風影留在木葉做客的訊息很快傳遍整個村子，其他國家的間諜也將情報傳回自己的國家。
第二次忍界大戰是由山椒魚半藏發起的，一人對三大隱村木葉村，砂隱村，巖隱村宣戰。
當前的忍界形勢，木葉35年4月，鐵之國大將三船被雨隱村山椒魚半藏打敗。
木葉35年9月，與砂隱村戰平，雨隱與砂隱交戰，戰場上山椒魚半藏所釋放的毒全都被千代破解，還被千代發現了山椒魚填補毒氣需要五分鐘的缺點，這讓半藏感到十分頭疼，因此，半藏稱呼千代是“傀儡老太婆”，千代稱呼半藏是“戴通氣管的老頭”，誰都奈何不了誰。
木葉35年12月，雨隱與木葉隱村交戰，戰場上半藏通靈出山椒魚井伏釋放大範圍毒物令，木葉隱村的大量忍者倒下，最後戰場上僅剩下自來也、綱手、大蛇丸三人仍在堅持，半藏非常賞識他們，因此賦予他們“木葉三忍”的名號。
這場戰爭結束後，許多忍者與居民流離於餓死的邊緣，木葉隱村的兩名上忍為了搜刮食物資源，進入長門的家中殺死了長門的父母，導致長門輪迴眼力量暴走殺死了這兩位木葉上忍。
之後長門與同樣在這場戰爭中成為孤兒的彌彥和小南相遇，三人靠偷竊維持生存，後來他們遇到尚未回國的木葉三忍，自來也決定留在雨隱收三人為徒。
木葉36年8月，砂忍又對木葉宣戰，旗木朔茂成為對戰砂忍的總指揮，後來砂隱村千代製作的毒全都被木葉隱村的綱手破解，也讓千代感到十分感到棘手，直到木葉38年11月，三代風影因為羽鶴這支小蝴蝶煽動翅膀，被宇智波十人眾活捉，砂忍被木葉打敗，戰損五千名忍者，現在正是最虛弱的時候，已經無力對他國掀起戰爭，還要防備偷襲，所以提前出局。
原本這場戰爭，蠍的父母應該被旗木朔茂所殺的，可是羽鶴帶來的蝴蝶效應卻讓蠍的父母免於生死大劫，綱手的戀人加藤斷也喪命於此場戰役，發現屍體時內臟被掏空。給綱手的心靈留下了極大的創傷，這也導致了後來綱手患上了恐血癥。
木葉37年，雨隱村的山椒魚半藏帶領雨忍還在頑強的和巖隱村交戰。
同年，木葉隱村部隊被雨隱半藏逼到僅剩三忍的絕境，其餘在場的木葉隱村忍者全部陣亡，木葉三忍與半藏一戰，拿他也沒有辦法，雙方僵持不下，大蛇丸駐守北面防線，遭到巖隱偷襲，巖隱村也向木葉隱村宣戰。
木葉37年4月，水之國霧隱村三代水影派出一支五百人的隊伍入侵火之國，木葉忍者和霧隱村忍者小打小鬧，沒有讓戰爭升級到大戰。
雷之國雲隱村，在木葉34年，第二次忍界大戰爆發前期，雲隱忍者製造了忍者學校的爆炸慘案，加藤斷的妹妹就死在這次爆炸中，混亂中雲隱派人偷偷擄走漩渦玖辛奈，目的是讓漩渦玖辛奈成為八尾的容器，好在木葉忍者及時發現，波風水門救回了漩渦玖辛奈，月光下兩人定情。
因為尾獸八尾牛鬼暴走，給村子造成大破壞，最終被三代雷影艾壓制，雲隱村也沒有參與戰爭，是戰力儲存最完整的國家，為後來第三次忍界大戰打下基礎。
木葉36年，木葉三忍之一的自來也在雨之國收的三個弟子，彌彥，長門，小南，正在教導中，彌彥和小南都是孤兒，值得一提的是，木葉忍者在雨之國內搜刮民財，長門的父親被木葉隱村的一隊忍者小隊誤當成敵對忍者殺害，隨後殺害了長門的母親。
而長門姓漩渦，全名叫漩渦長門，母親是漩渦一族後裔，父親也是渦之國人，幾年前逃難到雨之國的。
曾經火之國最鐵的盟友國渦之國，存活的遺民在雨之國被木葉忍者殺死，真的很諷刺。
三代風影和砂隱使團住在木葉招待所，被旗木朔茂和暗部監視著，為了噁心猿飛日斬，三代風影在木葉村裡吃飯、泡溫泉從不給錢。
宇智波族地，邁特戴和他的妻兒都住進了宇智波族內，這也是宇智波接納的第一位村內忍者入住宇智波族地。
邁特戴在對戰砂忍中也是相當耀眼，並且獲得四百多萬兩收入，羽鶴是他的恩人，宇智波正宗和宇智波玄宗兩人找到他，邀請邁特戴做二百多個宇智波少年的體術總教頭時，他毫不猶豫就答應了。
不是因為宇智波豪門在村子內的地位，而是他想報答宇智波羽鶴的知遇之恩。
與砂忍的一戰中，宇智波上忍死掉7人，其中五人都是三勾玉寫輪眼，族長決定扣出一雙三勾玉寫輪眼移植給邁特戴，將他徹底綁上宇智波的大船，邁特戴拿不定主意，於是來問羽鶴，羽鶴告訴他換上三勾玉寫輪眼他的實力會更上一個層次，雖然寫輪眼會有排斥反應，不停消耗他的查克拉，總體來說還是利大於弊的。
邁特戴最終下定決心，換上寫輪眼，讓外人換上族內的寫輪眼，在族內受到爭議，五名宇智波長老中有兩位反對，族長宇智波冢強勢駁回，並通告全族，要將邁特戴當做族人看待。
正真讓族長宇智波冢決定給邁特戴換眼的是宇智波鳴，他將自己覺醒萬花筒寫輪眼的事情告訴族長，族長很意外，因為他知道開啟萬花筒寫輪眼的過程是痛徹心扉的，於是問起宇智波鳴是怎樣開眼的，宇智波鳴如實回答，把羽鶴詐死的經過說了出來，最後，宇智波冢誇讚道：“你生了個好兒子！”
宇智波鳴說：“羽鶴是很不一樣的孩子。”
話語間是對兒子羽鶴的驕傲和期望。
邁特戴被換上寫輪眼的事情傳到了三代火影猿飛日斬和志村團藏的耳中，兩人無比驚訝，宇智波將邁特戴收入族群，也就算了，居然還給他換上寫輪眼。為什麼要對他怎麼好，是猿飛日斬和志村團藏不明白的事情。