隨後，商毅立刻命令看守府庫的差役帶路，去檢視府庫中的錢糧物資，同時也命令士兵看管。
因為叛軍攻佔了杭州之後，搶劫了一批大戶的財產，還有從其他地方搶來的物資，也都屯集在杭州。因此也積累了相當一筆巨大財富的錢糧物資，堆積了十個庫房，在叛軍撤離時，只能帶走了一部份貴重物品和黃金，其餘物資都來不及銷燬，只點燃了其中三個糧庫，被商家軍進城後及時撲滅，還是搶救出相當一部份糧食。
而在城中發生哄搶動亂的時候，有四個倉庫也遭到了哄搶，但大部份被搶走的白銀都被收繳回來，並沒有遭受多少損失。經過查點之後，這次收復杭州的收穫巨大，一共得到了白銀八十餘萬兩，米慄九萬二千餘石，雜糧三萬七千餘石，麵粉一萬三千石，絲綢一萬餘匹，生絲三萬餘石，緞衣和裘衣二千五百餘領。各種器皿五千餘件，馬七百餘匹，其他牲畜一千餘頭。不過在全部物品登記造冊完畢，以經是十餘天之後的事情了。
看到這些物資，商毅自然十分高興，加上早期商家軍也積累了大量的錢糧，估計在未來二年內，財政不會出現緊張的局面。
而就在第二天一早，商毅立刻下令，通知全城的百姓，都到府衙門口，看自己處決所抓的叛軍。
到了辰時左右，在府衙門口以經聚集了數萬百姓，絕大多數，都是死難者的家屬，還有不少人把自家死難者的屍體也抬來了，在商家軍士兵的組織下，統一停放在作亂叛軍的前列。同時商毅也把在之前一戰中抓到一萬五千多俘虜也帶了出來，集中在一起，觀看對叛軍的處決。而把府衙門口也擠得滿滿當當。
在城中哄搶的叛軍從昨天開始，就被五花大綁，扔在府衙門口，不給吃也不給喝的，一個個又渴又餓。他們中間有一大半都是衛所計程車兵軍戶，許多人心裡都十分忐忑，不知道商毅會如何處置自己，當然也有不少人還保著僥倖心理，認為自己本是官兵，這年頭武將都在盡力擴大自己的實力，抓到流寇，也多以招降為主，而且法不責眾，商毅最多隻會處置一些領頭的人，不會把自已全殺了。心裡還想著如何像商毅求饒，放過自已，同時也準備向商毅投降。
但天亮之後，越來越多的百姓聚集到府衙前，而且都對他們怒目而視，叛兵的心理也都開始有些發毛起來，隱隱知道大事不妙了，不少人的全身都不由自主顫抖起來。
這時府衙大門開啟，商毅頂盔貫甲，全副武裝，帶領著一隊商家軍計程車兵，從府衙裡出來，身邊跟看周少桓、童大勇、黃震、楊武丞、段鵬諸將，同時還有杭州府裡的一干官吏。
見商毅出來了，百姓中間立刻引起一陣騷亂。許多人都哭了起來，還有不少人喊道：“商將軍，給我們作主啊！”“我們要報仇。”“殺了他們，給我們報仇啊！”
聽到了眾百姓的哭喊聲，和仇恨的目光，叛兵更是按耐不住，個個臉上發白，以乎也感覺到自己末日來臨，很多人癱倒在地上，而在以前一戰中被抓的叛兵雖然在出來之前，以經告訴過他們，這次並不處決他們，只是讓他們來看一看，但也有不少人嚇得發起抖來。
不過還是有不少叛兵想抓住最後一線機會，有人喊道：“商大人，商將軍，饒命啊，我們本來都是衛所的官兵軍戶，是迫不得己才從了叛軍啊！是被逼的呀，不要殺我們啊。”
也有人道：“我家裡上有老人，下有兒女，求商將軍饒了我吧。”
商毅上前兩步，來到叛軍的佇列前，厲聲道：“我今天所追究的，並不是你們投降叛軍，造反叛國之罪，而是你們在昨天，殘害百姓之罪。從賊作亂，還可以說是形勢所逼，迫不得己。但昨天一早，賊首都以經逃出了杭州城，你們就應該在進城靜候，等朝廷的大軍進城接管，而你們都在城中都幹了些什麼？難到這也是有人逼你們做的嗎？”
他回頭指了指停放在地上的死難者屍體，又道：“你們家裡都有妻兒老少，那麼你們昨天在城中殺燒搶掠，無惡不作的時候，有沒有想到過他們，他們家裡都有沒有妻兒老少呢？”
這話一說，圍觀的百姓中哭泣的聲音更大，有不少人都在喊著：“殺了他們，給我們報仇。”一開始還是十分零亂的喊叫，但漸漸的，變得整齊而統一起來，匯合成一股巨大的聲音：“殺了他們，給我們報仇。”
商毅向著百姓們點了點頭，舉起雙手，示意眾人安靜，然後又轉過身來，道：“你們都聽見了沒有，不是我心狠，要把你們斬盡殺絕，而是你們所犯的罪行眾意難恕，不殺不足以平民之忿。不過我雖然處決你們，但不會禍及你們的妻女家小，只要他們奉公守法，也就不避擔心受到誅連。來人，準備行刑。”
從商毅軍的隊伍中，走出了六百名士兵，三人一組，兩人提一人，放在遇難者的屍體前按跪於地，另一人持火槍在叛兵身後站立，將火槍頂在叛兵的後背上。