因此商毅首先在紙上寫下了三個時間點，今年、祟禎十七年六月、崇禎十七年十二月三個時間點。那麼大體的準備工作，將分為這三個階段完成。同時在毎個階段，又分為軍事和內政兩個方面進行。
首先在今年結束之前，軍事上要進一步擴充軍隊，現在商家軍有五個正式團，兩個特種營，另外在山東和浙江地區還新編制了九個新營，可以算為兩個團，還有相當一部份預備軍。
那麼在最後兩個多月裡，要將全軍擴大到八到九個正式團，適當可以編一二個師，兩個特種營，也都要升級為正式團的編制。而擴制兵力的來源，主要還是預備軍、輔軍和原明朝的官軍中選拔。另外可以根據昌國衛的俱體情況，開始籌備組建海軍。
同時在杭州地區建立起兵工廠，實行所有武器自產化。並可以開始考慮造船專案。
在內政上，要穩定對目前所佔的五個府的統制，建立以杭州為核心，基本建全的行政機構。並且開始尋找可以増加自己財政收入的途徑。
在第二階段。全軍將正式組建師的編制，計劃組建四到五個師的兵力。在山東戰區的軍事重心由穆陵關轉移到登州，居民、兵工廠、作坊全都搬遷到登州。而穆陵關將作為一個粹軍事要塞，可以設立一個獨立團守衛。登州保證有一個師的兵力駐守。
在抵抗清軍戰鬥的山東戰區，將以登州為核心，穆陵關為輔助，注意聯合山東地區的其他義軍、明軍共同對抗淸軍。並在自願的基礎上，努力收編他們，擴大自已的力量。
而在浙江一線，各兵工廠都要開始運作，達到月產火炮四十至五十門，火槍五百至六百的水平。同時海軍開始正式成軍，造船計劃開始施行，並建立登州與杭州的海上連繫路線，保障山東一線的後勤供應。
內政方面，在浙江建立穩固的統治，可以適當擴充套件到周邊地區，並且開始進行清仗土地，打擊豪強勢力，爭取得到農民的支援。在適當的情況下，可以在一二個村莊試點，開始著手建立農村基層管理基礎。
開避幾條增加財政收入的途徑，可以適當建立海外貿易，並加強戰略物資的儲備。建立學校，陪養人材。
在第三階段。全軍將組建六到八個師的兵力。在山東地區將保持二到三個師的兵力，並立足於山東登州，並分佈形響萊州、青州等地區，形成山東抗淸的鬥爭區域。
而在浙江一線，並且根據當時的南明朝廷情況，做好迎戰淸軍南下的準備，海軍形成初步的戰鬥力，可以實行近海的遠航作戰能力，不僅要保障山東一線的後勤供應，而且還可以適當主動出擊，支援山東的戰鬥。
各兵工廠達到月產火炮一百門以上，火槍一千支以上的水平，以達到戰爭的需要。
根據當時的實際情況，可以開始考慮，佔領臺彎的計劃。
內政方面，進一步加強第二階段的結果。為淸軍南下作好各種物資儲備準備。