朱平槿前世的哲學，最重要的論述便是抓主要矛盾。對於朱平槿這樣的領導來說，就是不能所有問題一把抓，而要抓住事關全域性的核心要害。朱平槿解決了槍桿子由誰掌握的問題，軍改的其他難題便迎刃而解。
廖大亨在他的奏疏中，簡明扼要地列出了軍事改革的主要內容：
設立保成都、重慶、保寧、瀘州四個旅級軍區，分別指揮川西、川東、川北和川南四個方向的作戰。四川都司羅大爵、川北副將劉鎮藩、署瀘州判官賀有義，加上已經任命的宋振宗，分任川西、川北、川南和川東四個軍區的司令。
四川都司所轄十二衛十一所已經完全傾廢，一律革除。邊衛實土衛實行文武分治，設立州縣和守備團、營。衛所軍官，將根據上級需求和本人自願進行雙向選擇，或改為文官，或改入護國軍。病老身殘才疏無法勝任者，準致仕以子孫襲替。
那些被淘汰的衛所軍官中有世職的，作為對他們祖先功績的補償，四川官府將根據世職高低，設立一個特殊的投資基金。他們的子孫，可以在這個基金裡不幹事只拿錢整整一百年。
沒有世職的下級軍官和士兵，汏劣存優補入護國軍，享受護國軍的軍餉待遇。淘汰的，一律除籍為民。
衛所武官包括營兵將領，將領家丁，願入護國軍者，參照朝廷“在營家丁”例，准許加入護國軍，與護國軍相同待遇。
衛所城池，部分改為州城、縣城，部分留作軍事要塞；軍田房舍土地，除留作軍用的以外，一律移交地方官府作為官產官田。
各地自建的團練兵，在護國軍守備團、營成立後，准以自願的原則加入護國軍，其餘一同裁撤。
四川行都司的五衛八所和各土司的軍隊，關係到邊陲穩定，暫時不動。
為了加快軍改節奏，妥善安置淘汰下來的官兵，廖大亨特別建議成立一個專門的機構，名叫“軍改善後衙門”，由馬乾負責，專門負責官軍改編善後事宜，並負責軍地聯動協調。
……
官軍的主力——營兵，當然是這次軍事整編的重頭戲。
川北大勝，參戰將領們的功照請，官照升。但他們的部隊，依舊納入整編範疇。劉鎮藩、丁顯爵、張奏凱、塗龍四員副將憑戰功升正旅。
劉鎮藩部人數最多，改編為護國軍第十一團團部和四個步兵營、一個騎兵營；
丁顯爵部改編為護國軍第十二團團部和兩個營；
張奏凱率部取得漁溪大捷，升任保寧軍區副司令，所部改編為護國軍兩個營；
塗龍同樣升任保寧軍區副司令，所部改編為護國軍通江縣守備營。
參將王祥擊敵不備，奪取巴山咽喉巴州，大敗圍城土暴子，並擊斃土酋闖食王，立下了巴山之戰的頭功，破格提拔為正旅級，並升任保寧軍區副司令。但其所部不足一千五百人，因此所部改編為護國軍第十三團團部和兩個營；
參將賈登聯率部在銅城寨浴血奮戰，升為副旅級，所部改編為護國軍第十四團團部和四個營；
遊擊將軍楊展奇襲南江，並解通江之圍，升為正團級，所部改編為護國軍第十五團團部和三個營；
遊擊將軍侯天錫協助劉鎮藩全殲土暴子陳琳部，升為正團級，所部改編為護國軍騎兵第四團團部和兩個騎兵營。守備侯應起單人匹馬說服王朝陽部投降，並有殲敵之功，升副團級警衛騎兵營長；
松潘副將朱化龍屏邊有功，升副旅級，所部營兵及茂州衛、松潘衛、疊溪所改編為護國軍騎兵第五團團部和兩個騎兵營以及茂威、松潘兩個守備團。
白水關副將龍輔皇，龍安參將鄧若禹等人屏邊有功，升副旅、正團，所部改編為白水關守備營和龍安守備團。
馬湖參將郭成達及敘南衛、太平營諸將，俱有升賞，所部改編為敘州、馬湖兩個守備團和太平守備營。