而且荷蘭人不僅只接使用武力征服，還利用臺灣各土著之間少有來往，釆用分化、挑拔等手段，挑起土著之間的內鬥，打隴一方打擊一方，以夷制夷。同時還派遣傳教士到各土著的村社中去傳教，並禁止土著信奉當地宗教，以實行精神控制。這些都是歐州殖民者的慣用手法。也給當地土著造成了極大的損失。
到這個時候，己有二百多個土著部落向荷蘭人歸服，人口約有四萬五千餘眾。每年都要參加荷蘭人在熱蘭遮城舉辦的集會，向侵略者交納進貢。
近一兩年來，荷蘭人認識到臺灣的自然環境良好，希望把臺灣變成東印度公司在東亞地區的糧倉，因此引進了水稻和甘蔗進行大量種植。由於華人的種植技術遠勝過當地土著，在一開始荷蘭人還比較倚重華人。並從東南沿海招籌移民。
但隨著華人的聚集和移民增加，荷蘭人對華人的警惕也越來越大，一方面加強對華人的控制，禁止華人擁有武器，並且向華人收取沉重的稅賦，另一方面強行分隔漢著，並在土著內部醜化華人，嚴禁華人進入土著的村社，授權土著逮捕進入土著區內的華人，並給予獎勵等等。而在荷蘭人的這種縱容政策之下，少數土著也公然搶奪華人的財產，抓捕華人。
總體來說，在荷蘭人的控制下，華人的生存況狀最差，其次才是土著。而且越是在靠近大員的地方，荷蘭人的控制力度就越大，遠離大員的地方，就要小些。
目前荷蘭在臺灣的最高官員被稱為臺灣大員長官。現任臺灣大員長官名叫徳老典。本來荷蘭人己經準備好了軍隊，打算趁著西班牙人在臺灣守備空虛的時候，北上驅逐西班牙人，獨霸臺灣，但恰恰就在這個時候，西班牙遠征艦隊到達了臺灣，也把德老典嚇得不輕，趕忙向巴達維亞請救支援，但這時荷蘭在東亞地區一共才只有三千多的兵力，巴達維亞也才一千多守軍，他們同樣也怕西班牙遠征軍進攻巴達維亞，那裡能派得出援軍來，德老典只好毎天譸告上帝保佑自己。
其實如果當時西班牙遠征軍真的要進臺灣，這時早就佔領了全臺，但或許徳老典的禱告真的應驗了，西班牙遠征艦隊並沒有攻取臺灣，只在基隆駐紮了幾天之後，揚帆遠進，進攻中國本土去了。徳老典也鬆了一口氣，但又擔心西班牙人殺個回馬槍來，也怕西班牙遠征軍真的征服了中國，或者用武力逼迫，獨佔了對中國的貿易。因此也是患得患失。
結果突然有一天，一艘中國的克戎船來到大員，船上的一位葡萄牙籍傳教士帶來了一位中國將軍的信件，聲稱中國軍隊已經擊敗了西班牙遠征軍，並驅逐了臺灣北部的西班牙人，現在要求荷蘭駐臺灣的最高官員進往基隆，去面前中國將軍，商談臺灣歸屬問題。
當時德老典的第一反應就是不信，因為儘管荷蘭在與鄭芝龍的爭奪中處於下風，但每次鄭芝龍都要出動超過荷蘭艦隊數倍的戰船，才能戰勝荷蘭艦隊。因此在他看來，擁有六十多艘大帆船的西班牙遠征軍貴根本不可能被中國軍隊打敗的。但經過了阿科尼亞的反覆解釋中國軍隊獲勝的原因，總算是阿科尼亞是一位天主教士，德老典才算是有些半信半疑。
於是德老典立刻招集手下的軍官商議，怎麼樣對待這件事件。軍官們對西班牙遠征艦隊的失望是不信，但又想不出阿科尼亞騙自己有什麼好處，最後德老典決定，派出兩名上尉軍官、林加和哈魯斯，還有一名傳教士尤紐斯跟著阿科尼亞一起去基隆，面見這位中國的將軍，看看這葫蘆裡究竟是買的什麼藥。
而且德老典畢竟不是偏執的人，他也同樣想過，如果阿科尼亞說的是真的，西班牙遠征軍真的失敗了，那麼也就可以看一看，荷蘭是否有機會進攻臺灣北部，獨覇臺灣，進而佔領中國的浙江沿海地區，還可以偵察一下臺北地區的地形和兵力分佈，為以後出兵進攻臺灣北部作好準備。
而退一步來說，如果中國軍隊真的有那麼強大，那麼一定是中國最強的軍隊，就不妨與他們協商合好，爭取從他們那裡取得貿易權，甚致還可以拉隴他們來打擊鄭芝龍。從而也可以擴大對中國的貿易。在這方面商毅看的一點也沒有看錯，荷蘭人的核心利益就是貿易。
因此林加、哈魯斯、尤紐斯人帶上了二十多名荷蘭士兵，架駛著一條荷蘭戰船，隨阿科尼亞出發，前進基隆。
在去基隆的路上，荷蘭傳教士尤紐斯也邀請阿科尼亞與自己乘坐同一條船，好互相交流一下在亞州傳教的經驗，實際上是想從阿科尼亞嘴裡套一些話。雖然阿科尼亞是舊教，而尤紐斯是新教，但本質上都是天主教，而目阿科尼亞對新舊教義之爭比較淡薄，畢竟是同行，因此也覺得親近，於是就欣然同意。對尤紐斯的詢問也儘量回答，只有對亞莉桑徳拉投降這件事情隱瞞了尤紐斯，當然這也是商毅特意嚀囑的。
雖然尤紐斯從阿科尼亞那裡套來了許多話，但林加和哈魯斯卻怎樣也不能相信，一箇中國的將軍，竟會使用歐州的戰術，而且對歐州的歷史和現況會有十分深刻的瞭解。但尤紐斯認為阿科尼亞也不像是在說謊話。幾個人越琢磨越覺得難以理解，最後也只好決定，先不作判斷，等到了基隆，一切就都清楚了。