王朝陽部謀反，或稱保寧兵變，事情的性質很簡單：鬧餉。
王朝陽部的番號是總鎮外標營，直隸於總兵甘良臣。但是王朝陽不是甘良臣的嫡系，而是前總兵侯良柱的嫡系。
自崇禎年來，由於朝廷稅收困難，加之四川的大量稅收被解往京城，致使四川官軍的日子一年不如一年。
前年，即崇禎十三年，楊嗣昌調大軍入川追繳張獻忠，按照大明軍餉解運的原則，主客兩軍的軍餉均由四川官府支付或者墊支。但因為四川官府確實拿不出多少銀子和糧食來，只好從湖廣外運。楊嗣昌以督師之尊，被迫在廣安城停駐三月以待餉，結果延誤了追繳張獻忠的最佳時機。一名解餉官因為遲到三日，被氣急敗壞的楊嗣昌以天子劍斬之，以儆效尤。
去年春夏，實力被大幅削弱的川軍在巴州前線失利，巴州、南江一州一縣俱失，部隊一直潰逃到百丈關。去年初尾隨追擊張獻忠重佔通江的知縣李存性和副將塗龍，從此信訊全無，廖大亨和四川官府均認為其必死無疑，因此報了個戰沒。
部隊遭到慘重損失，士卒要招募，馬匹、兵器、鎧甲、服裝諸項軍資均要補充，這就要花大量的銀子。可是四川官府哪裡湊得出這樣多的銀子？他們能將士卒的欠餉補發數月便是好的。
可是前線的領兵大將們卻不敢這樣。重奪巴州的任務是皇帝下的嚴旨，沒有兵馬軍械的軍隊開上去便是送死。於是，當軍餉逐漸運到部隊之後，大將們想得第一件事不是發餉，而是加快招募補充。朱平槿借給廖大亨的錢糧，漸漸被用在了填補川軍多年留下的窟窿上。即便這樣，兩三隻軍隊依然沒有得到補充，或者是補充很少。
最慘的是駐紮百丈關的侯天錫部。
侯天錫為了讓侯家東山再起，利用自己的老子侯良柱在永寧衛的勢力和威望，在當地拉出來七八百軍隊，軍官和士兵幾乎全部是侯氏的族人、家丁和軍戶。但既然是侯氏私軍，當然不可能得到現任總兵甘良臣的大力支援，除了補發三個月的欠餉，他們幾乎分文未得。好在侯家在永寧樹大根深，又有百頃軍田屯墾，這才勉力支撐起了士卒馬匹的開銷。
其次慘的便是駐紮松潘的副將朱化龍部。
朱化龍本是湘西辰溪人，投軍後從小兵當起，參與平定奢安之亂。在經歷一段時間的海邊生活後，調至四川任松潘副將，期間曾有長沙島大勝海寇的戰功。
在四川西北邊境，大明設有兩衛三所，以道員一名統領軍政，以副將一名、左右參將兩名領松潘衛、茂州衛、威州守禦千戶所、疊溪守禦軍民千戶所（注一）和小河守禦千戶所及土司諸軍。朱化龍駐節松潘城（今松潘縣城）、左參將駐節茂州衛、右參將節駐小河所（注二）。
松潘的最高長官，本來應是文職官員松潘道黃諫卿。但倒黴的黃諫卿在赴任途中，剛走到了瀘州，就被流賊張獻忠破城殺死，於是朱化龍便成了大明在松潘地區主要的軍事將領。朱化龍部需留駐當地，震懾生熟諸番，沒有進攻巴州的任務；其士卒，大多是當地軍衛的軍戶，有軍田屯墾，所以在四川官軍嚴重缺餉的大背景下，朱化龍部成為了被遺忘的角落，糧餉補充極為有限。
最後便是這保寧兵變的主角王朝陽部。
王朝陽部在百頃壩兵敗後，將有怨心，士有怒氣，軍心不穩。在這次巴州攻勢中，總兵甘良臣本不想用他們。但因川撫廖大亨有令，這才將他們調往保寧，為大軍鎮守後路。關於王朝陽部將士們最關心的欠餉補發，甘良臣已經沒有餘糧了，只好呈文坐鎮中路張奏凱軍的兵備副使馬乾，請他就近予以補充。而馬乾坐鎮漁溪前線，哪裡顧得上身後的王朝陽，於是他又行文保寧知府張繼孟，請他代為發放。
文
官透過控制軍隊的糧餉，來控制軍隊，這是大明崇禎年的慣常做法。由駐軍親民官為駐軍補給，也是朝廷的規矩。然而兵備副使馬乾沒有想到，他的一紙行文，為保寧兵變伏下了禍根：
知府張繼孟膽大包天，竟然將王朝陽部的軍糧和餉錢全數扣發！
……
“時逢秋糧徵收的大限，張繼孟這賊為了保住自己頭上的烏紗帽，他竟然……”
“不對，萬大哥！張繼孟不是為了秋糧。你們上了他的當！”
賀永年聽完萬吉富講完保寧兵變的原因，喝下去的幾碗酒已經散發得一乾二淨。他起身扯開大門，讓冬日的冷風呼呼吹了進來。“他不是為了秋糧，他是想逼反你們，然後嫁禍於世子和廖撫！”