九卿會議開了好幾日，明珠自是論死，又開列了五十多人的明珠黨羽名單。陳廷敬明白皇上的意思，反覆說不宜涉人太多。可九卿會議現在是索額圖為頭，別人的話他半句話也聽不進去，只說天塌下來有他撐著。陳廷敬苦勸不住，也就不再多說。
皇上看了摺子，立馬把索額圖、陳廷敬、徐乾學等召了去，大罵道：“朕看出來了，你們都想趁著參明珠，黨同伐異，攬權自重！這摺子上提到的尚書、侍郎及督、撫、道，共五十多人。朕把這些人都撤了，國朝天下不就完了嗎？”皇上把摺子重重摔在龍案上。
陳廷敬說：“臣反覆說過，不要涉人太多。”
皇上打斷陳廷敬的話，問索額圖：“九卿會議是你主持的，你說說吧。”
索額圖道：“臣以為明珠朋黨遍天下，只有除惡務盡，方能確保乾坤朗朗！”
皇上瞪著索額圖，道：“你別說得冠冕堂皇。你同明珠有宿怨，天下誰人不知？朕仍讓你出來當差，你卻是如此胸襟，怎麼服人？”
索額圖趕緊叩頭請罪：“臣知罪！”
皇上斥罵索額圖半日，道：“只把張鵬翮摺子上提到的幾個人查辦，其他人都不追究！”
徐乾學拱手道：“皇上仁德寬厚，天下百官必然自知警醒！”
索額圖仍不甘心，還想說話。皇上不等他吭聲，便道：“索額圖休得再說！傳明珠覲見吧！你們都別走。”
一會兒，明珠面如土色，進殿就跪哭在地，叩頭道：“罪臣明珠叩見皇上。”
皇上道：“你就跪著吧，朕今兒不叫你起來說話了。”
明珠又是連連叩頭，道：“臣罪該萬死。”
皇上瞟著明珠，道：“你這該不是說客氣話吧？你的確罪大惡極！但朕不是個喜歡開罪大臣的人，總念著你們的好。平三藩，你是有功的；收臺灣，你也是有功的。朕念你過去功績，不忍從重治你。革去你武英殿大學士、吏部尚書之職，任內大臣，交領侍衛內大臣酌用！”
明珠把頭叩得砰砰響：“臣謝皇上不殺之恩！”
索額圖聽說把明珠交領侍衛內大臣酌用，臉上禁不住露出得意之色。
皇上又道：“陳廷敬轉吏部尚書，吏部滿尚書另行任用。”
陳廷敬忙跪下謝恩。他雖已早知聖意，卻仍是惶恐。他不想叫人把自己做吏部尚書與明珠下臺放在一處去說，畢竟現在明珠黨羽還是遍佈天下。
皇上道：“你們都退下吧，明珠留下。”
索額圖、陳廷敬等都退下了，明珠趴在地上又哭了起來。
皇上問道：“怎麼那麼多的眼淚？怕，還是委屈？”
明珠道：“啟奏皇上，明珠冒死說句話，臣內心真的不服！”
皇上道：“朕知道你心裡不服，才把你留下來。你要朕把你的斑斑劣跡都指出來，你才服氣是嗎？”
明珠但知哭泣，沒有答話。皇上說：“單憑你指使王繼文隱瞞吳三桂留下的錢糧，你就該殺！”
明珠猛然抬起頭來，驚恐道：“啊？皇上……臣知罪……可這……這……都是陳廷敬他栽贓！”