戰爭期間，軍事問題乃重中之重，是一切措施的出發點和落腳點。
蜀王府要掌控川北川中地區，軍事力量的投送還是急先鋒。朝會伊始，舒國平便率先代表總參和總監兩家，提出了王府在川北、川中地區的軍事戰略設想和相應的軍力部署。
參監兩部認為，川北川中地區既是戰區，那麼戰區的機構編制首先要適應作戰的需要。“兵貴專而不貴分”，軍政不能分家，因此他們提出設立川北川中軍政委員會，作為蜀王府在川北兩府一州最高決策機構，統一指揮在川北的軍政機構，川北軍政委員會又分為民政和軍事兩個組，各有側重。
參監兩部還認為，皇帝對奪回巴州下了嚴旨，因此四川官府必然會在近期做出軍事部署，開始對土暴子展開圍剿。護商隊佔據了儀隴縣，距離巴州城僅一百五十里。如果護商隊參與收復巴州的戰役，僅僅依靠護商隊第三營的千餘兵力展開進攻是遠遠不夠的，必須立即擴編，並派出增援部隊。此外在秋糧收穫後，蓬州、廣安州各縣在呈文中都提到了小股土暴子劫掠鄉間，在順慶、保寧兩府建立護莊隊也是當務之急。為此，他們提出了以下軍隊擴編方案：
立下赫赫戰功的護商隊第三營擴編為護商隊第四團，下轄第三、八、九和十營（四、五、六、七營的番號已給了宋振宗和賀有義的第三團）。團長陳有福、副團長賀仇寇（兼）、監軍羅景雲、副監軍李四賢（兼）。
三、八、九分別由林言的三營一連、許守財的一營四連和孫德仁的三營四連擴編。第十營由成都調去。原三營一連指揮的火器和炮兵部隊作相應擴編，待裝備充實後重新於團建制內調整。
護商隊第四團是川北軍政委員會的機動野戰部隊，擔負主要作戰方向的進攻任務。團部設在新政壩，現階段主要作戰方向是新政壩——儀隴縣——巴州方向，兼顧營山縣和蓬州方向。
設立順保護莊總隊，在順慶府各州縣和保寧府南部、閬中兩縣均設立護莊大隊。總隊長賀仇寇、副總隊長賀永年，監軍羅景雲（兼）、第一副監軍劉紅婷（兼）、副監軍李四賢。
總隊前方指揮部設在渠縣，由賀仇寇坐鎮。劉三根的潼川州護莊總隊獨立營由潼川州東調至渠縣以北之三匯鎮，改稱順保護莊總隊第一基幹營，其蜀王府護莊隊獨立一營的內部番號不變，堵在土暴子借華鎣山脈南下劫掠的大門口。
總隊後方指揮部設在新政壩，由賀永年坐鎮，指揮南部縣、閬中縣和儀隴縣三縣護莊隊，並接受護商隊第四團統一指揮。在南部縣和儀隴縣作戰的賀家莊丁和王省吾的護商隊三營三連一起整編為順保護莊總隊第二基幹營，內部番號為蜀王府護莊隊獨立二營，王省吾任營長。獨立二營的任務，就是堅守金城寨、新政壩和碑院寺附近地區，為護商隊第三團未來的巴州攻略，提供一個堅固的基地。
潼川南五縣，西北有川北總兵甘良臣所部、東北有楚軍賈登聯部等官軍掩護，短期內外部軍事威脅不大。劉三根的獨一營調走之後，只強化各縣護莊大隊，暫不設立基幹營等機動野戰部隊。潼川州護莊總隊長兼監軍李崇文，副總隊長王大牛，副監軍田騫。
在參監兩部的方案中，除川北部隊的擴編和調動，由大本營成都增援川北前線的部隊也相當多，可以說下了血本。
魏幹、李用敬指揮的獨立第一輜重營全部開赴前線，並指揮所有支前民夫，擔負從沱江懷口鎮到第一線作戰地域的後勤輜重運輸任務。
在松林山基地完成訓練的訓練騎兵排接收了秋市的戰馬，已經擴編為一個連。他們將抽出三個排，組成一個參戰騎兵連，番號是護商隊騎兵第一營第一連，營長監軍由宋振嗣兼，正副騎兵連長是高知聰、高知明兄弟。
何承峻的炮兵連已經接收到了十二門人頭炮，擴編為兩個連的炮兵營，不久即將完成組訓，開赴川北。
駐守成都北門的天全土司騎兵營也將調至川北參戰；
除上述部隊，還有一支新組建的隊伍將被推上戰爭第一線。
在松林山整編中，人稱“蜀藩長子”，蜀王府最大的王有企業——成都左護衛，已有六十餘名軍官和一百九十餘名總旗、小旗及士兵透過集訓分配到了各部隊。
在完成“斂丁入隊，寓兵於民；田土不動，減租分業”的左護衛改革目標後，左護衛及流民、莊戶又有約一千五百人被選入了商莊兩隊。其中五百人被宋振宗和賀有義帶去了瀘州，補充到護商隊第三團和瀘州護莊總隊；四百人補充到一團一營，與一營剩下的兩個連混編，保持一營的滿編狀態；其餘的約六百人與老部隊一營二連混編，編成了護商隊第十營。