張獻忠也不禁大吃一驚，萬沒想到商家軍一共也才只有一萬餘人，居然還分兵兩路渡江，玩了一手聲東擊西的戰術。因此趕忙派劉文秀率領兩萬人馬，前去消滅渡江的商家軍。
但現在為時以晚，周少桓以經在青山鎮佈置好了防守陣地，劉文秀領軍到達青山之後，率軍發動進攻，結果在商家軍的陣地前碰了個頭破血流，人馬死傷無數。而周少桓卻抓緊時機，打了一個反擊，將劉文秀殺得大敗，拆兵六千眾，逃回了武昌城。
張獻忠見劉文秀大敗而歸，也是又驚又怒，正打算再發大軍，去攻打青山鎮，這時孫可望也從漢陽也逃回了武昌府，所帶的三萬大軍，所剩的竟不足三千人，而且連李定國也生死不知，聽有的敗兵說，是被商家軍俘虜了，估計也是凶多吉少了。
同時孫可望和劉文秀都極了述說商家軍的可怕：他們善用火器作戰，打得極遠，連續射速極快，而且十分犀利，令人防不勝防，根本就無從抵抗。
雖然他們的述說都令張獻忠難以相信，但事實明擺著，兩路大軍同時遭遇了慘敗，而且還是敗給人數遠遠少於自己的敵軍，也令張獻忠不得不信。到了這時候，張獻忠才有些明白，為什麼李自成那麼兵強馬壯，結果還是被明軍殺得大敗，北上躲避。顯然自己就更不是對手。
因此張獻忠儘管捨不得武昌的安逸生活，但也事到臨頭，也不得不又重新拾了跑路的老招術。不過他的人馬在長江以南，不敢冒險再渡江向北，因此只能向南逃竄。於是張獻忠一面下令孫可望和劉文秀，讓他們兩人押運著搶到的錢糧物資，先從武昌府轉移到大治縣，自己隨後領軍撤退，準備向安徽江西地區發展，如果有機會，還可能攻打南京。並在撤退之後，在武昌城內四處放火，將全城焚之一爐。然後又令艾奇能領兩萬人馬斷後。
等商毅率領人馬渡過了長江，趕到了武昌府的時候，只見四門大開，全城都以經燃燒了起來，城中到處都是火光，紅焰耀眼，熱浪逼人，濃煙密佈，而百姓喪生於火海之中的，不計其數，哭號之聲，不絕於耳，如同修羅地獄一般，慘不忍睹。
商毅見狀，雖然又驚又怒，但也無計可施，也只好下令，三團在城外警嚴，自已指揮五團和輔兵進城救火，能搶救多少，就先搶救多少再說。
好在是商家軍來得還算極時，而且武昌城的地域也不小，除去幾個點火的中心區域以外，有許多地方雖然以經起了火，但火勢還沒有燃燒起來。如杲極時撲滅，還是能夠搶救出一些地方的。而在武昌城中，還留有不少百姓，見有軍隊來幫著救火，也都紛紛行動起來。而商家軍見百姓都聚集出來，也主動站出來指揮。
在有了商家軍的指揮之後，救火搶險行動也由混亂變待有序起來，因此救火的效率也大大提高了，在軍民齊心協力之下，到也撲滅了不少地方的火焰，還救出了許多被大火圍困的百姓。
而就在這時，周少桓帶領著二團也趕到了武昌城，兩軍匯合之後，周少桓向商毅報告，西軍這時正在向東南方向逃竄。商毅得知以後，立刻明白了張獻忠的意圖，馬上下令，命周少桓率領二團，追擊西軍，進駐樊口縣，一定要狠狠的打擊張獻忠。並且追上張獻忠之後，決不能輕易放手。一直打把張獻忠打殘為止。
周少桓領軍走後，商毅又立刻投入救火之中，雖然現在撲滅了一些地方的火焰，但武昌城的地域很大，而撲滅的地方，大多都是邊緣地區，由其在火勢的中心，以經完燃燒起來，商毅也清楚，在沒有現代救火手段的情況下，幾乎是無法撲滅的，除非這時候天降大雨，否則就只能等著徹底燒光，大火才會息滅。
不過商毅雖然不是消防員出身，但做為一個現代人，畢竟也知道一些基本的救火常識，就算是遇到撲不滅火勢，也必須加以限制，否則火勢只會逐漸蔓延,越燒越廣，就算是以經被撲滅的地方，也會死灰復燃起來。
因此商毅將軍民分成兩批，一批去撲滅火勢較小的地區，而另一批對火勢較大的地區，清除出隔一條隔離地帶來，以免火勢進一步蔓延。同時又命人在城外搭建臨時帳蓬，安置老弱婦幼和在大火中受傷的百姓、士兵，並讓軍醫救護。
但儘管商家軍和百姓們都以經竭盡了全力，但等到武昌城中的大火徹底息滅，以經是三天以後的事情了。整個武昌城，也成了廢墟一片。