了。
崇禎轉頭才看見了商毅，也不禁苦笑了一聲，道：“商毅？竟是你來了，朕素來待大臣不薄，如今竟無一人能像前朝靖難時的程濟那樣隨朕而去，想不到你卻從千里之外趕到北京，朕縱死也心安了。”
雖然商毅對崇禎並沒有多少好感，但見他現在窮途末路的樣子，心裡也頗為不忍，因此也沒有去反駁他那句”素來待大臣不薄”的話，也沒有對崇禎施君臣之禮，只是道：“皇上，京師已難保全，請皇上立刻隨微臣離開北京，南下金陵，以圖復國。”