眾人透過軍隊重新編制的決定之後，商毅也立刻下令，開始按自己制定的編制方式，對全軍進行整編。首先確定了五個團的團指揮部，然後讓各團指揮部討論確定自己的下級軍官，然後報到商毅這裡來批准。
當然這裡面也少不了扯皮拉筋的事情，因為不少人都會被各團部爭來爭去，畢竟打了這麼多仗,誰能打大家心裡都基本有數了.比如在守衛穆陵關時從軍的王虎，雖然從軍的時間不算長,但在數次戰鬥中，都表現得十分勇猛，因此雖然只被確定為是個排長，但有三個團部都爭搶著要他,一直鬧到商毅那裡去了。
最後商毅也沒有辦法，只能用抽箋的方式來決定王虎的歸屬，結果三團幸運的抽中了樂透箋，得到了王虎。後來商毅索性就全用抽箋的方法，確定各個團部挑人的先後順序。
而就在這時，朝廷的旨意終於下到了登州，要曾化龍帶商毅即刻進京朝見。曾化龍收到聖旨之後，也覺得十分奇怪，因為在聖旨中，並未說明對商毅有什麼晉升嘉獎，也就是說現在商毅將以一個千總的身份，到北京去朝見皇帝。
原來曾化龍上傳到北京的奏本，引起了整個大明朝廷的巨烈震盪，一個小小的千總，在十餘萬清軍南下的襲掠中，雖然獨守一座關城，與清軍大小進行了十三戰，全部獲勝不說，斬首竟高達一萬七千餘級，還收復了二縣一府，解救了十餘萬被清軍抓獲的百姓。
兵部和朝中的幾位內閣大臣看到這一份奏本時，就像是看到天書一樣，大眼瞪小眼，彷彿根本就看不懂一樣。每一個人心裡都在想，這會是真的嗎？大明朝莫非真的出了第二個戚繼光了,這個叫商毅的千總是何許人也，怎麼會有這樣的本事?就連崇禎皇帝心裡也驚疑不定，心裡也不敢相信這裡真的，但卻又又盼望是真的。
這時內閣首輔周延儒以經頂不住壓力，自請到保定、昌平一帶督師、抗擊清軍去了。因此崇禎也無法確實來自山東的訊息是真是假，正打算派人去山東察看，這時卻收到了沈揚等錦衛衣人員發回來的密信。
因為這時他們一行正在河北一帶打探訊息，並沒有回到北京。但還是將山東的訊息傳到了朝廷。雖然在密信中並未詳細記錄在山東發生的所有戰事，但卻明確提到守衛穆陵關的千總商毅是一個人材，並且記錄了錦衣衛隨商毅收復濟南的過程。
崇禎看完密信之後，這才信相曾化龍的奏本或許將商毅的功勞有所誇大，但也不算是做假，起碼收復二縣一府，解救十餘萬百姓，又在濟南擋住清軍的進攻，這可都是真的。而就算是這樣，這功勞在大明來說，也是絕無僅有的了，因此祟禎也不禁大喜過望，立刻下令，要兵部和五軍都督府議論，該給商毅升什麼樣的官職，是否如曾化龍所請，晉升商毅為山東總兵。
但崇禎的決議一傳下，立刻引起了許多官員的反對，因為不少官員都認為,商毅所立下的這些功勞太不合理，需要進一步核實確認之後，才能議論升官的問題，還有一部份官員乾脆就直接認定這是假的，這是曾化龍假報戰功，荒報軍情,應該將曾化龍和商毅抓到北京來問斬。
結果這一來二去，崇禎的信心又動搖了不少，而且他又不好向眾人說,自己是從錦衣衛那裡得到的確切訊息，於是又經過一天的議論，官員們也終於決定出一個辦法，先不給商毅封官，而是把曾化龍和商毅招到北京來，當面詢問淸楚再說，如果是真的，那麼就再給曾化龍和商毅加官進爵，如果是假的，那麼就對不起，在北京就把他們兩人拿下問罪。
崇禎聽了之後，也覺得這是最好的辦法，儘管以商毅一個小小千總的身份，其實根本就沒有資格進京朝見皇帝，但現在非常時期，也只有破例一回了。
曾化龍接到聖旨之後，雖然覺得奇怪，但想了一想，也馬上猜出了個八九，不過這也難怪皇帝生疑，這樣的事情，說出來確實誰都難以相信，反正商毅的戰功都是真的，就是到了北京也能說得清楚，因此曾化龍到也沒往心裡去，一面收拾行馬，準備上京，一面又派人通知商毅，讓他也準備一下，到青州府來等自己，然後兩人一起結伴進京。
曾化龍的公文傳到了穆陵關之後，商毅也覺有些好笑，不過轉念一想，自己純屬是在歷史中橫插了一竿子，崇禎在歷史中本來就是個多疑的人，他要是一下子全信了才怪。因此也就釋然了。同時他也想到北京去看看，大明朝的氣數如何，還有沒有救了，因此立刻就馬上準備起來。
因為在先前聽了曾化龍的吩咐，商毅特意保留了三百顆人頭，這次進京，自然會都帶上。隨後又從清軍的俘虜中挑選出二百名身強體壯，最好是標準的滿人，一起押解到北京去。同時還帶上了所有的旗幟，盔甲三百套，刀槍武器五百件，鼓二十面。反正也湊了一大堆，足足裝了二十輛大車。
並且商毅又聽了周世奇的建議，帶了七萬兩白銀和一批貴重的器物，準備到北京去上下打點關節。有道是閻王好見，小鬼難纏，底下的人要是刁難你一下，也夠受的。